Show Posts

This section allows you to view all posts made by this member. Note that you can only see posts made in areas you currently have access to.


Messages - kumar

Pages: [1]
1
General Questions and Answers / how to link dithiocarboxylate in two probe system
« on: February 10, 2012, 06:33 »
Hello,

Can any one tell me what modifications I should make in the script to replace thiol(-S) anchoring group by dithiocrboxylate(-CS2) linking group in the given script (which is showing dithiol molecule sandwitched between two gold electrodes):

# Left electrode
vector_a = [8.65127469112, -6.75261456523e-33, 0.0]*Angstrom
vector_b = [-4.32563734556, 7.49222365763, 4.09015759516e-16]*Angstrom
vector_c = [0.0, 0.0, 7.06373620597]*Angstrom
left_electrode_lattice = UnitCell(vector_a, vector_b, vector_c)

# Define elements
left_electrode_elements = [Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold,
                           Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold,
                           Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold]
                           
# Define coordinates
left_electrode_coordinates = [[ 0.72107876, 1.24846289, 1.17728937],
                              [ 3.60483699, 1.24846289, 1.17728937],
                              [ 6.48859522, 1.24846289, 1.17728937],
                              [-0.72080035, 3.74587078, 1.17728937],
                              [ 5.04671611, 3.74587078, 1.17728937],
                              [ 2.16295788, 3.74587078, 1.17728937],
                              [ 3.60483699, 6.24327867, 1.17728937],
                              [-2.16267947, 6.24327867, 1.17728937],
                              [ 0.72107876, 6.24327867, 1.17728937],
                              [ 2.16295788, 2.08093219, 3.5318681 ],
                              [-0.72080035, 2.08093219, 3.5318681 ],
                              [ 5.04671611, 2.08093219, 3.5318681 ],
                              [-3.60455858, 7.07574796, 3.5318681 ],
                              [-2.16267947, 4.57834008, 3.5318681 ],
                              [ 2.16295788, 7.07574796, 3.5318681 ],
                              [ 3.60483699, 4.57834008, 3.5318681 ],
                              [ 0.72107876, 4.57834008, 3.5318681 ],
                              [-0.72080035, 7.07574796, 3.5318681 ],
                              [ 7.93047434, 0.4159936 , 5.88644684],
                              [ 0.72107876, 2.91340148, 5.88644684],
                              [ 2.16295788, 5.41080937, 5.88644684],
                              [-0.72080035, 5.41080937, 5.88644684],
                              [ 5.04671611, 5.41080937, 5.88644684],
                              [ 2.16295788, 0.4159936 , 5.88644684],
                              [ 3.60483699, 2.91340148, 5.88644684],
                              [ 5.04671611, 0.4159936 , 5.88644684],
                              [ 6.48859522, 2.91340148, 5.88644684]]*Angstrom
                             
# Set up configuration
left_electrode = BulkConfiguration(
    bravais_lattice=left_electrode_lattice,
    elements=left_electrode_elements,
    cartesian_coordinates=left_electrode_coordinates
    )
   
   
# Right electrode
vector_a = [8.65127469112, -6.75261456523e-33, 0.0]*Angstrom
vector_b = [-4.32563734556, 7.49222365763, 4.09015759516e-16]*Angstrom
vector_c = [0.0, 0.0, 7.06373620597]*Angstrom
right_electrode_lattice = UnitCell(vector_a, vector_b, vector_c)

# Define elements
right_electrode_elements = [Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold,
                            Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold,
                            Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold]
                           
# Define coordinates
right_electrode_coordinates = [[ 0.72080035, 4.57882217, 1.17728937],
                               [-0.72107876, 7.07623006, 1.17728937],
                               [ 2.16267947, 7.07623006, 1.17728937],
                               [-2.16295788, 4.57882217, 1.17728937],
                               [-0.72107876, 2.08141429, 1.17728937],
                               [ 3.60455858, 4.57882217, 1.17728937],
                               [-3.60483699, 7.07623006, 1.17728937],
                               [ 5.0464377 , 2.08141429, 1.17728937],
                               [ 2.16267947, 2.08141429, 1.17728937],
                               [ 7.93019593, 0.4164757 , 3.5318681 ],
                               [ 3.60455858, 2.91388358, 3.5318681 ],
                               [ 6.48831681, 2.91388358, 3.5318681 ],
                               [ 2.16267947, 5.41129147, 3.5318681 ],
                               [ 5.0464377 , 0.4164757 , 3.5318681 ],
                               [ 5.0464377 , 5.41129147, 3.5318681 ],
                               [-0.72107876, 5.41129147, 3.5318681 ],
                               [ 0.72080035, 2.91388358, 3.5318681 ],
                               [ 2.16267947, 0.4164757 , 3.5318681 ],
                               [ 2.16267947, 3.74635288, 5.88644684],
                               [-2.16295788, 6.24376076, 5.88644684],
                               [ 0.72080035, 6.24376076, 5.88644684],
                               [-0.72107876, 3.74635288, 5.88644684],
                               [ 6.48831681, 1.24894499, 5.88644684],
                               [ 0.72080035, 1.24894499, 5.88644684],
                               [ 5.0464377 , 3.74635288, 5.88644684],
                               [ 3.60455858, 1.24894499, 5.88644684],
                               [ 3.60455858, 6.24376076, 5.88644684]]*Angstrom
                               
# Set up configuration
right_electrode = BulkConfiguration(
    bravais_lattice=right_electrode_lattice,
    elements=right_electrode_elements,
    cartesian_coordinates=right_electrode_coordinates
    )
   
   
# Central region
vector_a = [8.65127469112, -6.75261456523e-33, 0.0]*Angstrom
vector_b = [-4.32563734556, 7.49222365763, 4.09015759516e-16]*Angstrom
vector_c = [0.0, 0.0, 21.4923367139]*Angstrom
central_region_lattice = UnitCell(vector_a, vector_b, vector_c)

# Define elements
central_region_elements = [Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold,
                           Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold,
                           Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Sulfur, Carbon,
                           Hydrogen, Hydrogen, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Hydrogen,
                           Hydrogen, Carbon, Sulfur, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold,
                           Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold,
                           Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold,
                           Gold]
                           
# Define coordinates
central_region_coordinates = [[ 0.72107876, 1.24846289, 1.17728937],
                              [ 3.60483699, 1.24846289, 1.17728937],
                              [ 6.48859522, 1.24846289, 1.17728937],
                              [ -0.72080035, 3.74587078, 1.17728937],
                              [ 5.04671611, 3.74587078, 1.17728937],
                              [ 2.16295788, 3.74587078, 1.17728937],
                              [ 3.60483699, 6.24327867, 1.17728937],
                              [ -2.16267947, 6.24327867, 1.17728937],
                              [ 0.72107876, 6.24327867, 1.17728937],
                              [ 2.16295788, 2.08093219, 3.5318681 ],
                              [ -0.72080035, 2.08093219, 3.5318681 ],
                              [ 5.04671611, 2.08093219, 3.5318681 ],
                              [ -3.60455858, 7.07574796, 3.5318681 ],
                              [ -2.16267947, 4.57834008, 3.5318681 ],
                              [ 2.16295788, 7.07574796, 3.5318681 ],
                              [ 3.60483699, 4.57834008, 3.5318681 ],
                              [ 0.72107876, 4.57834008, 3.5318681 ],
                              [ -0.72080035, 7.07574796, 3.5318681 ],
                              [ 7.93047434, 0.4159936 , 5.88644684],
                              [ 0.72107876, 2.91340148, 5.88644684],
                              [ 2.16295788, 5.41080937, 5.88644684],
                              [ -0.72080035, 5.41080937, 5.88644684],
                              [ 5.04671611, 5.41080937, 5.88644684],
                              [ 2.16295788, 0.4159936 , 5.88644684],
                              [ 3.60483699, 2.91340148, 5.88644684],
                              [ 5.04671611, 0.4159936 , 5.88644684],
                              [ 6.48859522, 2.91340148, 5.88644684],
                              [ 2.16295788, 3.74587078, 7.59644684],
                              [ 2.16295788, 3.74587078, 9.34644649],
                              [ 1.07984884, 5.62136998, 9.49557904],
                              [ 3.24594854, 1.87057656, 9.49607409],
                              [ 1.55660877, 4.79581794, 10.04613074],
                              [ 2.76904869, 2.69637089, 10.04634658],
                              [ 1.55658866, 4.79585277, 11.44599014],
                              [ 2.76902857, 2.69640571, 11.44620598],
                              [ 1.0796888 , 5.6216471 , 11.99626262],
                              [ 3.24578851, 1.87085367, 11.99675768],
                              [ 2.16267947, 3.74635288, 12.14589023],
                              [ 2.16267947, 3.74635288, 13.89588988],
                              [ 0.72080035, 4.57882217, 15.60588988],
                              [ -0.72107876, 7.07623006, 15.60588988],
                              [ 2.16267947, 7.07623006, 15.60588988],
                              [ -2.16295788, 4.57882217, 15.60588988],
                              [ -0.72107876, 2.08141429, 15.60588988],
                              [ 3.60455858, 4.57882217, 15.60588988],
                              [ -3.60483699, 7.07623006, 15.60588988],
                              [ 5.0464377 , 2.08141429, 15.60588988],
                              [ 2.16267947, 2.08141429, 15.60588988],
                              [ 7.93019593, 0.4164757 , 17.96046861],
                              [ 3.60455858, 2.91388358, 17.96046861],
                              [ 6.48831681, 2.91388358, 17.96046861],
                              [ 2.16267947, 5.41129147, 17.96046861],
                              [ 5.0464377 , 0.4164757 , 17.96046861],
                              [ 5.0464377 , 5.41129147, 17.96046861],
                              [ -0.72107876, 5.41129147, 17.96046861],
                              [ 0.72080035, 2.91388358, 17.96046861],
                              [ 2.16267947, 0.4164757 , 17.96046861],
                              [ 2.16267947, 3.74635288, 20.31504735],
                              [ -2.16295788, 6.24376076, 20.31504735],
                              [ 0.72080035, 6.24376076, 20.31504735],
                              [ -0.72107876, 3.74635288, 20.31504735],
                              [ 6.48831681, 1.24894499, 20.31504735],
                              [ 0.72080035, 1.24894499, 20.31504735],
                              [ 5.0464377 , 3.74635288, 20.31504735],
                              [ 3.60455858, 1.24894499, 20.31504735],
                              [ 3.60455858, 6.24376076, 20.31504735]]*Angstrom
                             
# Set up configuration
central_region = BulkConfiguration(
    bravais_lattice=central_region_lattice,
    elements=central_region_elements,
    cartesian_coordinates=central_region_coordinates
    )

device_configuration = DeviceConfiguration(
    central_region,
    [left_electrode, right_electrode]
    )

2
General Questions and Answers / Re: Transmission Spectra of Two probe model
« on: February 8, 2012, 09:36 »
How to make benzene with different anchoring groups dithiocarboxylate and thiol group geometry in builder regarding two probe molecular junction??

kindly help me!

3
General Questions and Answers / Transmission Spectra of Two probe model
« on: January 28, 2012, 17:38 »
Hi I am new user to ATK-VNL

I have some questions related to your tutorial for molecular devices:

1. How to calculate Sulphur charge and conductance in terms of G0 by calculating transmission spectra of two probe model

2. How to calculate orbital energy by calculating MPSH


THe same parameters are also calculated in the article for your reference:

(Single molecule electron transport junctions: Charging and geometric effects on conductance

J. Chem. Phys. 125, 174718 (2006);)

Pages: [1]