Topics

1

General Questions and Answers / accuracy 32 bit/64 bit atk

« on: March 15, 2011, 14:55 »

I want to know whether running atk linux 32 bit software on a 32 bit OS would produce a different result(the places after the decimal point)when compared to running the same input in atk linux 64 bit on a 64 bit OS ......If so how to get same accuracy in 32 bit os 32 bit atk.

2

General Questions and Answers / Effect of long range forces in cnt interaction

« on: February 23, 2011, 08:13 »

Dear all
       In a carbon nanotube with capped end facing each other the interaction is complex with a multitude of forces acting.So when calculated with DFT calculations the interaction energy shows only the energy contribution from only the non-dispersion corrected part.the contribution from the dispersion forces is missed out. Is there any possible way of including this long range dispersion forces so that I can effectively compute the interaction between the capped cnt ends.

The DFT calculations underestimate the equilibrium positions in such a configuration since the dispersion equations are not included.Is this opinion is correct?

3

General Questions and Answers / query regarding Ion and Ioff for graphene transistors

« on: February 15, 2011, 12:34 »

i plotted the curve of Id vs Vg for a graphene transistor where Id was obtained in nA units.what is this value in log terms and in normal Id i.e is it nA/nm or um...

1.i wanted to know the length dimensions(if it is nA/um/mm) over which the current(nA) is obtained...

2.i then wanted to calculate Ion and Ioff values.for this i want to know how will Vth be defined i.e in some cases its defined as the point where Id=1mA/mm...so if i get the current in nA,how will Vth be determined?

4

General Questions and Answers / van der waals force calculation in atk 11.2

« on: January 24, 2011, 11:28 »

hi all
    So with the Atk 11.2s atk classical engine we can compute with classical potentials(brenner potential).Is it possible to introduce user defined pairwise potentials say Van der waals term or so which would be of great use with a classical md tool.

5

General Questions and Answers / exporting atomic coordinates to lammps

« on: January 18, 2011, 05:58 »

Dear all
        Is there any possible ways to export atomic coordinates created in ATK exported to lammps?If so what's the procedure to do so?

6

General Questions and Answers / electrode coordinates mismatch

« on: December 28, 2010, 06:37 »

Hi
 I have coordinates of the central region.Based on the central region I define the electrodes.The left electrode has no problem with it as the coordinates of my first 30 atoms make up the coordinates of my electrodes.But my right electrode shows some conflict.Here is my central region coordinates

cartesian_coordinates = numpy.array([[ 11.78410677,   8.39205339,   0.        ],
                                     [ 11.49084835,   9.77172579,   0.        ],
                                     [ 11.13628222,  10.38585234,   1.23050086],
                                     [ 10.08808008,  11.32965779,   1.23050086],
                                     [  9.44025553,  11.61808786,   0.        ],
                                     [  8.03748726,  11.76552475,   0.        ],
                                     [  7.34385124,  11.61808786,   1.23050086],
                                     [  6.12232665,  10.91284031,   1.23050086],
                                     [  5.64782455,  10.38585234,   0.        ],
                                     [  5.0741245 ,   9.09730094,   0.        ],
                                     [  5.        ,   8.39205339,   1.23050086],
                                     [  5.29325842,   7.01238098,   1.23050086],
                                     [  5.64782455,   6.39825443,   0.        ],
                                     [  6.69602669,   5.45444898,   0.        ],
                                     [  7.34385124,   5.16601891,   1.23050086],
                                     [  8.74661951,   5.01858202,   1.23050086],
                                     [  9.44025553,   5.16601891,   0.        ],
                                     [ 10.66178013,   5.87126646,   0.        ],
                                     [ 11.13628222,   6.39825443,   1.23050086],
                                     [ 11.70998227,   7.68680583,   1.23050086],
                                     [ 11.78410677,   8.39205339,   2.46100171],
                                     [ 11.49084835,   9.77172579,   2.46100171],
                                     [ 11.13628222,  10.38585234,   3.69150257],
                                     [  9.44025553,  11.61808786,   2.46100171],
                                     [   8.03748726,  11.76552475,   2.46100171],
                                     [  7.34385124,  11.61808786,   3.69150257],
                                     [  5.64782455,  10.38585234,   2.46100171],
                                     [  5.0741245 ,   9.09730094,   2.46100171],
                                     [  5.        ,   8.39205339,   3.69150257],
                                     [  5.64782455,   6.39825443,   2.46100171],
                                     [  6.69602669,   5.45444898,   2.46100171],
                                     [  8.74661951,   5.01858202,   3.69150257],
                                     [  9.44025553,   5.16601891,   2.46100171],
                                     [ 10.66178013,   5.87126646,   2.46100171],
                                     [ 11.70998227,   7.68680583,   3.69150257],
                                     [ 10.40042677,   8.88880475,   6.96812],
                                     [ 11.30777677,   8.45569475,   5.191936],
                                     [  9.51582677,   7.98203475,   7.54074],
                                     [ 11.29134677,   7.13432475,   5.48832],
                                     [ 11.39062677,   6.83183475,   4.07066257],
                                     [ 11.42394677,   9.53401475,   4.95221],
                                     [  7.72150677,   9.66815475,   7.51415],
                                     [  8.64598677,  10.61579475,   6.91579],
                                     [  8.14669677,   8.38042475,   7.81981],
                                     [  9.95586677,  10.23483475,   6.64888],
                                     [ 10.58825677,  10.63352475,   5.40304],
                                     [  7.90947677,  11.41236475,   5.949],
                                     [  8.51457677,  11.79387475,   4.75709257],
                                     [  9.88366677,  11.39586475,   4.47817257],
                                     [  6.03219677,   7.44738475,   6.97001],
                                     [  5.58782677,   8.79318475,   6.65067],
                                     [  7.28322677,   7.24547475,   7.54167],
                                     [  6.41376677,   9.87907475,   6.9168],
                                     [  6.52994677,  10.95687475,   5.94947],
                                     [  4.84106677,   8.73603475,   5.40539],
                                     [  4.95214677,   9.76732475,   4.47995257],
                                     [  5.81524677,  10.90237475,   4.75816257],
                                     [  7.66702677,   5.29566475,   6.08772],
                                     [  6.35955677,   5.50656475,   5.4904],
                                     [  8.11872677,   6.14570475,   7.09069],
                                     [  5.56009677,   6.55864475,   5.92184],
                                     [  4.82410677,   7.35499475,   4.95483],
                                     [  6.45916677,   5.20353475,   4.07273257],
                                     [  5.75485677,   5.96538475,   3.14755257],
                                     [  4.91914677,   7.06490475,   3.59846257],
                                     [ 10.36669677,   6.18659475,   6.08648],
                                     [  9.89460677,   5.29812475,   5.03836],
                                     [  9.49850677,   6.60097475,   7.09004],
                                     [  8.57462677,   4.86238475,   5.03899],
                                     [  7.82823677,   4.80552475,   3.79374257],
                                     [ 10.52758677,   5.69679475,   3.79263257],
                                     [  6.44770677,  11.30104475,   3.51245257],
                                     [  9.98296677,  11.09329475,   3.06063257]])

cartesian_coordinates1 = numpy.array([[ 11.78410677,   8.39205339,   7.27452],
                                     [ 11.49084835,   9.77172579,   7.27452],
                                     [ 11.13628222,  10.38585234,   6.04402],
                                     [ 10.08808008,  11.32965779,   6.04402],
                                     [  9.44025553,  11.61808786,   7.27452],
                                     [  8.03748726,  11.76552475,   7.27452],
                                     [  7.34385124,  11.61808786,   6.04402],
                                     [  6.12232665,  10.91284031,   6.04402],
                                     [  5.64782455,  10.38585234,   7.27452],
                                     [  5.0741245 ,   9.09730094,   7.27452],
                                     [  5.        ,   8.39205339,   6.04402],
                                     [  5.29325842,   7.01238098,   6.04402],
                                     [  5.64782455,   6.39825443,   7.27452],
                                     [  6.69602669,   5.45444898,   7.27452],
                                     [  7.34385124,   5.16601891,   6.04402],
                                     [  8.74661951,   5.01858202,   6.04402],
                                     [  9.44025553,   5.16601891,   7.27452],
                                     [ 10.66178013,   5.87126646,   7.27452],
                                     [ 11.13628222,   6.39825443,   6.04402],
                                     [ 11.70998227,   7.68680583,   6.04402],
                                     [ 11.78410677,   8.39205339,   4.81351829],
                                     [ 11.49084835,   9.77172579,   4.81351829],
                                     [ 11.13628222,  10.38585234,   3.58301743],
                                     [  9.44025553,  11.61808786,   4.81351829],
                                     [  8.03748726,  11.76552475,   4.81351829],
                                     [  7.34385124,  11.61808786,   3.58301743],
                                     [  5.64782455,  10.38585234,   4.81351829],
                                     [  5.0741245 ,   9.09730094,   4.81351829],
                                     [  5.        ,   8.39205339,   3.58301743],
                                     [  5.64782455,   6.39825443,   4.81351829],
                                     [  6.69602669,   5.45444898,   4.81351829],
                                     [  8.74661951,   5.01858202,   3.58301743],
                                     [  9.44025553,   5.16601891,   4.81351829],
                                     [ 10.66178013,   5.87126646,   4.81351829],
                                     [ 11.70998227,   7.68680583,   3.58301743],
                                     [ 10.40042677,   8.88880475,   0.3064    ],
                                     [ 11.30777677,   8.45569475,   2.082584  ],
                                     [  9.51582677,   7.98203475,   -0.26622],
                                     [ 11.29134677,   7.13432475,   1.7862    ],
                                     [ 11.39062677,   6.83183475,   3.20385743],
                                     [ 11.42394677,   9.53401475,   2.32231   ],
                                     [  7.72150677,   9.66815475,   -0.2396368237342],
                                     [  8.64598677,  10.61579475,   0.35873   ],
                                     [  8.14669677,   8.38042475,   -0.54529],
                                     [  9.95586677,  10.23483475,   0.62564   ],
                                     [ 10.58825677,  10.63352475,   1.87148   ],
                                     [  7.90947677,  11.41236475,   1.32552   ],
                                     [  8.51457677,  11.79387475,   2.51742743],
                                     [  9.88366677,  11.39586475,   2.79634743],
                                     [  6.03219677,   7.44738475,   0.30451   ],
                                     [  5.58782677,   8.79318475,   0.62385   ],
                                     [  7.28322677,   7.24547475,   -0.26715],
                                     [  6.41376677,   9.87907475,   0.35772   ],
                                     [  6.52994677,  10.95687475,   1.32505   ],
                                     [  4.84106677,   8.73603475,   1.86913   ],
                                     [  4.95214677,   9.76732475,   2.79456743],
                                     [  5.81524677,  10.90237475,   2.51635743],
                                     [  7.66702677,   5.29566475,   1.1868    ],
                                     [  6.35955677,   5.50656475,   1.78412   ],
                                     [  8.11872677,   6.14570475,   0.18383   ],
                                     [  5.56009677,   6.55864475,   1.35268   ],
                                     [  4.82410677,   7.35499475,   2.31969   ],
                                     [  6.45916677,   5.20353475,   3.20178743],
                                     [  5.75485677,   5.96538475,   4.12696743],
                                     [  4.91914677,   7.06490475,   3.67605743],
                                     [ 10.36669677,   6.18659475,   1.18804   ],
                                     [  9.89460677,   5.29812475,   2.23616   ],
                                     [  9.49850677,   6.60097475,   0.18448   ],
                                     [  8.57462677,   4.86238475,   2.23553   ],
                                     [  7.82823677,   4.80552475,   3.48077743],
                                     [ 10.52758677,   5.69679475,   3.48188743],
                                     [  6.44770677,  11.30104475,   3.76206743],
                                     [  9.98296677,  11.09329475,   4.21388743]])


cartesian_coordinates=cartesian_coordinates+numpy.array([0,0,0])
cartesian_coordinates1=cartesian_coordinates1+numpy.array([0,0,10.5651])
cartesiand=cartesian_coordinates1
cartesian_coordinates=cartesian_coordinates.tolist()
cartesian_coordinates1=cartesian_coordinates1.tolist()
elements = [Carbon,]*len(cartesian_coordinates+cartesian_coordinates1)

ccordinates=(cartesian_coordinates + cartesian_coordinates1)*Ang


my left electrode coordinates
left_electrode_coordinates = [[ 11.78410677,   8.39205339,   0.        ],
                                     [ 11.49084835,   9.77172579,   0.        ],
                                     [ 11.13628222,  10.38585234,   1.23050086],
                                     [ 10.08808008,  11.32965779,   1.23050086],
                                     [  9.44025553,  11.61808786,   0.        ],
                                     [  8.03748726,  11.76552475,   0.        ],
                                     [  7.34385124,  11.61808786,   1.23050086],
                                     [  6.12232665,  10.91284031,   1.23050086],
                                     [  5.64782455,  10.38585234,   0.        ],
                                     [  5.0741245 ,   9.09730094,   0.        ],
                                     [  5.        ,   8.39205339,   1.23050086],
                                     [  5.29325842,   7.01238098,   1.23050086],
                                     [  5.64782455,   6.39825443,   0.        ],
                                     [  6.69602669,   5.45444898,   0.        ],
                                     [  7.34385124,   5.16601891,   1.23050086],
                                     [  8.74661951,   5.01858202,   1.23050086],
                                     [  9.44025553,   5.16601891,   0.        ],
                                     [ 10.66178013,   5.87126646,   0.        ],
                                     [ 11.13628222,   6.39825443,   1.23050086],
                                     [ 11.70998227,   7.68680583,   1.23050086],
                                     [ 11.78410677,   8.39205339,   2.46100171],
                                     [ 11.49084835,   9.77172579,   2.46100171],
                                     [ 11.13628222,  10.38585234,   3.69150257],
                                     [  9.44025553,  11.61808786,   2.46100171],
                                     [   8.03748726,  11.76552475,   2.46100171],
                                     [  7.34385124,  11.61808786,   3.69150257],
                                     [  5.64782455,  10.38585234,   2.46100171],
                                     [  5.0741245 ,   9.09730094,   2.46100171],
                                     [  5.        ,   8.39205339,   3.69150257],
                                     [  5.64782455,   6.39825443,   2.46100171]]*Angstrom

my right electrode
right_electrode_coordinates = numpy.array([[  8.14669677,   8.38042475,   -0.54529],
                                     [  9.95586677,  10.23483475,   0.62564   ],
                                     [ 10.58825677,  10.63352475,   1.87148   ],
                                     [  7.90947677,  11.41236475,   1.32552   ],
                                     [  8.51457677,  11.79387475,   2.51742743],
                                     [  9.88366677,  11.39586475,   2.79634743],
                                     [  6.03219677,   7.44738475,   0.30451   ],
                                     [  5.58782677,   8.79318475,   0.62385   ],
                                     [  7.28322677,   7.24547475,   -0.26715],
                                     [  6.41376677,   9.87907475,   0.35772   ],
                                     [  6.52994677,  10.95687475,   1.32505   ],
                                     [  4.84106677,   8.73603475,   1.86913   ],
                                     [  4.95214677,   9.76732475,   2.79456743],
                                     [  5.81524677,  10.90237475,   2.51635743],
                                     [  7.66702677,   5.29566475,   1.1868    ],
                                     [  6.35955677,   5.50656475,   1.78412   ],
                                     [  8.11872677,   6.14570475,   0.18383   ],
                                     [  5.56009677,   6.55864475,   1.35268   ],
                                     [  4.82410677,   7.35499475,   2.31969   ],
                                     [  6.45916677,   5.20353475,   3.20178743],
                                     [  5.75485677,   5.96538475,   4.12696743],
                                     [  4.91914677,   7.06490475,   3.67605743],
                                     [ 10.36669677,   6.18659475,   1.18804   ],
                                     [  9.89460677,   5.29812475,   2.23616   ],
                                     [  9.49850677,   6.60097475,   0.18448   ],
                                     [  8.57462677,   4.86238475,   2.23553   ],
                                     [  7.82823677,   4.80552475,   3.48077743],
                                     [ 10.52758677,   5.69679475,   3.48188743],
                                     [  6.44770677,  11.30104475,   3.76206743],
                                     [  9.98296677,  11.09329475,   4.21388743]])
                                    
right_electrode_coordinates=right_electrode_coordinates+numpy.array([0,0,10.5651])
right_electrode_coordinates=right_electrode_coordinates.tolist()
right_electrode_coordinates=right_electrode_coordinates*Angstrom

when I use the above coordinates the error comes out as
"The last 30 atoms of the central region must match the last 30 atoms of the right electrode region. Atom 116 of the central region was C at (8.14669677 Ang, 8.38042475 Ang, 10.01981 Ang), it should have been C at (8.14669677 Ang, 8.38042475 Ang, 25.39840829 Ang)"

But still my last 30 central region  coordinates are same as my right electrode coordinates.

7

General Questions and Answers / translating atoms in VNL

« on: December 20, 2010, 06:56 »

Hi


I want to translate the atoms through script file but ended up with the following error attached here with.I tried to translate through the translate option in the menu bar which doesn't works well because when saved the file opens with new atomic coordinates.so please help me in getting the error fixed.

8

General Questions and Answers / calculation of end-end interaction energy nanotubes

« on: December 18, 2010, 05:44 »

Hi

I just need to calculate the tip tip interaction between two cappped cnt.I have a capped structure of the cnt. So if I need to calculate the interaction between the nanotube is it enough to select the total energy alone in my calculation. I need only the interaction potential between the two

I have only one capped cnt. how to make a mirror image of the same cnt so that their caps face each other. Any help in the procedure to do so would be helpful. Since translating the cnt in builder is not helpful as when the file is saved and reopened the untranslated structure peeks out.

9

General Questions and Answers / constraint on no.of atoms in simulation

« on: December 17, 2010, 09:19 »

Hi
    I need to simulate my design in ATK 10.8.2 the count on the atoms goes to 8000  (Carbon) and my configuration is
Red hat linux enterprise edition 5(64 bit)
8GB DDR3 memory
512MB nvidia zotac graphics card
quad core pc 2.25Ghz

I will be using only single zeta. Is this thing is possible to be done on my rig

Is it possible to compute potential energy minima in the configurations. if so what has to be done to get it.

10

General Questions and Answers / defining the length of the nanotube

« on: December 14, 2010, 06:57 »

Hi
   I have the structure of DWCNT. Is it possible to define the length of such configuration to a given value say 50nm or so.If possible what's the procedure to do so.Is there any option in VNL to see what's the length of nanotube in current display in the builder.

11

Installation and License Questions / does atk/vnl 2008.10 takes the same license for the latest version

« on: December 9, 2010, 15:05 »

Hi

i have the trial license for your latest version of atk.But i need to use the molecular builder provuision in atk/vnl 2008.10. whether i can use the same license or i wnt to get a new one to use it. 

12

General Questions and Answers / capping nanotubes

« on: December 4, 2010, 18:04 »

Hi
How to cap a nanotube if i already have a structure of the nanotube with open ends.Is it possible to compute the van der Walls interaction between two such capped nanotube if they are in a close proximity distance.

13

General Questions and Answers / error running script

« on: December 3, 2010, 14:32 »

Hi

I was trying to run the attached script.But there was an error poping out that the execition failed.but when I tried to do the same in an another system it ran. what could be  the problem

14

General Questions and Answers / electrostatic difference potential

« on: November 30, 2010, 18:58 »

Hi
 

when I try to compute the electrostatic difference potential of a Dwnt the vnl terminates automatically after running for an hour.what could be the possible reason

15

General Questions and Answers / script files importing

« on: November 30, 2010, 11:52 »

Dear Mr.Blom

       whether the following script files are there in vnl or to be included.if so how can i get it


1.ATK.KohnSham
2.ATK.Twoprobe
3. passivate_sp2.py