« previous next »
Pages: [1]   Go Down

Author Topic: The runtime to terminate--INPUT FILE  (Read 2269 times)

0 Members and 1 Guest are viewing this topic.

Offline dwh

  • Heavy QuantumATK user
  • ***
  • Posts: 30
  • Country: cn
  • Reputation: 0
    • View Profile
The runtime to terminate--INPUT FILE
« on: July 9, 2012, 10:08 »
HELLO!
The result shows:"This application has requested the runtime to terminate it in an unusual way. Please contact the application's support team for more information" When I calculated the band structure of the graphene monolayer placed on the SiO2 substrate. I need some help,please give me some advices,thanks.
      The  input file is :


# -------------------------------------------------------------
# Bulk configuration
# -------------------------------------------------------------

# Set up lattice
lattice = Hexagonal(9.832*Angstrom, 22.0*Angstrom)

# Define elements
elements = [Silicon, Silicon, Silicon, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen,
            Oxygen, Silicon, Silicon, Silicon, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen,
            Oxygen, Oxygen, Silicon, Silicon, Silicon, Oxygen, Oxygen, Oxygen,
            Oxygen, Oxygen, Oxygen, Silicon, Silicon, Silicon, Oxygen, Oxygen,
            Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Silicon, Silicon, Silicon, Oxygen,
            Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Silicon, Silicon, Silicon,
            Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Silicon, Silicon,
            Silicon, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Silicon,
            Silicon, Silicon, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen, Oxygen,
            Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
            Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
            Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
            Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
            Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
            Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
            Hydrogen, Hydrogen, Hydrogen, Hydrogen, Hydrogen, Hydrogen,
            Hydrogen, Hydrogen]

# Define coordinates
fractional_coordinates = [[ 0.27748068,  0.03985101,  0.05045455],
                          [ 0.04263079,  0.27470091,  0.21425455],
                          [ 0.30778079,  0.30500091,  0.13235455],
                          [ 0.24938078,  0.17330091,  0.07971741],
                          [ 0.17608079,  0.24660091,  0.18499182],
                          [ 0.40918056,  0.11315113,  0.24351727],
                          [ 0.33588108,  0.46655062,  0.10309182],
                          [ 0.46933049,  0.3331012 ,  0.16161727],
                          [ 0.11593075,  0.40640041,  0.26689182],
                          [ 0.77747332,  0.03985785,  0.05045455],
                          [ 0.54839703,  0.26893413,  0.21425455],
                          [ 0.8135467 ,  0.29923401,  0.13235455],
                          [ 0.75514674,  0.1675343 ,  0.07971741],
                          [ 0.6818464 ,  0.24083464,  0.18499182],
                          [ 0.9149467 ,  0.10738447,  0.24351727],
                          [ 0.84164706,  0.46078378,  0.10309182],
                          [ 0.97509647,  0.32733437,  0.16161727],
                          [ 0.62169716,  0.40063401,  0.26689182],
                          [ 0.27171401,  0.54561715,  0.05045455],
                          [ 0.03686422,  0.78046694,  0.21425455],
                          [ 0.30201389,  0.81076682,  0.13235455],
                          [ 0.24361452,  0.67906652,  0.07971741],
                          [ 0.17031418,  0.75236687,  0.18499182],
                          [ 0.40341448,  0.61891669,  0.24351727],
                          [ 0.33011425,  0.97231659,  0.10309182],
                          [ 0.46356366,  0.83886717,  0.16161727],
                          [ 0.11016435,  0.91216682,  0.26689182],
                          [ 0.77748042,  0.53985075,  0.05045455],
                          [ 0.54263063,  0.77470054,  0.21425455],
                          [ 0.8077803 ,  0.80500042,  0.13235455],
                          [ 0.74938046,  0.67330058,  0.07971741],
                          [ 0.67608046,  0.74660058,  0.18499182],
                          [ 0.90918029,  0.61315087,  0.24351727],
                          [ 0.83588065,  0.96655019,  0.10309182],
                          [ 0.96933007,  0.83310077,  0.16161727],
                          [ 0.61593075,  0.90640041,  0.26689182],
                          [ 0.27748042,  0.03985075,  0.29615409],
                          [ 0.04263079,  0.27470091,  0.45995409],
                          [ 0.30778079,  0.30500091,  0.37805409],
                          [ 0.24938078,  0.17330091,  0.32541695],
                          [ 0.17608079,  0.24660091,  0.43069136],
                          [ 0.40918056,  0.11315113,  0.48921682],
                          [ 0.33588108,  0.46655062,  0.34879136],
                          [ 0.46933049,  0.3331012 ,  0.40731682],
                          [ 0.11593075,  0.40640041,  0.51259136],
                          [ 0.77747332,  0.03985785,  0.29615409],
                          [ 0.54839703,  0.26893413,  0.45995409],
                          [ 0.8135467 ,  0.29923401,  0.37805409],
                          [ 0.75514674,  0.1675343 ,  0.32541695],
                          [ 0.6818464 ,  0.24083464,  0.43069136],
                          [ 0.9149467 ,  0.10738447,  0.48921682],
                          [ 0.84164706,  0.46078378,  0.34879136],
                          [ 0.97509647,  0.32733437,  0.40731682],
                          [ 0.62169716,  0.40063401,  0.51259136],
                          [ 0.27171401,  0.54561715,  0.29615409],
                          [ 0.03686422,  0.78046694,  0.45995409],
                          [ 0.30201389,  0.81076682,  0.37805409],
                          [ 0.24361452,  0.67906652,  0.32541695],
                          [ 0.17031418,  0.75236687,  0.43069136],
                          [ 0.40341448,  0.61891669,  0.48921682],
                          [ 0.33011425,  0.97231659,  0.34879136],
                          [ 0.46356366,  0.83886717,  0.40731682],
                          [ 0.11016435,  0.91216682,  0.51259136],
                          [ 0.77748042,  0.53985075,  0.29615409],
                          [ 0.54263063,  0.77470054,  0.45995409],
                          [ 0.8077803 ,  0.80500042,  0.37805409],
                          [ 0.74938046,  0.67330058,  0.32541695],
                          [ 0.67608046,  0.74660058,  0.43069136],
                          [ 0.90918029,  0.61315087,  0.48921682],
                          [ 0.83588065,  0.96655019,  0.34879136],
                          [ 0.96933007,  0.83310077,  0.40731682],
                          [ 0.61593075,  0.90640041,  0.51259136],
                          [ 1.03264908,  0.21098526,  0.5785    ],
                          [ 0.94985169,  0.04539007,  0.5785    ],
                          [ 0.70145954,  0.04539049,  0.5785    ],
                          [ 0.78425693, -0.03740732,  0.5785    ],
                          [ 0.53586477, -0.03740689,  0.5785    ],
                          [ 1.03264908,  0.45937826,  0.5785    ],
                          [ 0.94985169,  0.29378307,  0.5785    ],
                          [ 0.70145954,  0.2937835 ,  0.5785    ],
                          [ 0.78425693,  0.21098569,  0.5785    ],
                          [ 0.53586477,  0.21098611,  0.5785    ],
                          [ 0.45306739,  0.04539092,  0.5785    ],
                          [ 0.20467524,  0.04539134,  0.5785    ],
                          [ 0.28747262, -0.03740647,  0.5785    ],
                          [ 0.03908047, -0.03740604,  0.5785    ],
                          [ 1.03264908,  0.70777127,  0.5785    ],
                          [ 0.94985169,  0.54217607,  0.5785    ],
                          [ 0.70145954,  0.5421765 ,  0.5785    ],
                          [ 0.78425693,  0.45937869,  0.5785    ],
                          [ 0.53586477,  0.45937911,  0.5785    ],
                          [ 0.45306739,  0.29378392,  0.5785    ],
                          [ 0.20467524,  0.29378435,  0.5785    ],
                          [ 0.28747262,  0.21098654,  0.5785    ],
                          [ 0.03908047,  0.21098696,  0.5785    ],
                          [-0.04371691,  0.04539177,  0.5785    ],
                          [ 1.03264908,  0.9561541 ,  0.5785    ],
                          [ 0.94985169,  0.79056908,  0.5785    ],
                          [ 0.70145954,  0.79055933,  0.5785    ],
                          [ 0.78425693,  0.70777169,  0.5785    ],
                          [ 0.53586477,  0.70776195,  0.5785    ],
                          [ 0.45306739,  0.54217692,  0.5785    ],
                          [ 0.20467524,  0.54216718,  0.5785    ],
                          [ 0.28747262,  0.45937954,  0.5785    ],
                          [ 0.03908047,  0.45936979,  0.5785    ],
                          [-0.04371691,  0.29378477,  0.5785    ],
                          [ 0.94985169,  1.03895191,  0.5785    ],
                          [ 0.70145954,  1.03895233,  0.5785    ],
                          [ 0.78425693,  0.95615452,  0.5785    ],
                          [ 0.53586477,  0.95615495,  0.5785    ],
                          [ 0.45306739,  0.79055976,  0.5785    ],
                          [ 0.20467524,  0.79056018,  0.5785    ],
                          [ 0.28747262,  0.70776237,  0.5785    ],
                          [ 0.03908047,  0.7077628 ,  0.5785    ],
                          [-0.04371691,  0.5421676 ,  0.5785    ],
                          [ 0.45306739,  1.03895276,  0.5785    ],
                          [ 0.20467524,  1.03895318,  0.5785    ],
                          [ 0.28747262,  0.95615537,  0.5785    ],
                          [ 0.03908047,  0.9561558 ,  0.5785    ],
                          [-0.04371691,  0.79056061,  0.5785    ],
                          [ 0.16817455,  0.44207769,  0.        ],
                          [ 0.37159196,  0.6454951 ,  0.        ],
                          [ 0.67516146,  0.43753179,  0.        ],
                          [ 0.87857887,  0.6409492 ,  0.        ],
                          [ 0.17577171, -0.06185796,  0.        ],
                          [ 0.37918912,  0.14155945,  0.        ],
                          [ 0.67389745, -0.06364521,  0.        ],
                          [ 0.87731486,  0.1397722 ,  0.        ]]

# Set up configuration
bulk_configuration = BulkConfiguration(
    bravais_lattice=lattice,
    elements=elements,
    fractional_coordinates=fractional_coordinates
    )

# -------------------------------------------------------------
# Calculator
# -------------------------------------------------------------
numerical_accuracy_parameters = NumericalAccuracyParameters(
    k_point_sampling=(6, 6, 1),
    )

iteration_control_parameters = IterationControlParameters(
    tolerance=0.001,
    )

calculator = LCAOCalculator(
    numerical_accuracy_parameters=numerical_accuracy_parameters,
    iteration_control_parameters=iteration_control_parameters,
    )

bulk_configuration.setCalculator(calculator)
nlprint(bulk_configuration)
bulk_configuration.update()
nlsave('sio11.nc', bulk_configuration)

bulk_configuration = OptimizeGeometry(
        bulk_configuration,
        max_forces=0.05*eV/Ang,
        max_steps=200,
        max_step_length=0.5*Ang,
        trajectory_filename=None,
        disable_stress=True,
        optimizer_method=QuasiNewton(),
        )
nlsave('sio11.nc', bulk_configuration)
nlprint(bulk_configuration)

# -------------------------------------------------------------
# Calculator
# -------------------------------------------------------------
numerical_accuracy_parameters = NumericalAccuracyParameters(
    k_point_sampling=(6, 6, 1),
    )

calculator = LCAOCalculator(
    numerical_accuracy_parameters=numerical_accuracy_parameters,
    )

bulk_configuration.setCalculator(calculator)
nlprint(bulk_configuration)
bulk_configuration.update()
nlsave('sio11.nc', bulk_configuration)

# -------------------------------------------------------------
# Bandstructure
# -------------------------------------------------------------
bandstructure = Bandstructure(
    configuration=bulk_configuration,
    route=['G', 'M', 'L', 'A', 'G', 'K', 'H', 'A'],
    points_per_segment=20,
    bands_above_fermi_level=All
    )
nlsave('sio11.nc', bandstructure)
« Last Edit: July 9, 2012, 15:43 by dwh »
Logged

Offline kstokbro

  • Supreme QuantumATK Wizard
  • *****
  • Posts: 392
  • Reputation: 13
    • View Profile
    • QuantumWise
Re: the runtime to terminate
« Reply #1 on: July 9, 2012, 12:41 »
please attach your input script, else it is not possible for us to help you
Logged

Offline Nordland

  • QuantumATK Staff
  • Supreme QuantumATK Wizard
  • *****
  • Posts: 812
  • Reputation: 18
    • View Profile
Re: the runtime to terminate
« Reply #2 on: July 9, 2012, 12:53 »
This is the usual  warning from Microsoft Windows, when it does not have enough memory to continue running the program.
Logged

Offline Nordland

  • QuantumATK Staff
  • Supreme QuantumATK Wizard
  • *****
  • Posts: 812
  • Reputation: 18
    • View Profile
Re: The runtime to terminate--INPUT FILE
« Reply #3 on: July 11, 2012, 11:00 »
It runs on my machine so far.

Before it finish, I would like you recommend you to change your system or at least beware of the dangers in the system you are setting up.

If the structure is supposed to be a single layer graphene topped with SiO2, then you will some vacuum in the z-axis otherwise the carbon will interact with the hydrogen termination on the SiO2.

Secondly the graphene is no longer graphene, because when you repeat in the x-y plane you can see that the structure you are modelling, is not a graphene sheet, but rahter isolated flakes of graphene.
Logged
Pages: [1]   Go Up
« previous next »