Show Posts

This section allows you to view all posts made by this member. Note that you can only see posts made in areas you currently have access to.


Topics - Roc

Pages: 1 [2] 3 4
16
General Questions and Answers / some questions about the pseudopotential
« on: June 2, 2010, 02:09 »
Dear everyone,
   Recently, I try to explore one molecule including Cr element, while I have a question about the pseudopotential of Cr. In atk, the TM pseudopotential defines that the valence electron is 4S23d4, while others not, for example, in VASP, the plane wave pseudopotential defines the valence electron 4s13d5. So, can anyone give some possible reasons or advice. which is better?

   Thank you!     

17
General Questions and Answers / spin current
« on: April 17, 2010, 12:27 »
Dear everyone,
     When I test the spin transport properties of one molecule, the result gives only one current value, is it the total current(sum of I_up and I_down )? how to obtain the spin up and down current, respectively? (ATK version: 2008.10)

Thank you!

7.07082795363e-08 A
# -----------------------------------------------------------------------------
# Density Of States
# -----------------------------------------------------------------------------
# Energy (eV)   Spin-Up DOS (eV)   Spin-Down DOS (1/eV)
        -2.00          6642.5719              6420.9877
        -1.99         10509.3270             10542.2385
......................

18
General Questions and Answers / some questions about spin transport
« on: March 21, 2010, 09:16 »
Dear everyone,
    I have investigated the spin transport properties of one magnetic molecule, and I got the transmission spectrum and MPSH energy spectrum under zero bias voltage, as follows,

Transmission spectrum:
Energy (eV)   Spin-Up Coefficient   Spin-Down Coefficient
.......
        -0.03                0.0100                  0.0535
        -0.02                0.0085                  0.0467
        -0.01                0.0074                  0.0416
         0.00                0.0063                  0.0390
         0.01                0.0049                  0.0237
         0.02                0.0094                  0.0520
         0.03                0.0062                  0.0296
........

# Energy Spectrum
# -----------------------------------------------------------------------------
# Spin-Up Energy (eV)  Spin-Down Energy (eV)

............
                -1.75                  -1.27
                -1.74                  -0.93
                -1.69                  -0.43
                -1.28                   0.01
                -1.17                   0.27
                -0.95                   0.33
                 0.97                  1.22
                 1.01                   1.29
                 1.39                   2.28
                 2.26                   2.61
.........................

Question 1,
      For one spin polarization system, how to calculate the equilibrium conductance? For my system, the equilibrium conductance is G0*(0.0063+0.0390),right or not?

Question 2,
     For my spin polarization system, about the MPSH energy spectrum, how to decide the HOMO-LUMO Gap? Must we discuss it in two aspects, spin-up HOMO-LUMO Gap and spin down HOMO-LUMO Gap, respectively?

Thank you very much.

19
Installation and License Questions / parall in Windows XP system
« on: March 6, 2010, 11:03 »
Dear all,
    I have the question that, can ATK do the calculation in parall on Windows XP system? If yes, how to deploy it?

thank you！

20
General Questions and Answers / Can the ATK2009.12 handle with the gate volatages for other system
« on: February 3, 2010, 12:35 »
Dear everyone,

Can the ATK2009.12 handle with the gate volatages for other system except the example about the Graphene Junction? it seems that it can not be applied  in this version, right?

thank you.

21
General Questions and Answers / Can the ATK2009.12 handle with the spin-dependent system
« on: February 3, 2010, 12:16 »
Dear everyone,
     I have the question that, how to set up parameters to investigate the the spin transport properties of one magnetic molecule in the version of ATK2009.12,  like that in the version of 2008.10, there are some paremeters about Initial spin of the electrodes and central molecule.
How to get the spinup and down transmission spectrum? does the new version give up these function?
Thank you very much.

22
General Questions and Answers / resolved
« on: November 14, 2009, 08:49 »
resolved :)




23
General Questions and Answers / what do the three SCF calculations mean?
« on: November 14, 2009, 08:34 »
Dear everyone,

    I have not the complete understanding about the two-probe calculations. In the output file(Voltage=0), there is three SCF calculations, as following,
the first one is about the Electrodes Calculation, second is Equivalent Bulk Calculation (Initial Density for TwoProbe), last one is TwoProbe Calculation.

anyone could give an explanation,respectively?

thanks a billion!

24
General Questions and Answers / calculations are finished partialy
« on: July 22, 2009, 02:39 »
Dear everyone,

when I calculate my two-probe system, one strange thing happens. I have successfully obtained the transport properties from 0 to 1.2V, including Total energy, Transmission coefficients, Transmission eigenstates, Transmission eigenvalues, and Transmission spectrum. While at 1.3V,  
the job is finished without calculating the Transmission eigenstates, Transmission eigenvalues, and Transmission spectrum.(all the parameters are the same from 0 to 2.0V). The end of the .out file is as follows.  thank you very much!

# ----------------------------------------------------------------
# Total Energy           = -57955.8133 eV
# Potential Energy       = -57955.8133 eV
# Ion Kinetic Energy     = 0.0000 eV
# ----------------------------------------------------------------
# NumOrb: Energy of system
# ----------------------------------------------------------------
# Charge                  = 636.5473
# Band Structure Energy   = -4711.1567 eV
# ----------------------------------------------------------------
# El. Kinetic Energy      = 33326.2244 eV
# NL Energy               = -27236.4266 eV
# dEna                    = -547.2404 eVTotal
# dUscf                   = 4715.1972 eV
# XC Energy               = -29262.3599 eV
# ENA                     = 9545.7728 eV
# Eions                   = -48496.9808 eV
# ----------------------------------------------------------------
# Electron kinetic energy = 33326.2244 eV
# Electrostatic energy    = -62019.6777 eV
# Exchange-corr. energy   = -29262.3599 eV
# ----------------------------------------------------------------
# Total potential energy  = -57955.8133 eV
# ----------------------------------------------------------------
Total energy
-57955.8132739 eV
[ 0.04129895  0.30779887  0.30747487  0.04129895  0.23893055  0.41008104
  0.27410268  0.23893055  0.23916114  0.2739539   0.41003894  0.23916114
  0.04129895  0.30779887  0.30747

25
General Questions and Answers / Error in removing file？
« on: July 12, 2009, 02:45 »
Dear everyone，

   When I calculate the transport properties of my two-probe system, one error happens.
when the bias voltage is increased to 0.7V, and "Restore self consistent calculation from check point file " using the .nc file that of 0.6V,the errro happens like that,

# Error in removing file [au-Mol-au07.nc]: Permission denied
#  Warning : Could not rename file D:\AYP\QuantumWise\ATK 2008.10\bin\_au-Mol-a
u07_HCOIJC.nc to au-Mol-au07.nc !

Surprisingly, all the calculated physical properties have been obtained successfully!
thanks!

26
General Questions and Answers / a question about the source code to define the broadening function in ATK
« on: June 1, 2009, 02:24 »
Dear Dr.
     when I try to understand the NEGF+DFT of ATK deeply,  I notice some different definitions on the broadening function.  following Eq.1 (Phys. Rev. B 65, 165401 (2002)) is same to Eq.2(J. Phys. Chem. C 2008, 112, 1685 1693), another Eq.3(PHYSICAL REVIEW B, VOLUME 64, 115411) is different. I want to konw which Eq is correct for the source code compiled in ATK.
thanks.

27
General Questions and Answers / setting the quantum number to calculate the HOMO and LUMO
« on: May 12, 2009, 03:16 »
Dear everyone,

I have some confusion  about setting the quantum number to calculate the HOMO and LUMO of two-probe system. for example, for the molecule line C4BPH12, there are 40 outer-shell electrons, usually based on that two electrons occupy one orbit, so the 40 outer-shell electrons will occupy 20 orbits, and the quantum number of HOMO should be 19 (the quantum number of the first one lowest energy orbit is 0 ), for LUMO is that 20. however, it seems not like that through calculating the energy spectrum, as following,

0   -4.64
1   -4.36
2   -4.14
3   -3.8
4   -3.77
5   -3.76
6   -3.65
7   -3.06
8   -2.94
9   -2.7
10   -2.45
11   -2.19
12   -2.09
13   -2.07
14   -1.86
15   -1.67
16   -1.38
17   -1.31
18   -1.24
19   -0.71
20   -0.27
21   0.77
22   1.54
23   2.04
24   2.12
25   2.26
26   2.76
27   2.84
28   3.01

is it possible that two special electrons occupy two orbits, so, the quantum number of HOMO should be setted to 20(-0.27eV) .
or, the energy -0.27 could be considered as 0, so, the quantum number of HOMO and LUMO should be setted to 19 (-0.71eV) and 21(0.77eV).
how to explain it resonablely?
Another, for the molecule owning odd outer-shell electrons, ie. Si5Li cluster. there are total 23 electron, do they should occupy 12 orbits, and which orbit is occupied with only electron, HOMO ?
Thank you!

28
General Questions and Answers / strange result
« on: May 11, 2009, 05:17 »
Dear everyone,
     I have calculated I-V characteristic of my molecule. the two-probe bias is set to 20mV, and the current is calculated when changing the Gate voltage from -2v to 2V with step of 0.1V , intreastingly, when I check the out document I find this one different and strange from others when the gate voltage is 0.3V, the results of   # Atomic Forces and current are listed four times. how to understand this thing.

thanks!

。。。。。。。。。。。。。。。。
101 Au     q = 11.51061 [ s:  1.085, d(-2):  1.894, d(-1):  1.907, d( 0):  1.871, d( 1):  1.906, d( 2):  1.894, py:  0.232, pz:  0.493, px:  0.229 ]
102 Au     q = 11.52309 [ s:  1.086, d(-2):  1.894, d(-1):  1.905, d( 0):  1.871, d( 1):  1.907, d( 2):  1.894, py:  0.233, pz:  0.501, px:  0.231 ]
#-------------------------------------------------------------------------------
# Total Charge =  504.48379
#-------------------------------------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------------------------------
# Atomic Forces
# -----------------------------------------------------------------------------
# Index     Fx (eV/Ang)     Fy (eV/Ang)     Fz (eV/Ang)
      0      4.8922e-04     -2.1650e-04     -3.8410e+00
      1     -3.5583e-03      2.8919e-03     -3.8316e+00
      2     -5.9411e-03      8.6086e-03     -3.8401e+00
      3     -1.0651e-02     -1.3174e-03     -3.8406e+00
      4     -5.7331e-03      4.8759e-02     -3.7868e+00
      5      3.5190e-02     -2.0771e-02     -3.7868e+00
      6     -5.8686e-03      6.3841e-04     -3.8312e+00
      7     -6.8856e-03      3.4887e-03     -3.8309e+00
      8     -4.5838e-02     -2.1276e-02     -3.7868e+00
      9      1.2602e-03     -4.1971e-03      6.6915e-01
     10     -4.2560e-02     -1.0011e-01      6.1811e-01
     11     -1.0296e-01      3.5069e-03      6.2179e-01
     12     -5.8430e-02      8.0922e-02      6.1996e-01
     13      4.5345e-02     -9.7136e-02      6.2306e-01
     14      1.6762e-03     -3.1659e-03     -1.6735e+00
     15      5.7700e-02      7.9514e-02      6.2480e-01
     16      9.1888e-04     -4.6026e-03      7.5300e-01
     17      1.0744e-01      4.7423e-03      6.1730e-01
     18     -2.9944e-01     -1.7184e-01     -2.7162e-01
     19     -3.2491e-01      2.3199e-02     -1.3823e-01
     20      1.8945e-01      2.9245e-01     -1.2608e-01
     21     -2.0953e-01      2.7406e-01     -1.2376e-01
     22      2.9690e-01     -1.5943e-01     -2.6362e-01
     23     -7.6515e-03      3.6561e-01     -2.5529e-01
     24     -1.7136e-01     -3.2456e-01     -1.2991e-01
     25      6.0717e-03     -1.2987e-02     -2.6876e+00
     26     -3.2243e-01     -3.7483e-02      1.3712e-01
     27     -1.9656e-01      3.0854e-01      1.2362e-01
     28      3.2128e-01      4.0064e-02     -1.3682e-01
     29      1.9573e-01     -3.0513e-01     -1.2456e-01
     30     -1.9390e-01     -2.9343e-01      1.2559e-01
     31     -3.0044e-01      1.6003e-01      2.6166e-01
     32      1.7446e-01      3.2204e-01      1.2993e-01
     33      3.2931e-01     -2.3731e-02      1.3669e-01
     34      2.0731e-01     -2.7507e-01      1.2481e-01
     35      1.0013e-02     -3.6402e-01      2.5469e-01
     36     -5.8651e-03      1.4420e-02      2.7057e+00
     37      3.0291e-01      1.7524e-01      2.6811e-01
     38      2.2003e-01      1.3769e-01      3.0386e-01
     39      1.9398e-01     -2.6045e-02      1.2698e-01
     40     -1.2377e-01     -1.7413e-01      1.1988e-01
     41      1.4366e-01     -1.6121e-01      1.2397e-01
     42     -2.2638e-01      1.3032e-01      2.9710e-01
     43      3.5269e-03     -2.5677e-01      3.1309e-01
     44      7.8273e-02      2.0049e-01      1.3164e-01
     45     -7.6391e-04     -2.9192e-02     -4.1997e-01
     46      1.8718e-01      3.5885e-02     -1.2702e-01
     47      9.4347e-02     -1.8926e-01     -1.2657e-01
     48     -1.8596e-01     -4.0134e-02      1.2822e-01
     49     -9.8326e-02      1.9250e-01      1.2761e-01
     50      1.2234e-01      1.7044e-01     -1.1889e-01
     51      2.2461e-01     -1.3090e-01     -2.9817e-01
     52     -8.3214e-02     -1.9995e-01     -1.3108e-01
     53     -1.8809e-01      2.7710e-02     -1.2542e-01
     54     -1.3995e-01      1.6264e-01     -1.2249e-01
     55     -7.8560e-04      2.5563e-01     -3.1250e-01
     56     -3.0658e-03      1.0705e-02      4.1209e-01
     57     -2.2142e-01     -1.3519e-01     -3.0540e-01
     58     -2.5728e-04      3.8394e-03     -7.0957e-01
     59     -5.9510e-02     -8.1549e-02     -5.7605e-01
     60     -1.0949e-01     -3.7234e-03     -5.6535e-01
     61     -4.4790e-02      9.5389e-02     -5.7416e-01
     62      6.0518e-02     -8.2520e-02     -5.6997e-01
     63      3.5634e-03      2.6817e-02      1.7265e+00
     64      4.0977e-02      9.7188e-02     -5.7284e-01
     65     -2.1668e-03      5.6658e-03     -6.1756e-01
     66      1.0325e-01     -3.4494e-03     -5.7189e-01
     67      3.2440e-02     -2.3809e-02      6.6252e+00
     68      3.2532e-02      1.1304e-02      6.3160e+00
     69      4.9324e-02      5.5669e-02      6.5842e+00
     70     -1.2775e-02     -7.0267e-02      6.6313e+00
     71      2.2433e-02      4.8491e-03      6.6824e+00
     72     -3.1307e-02      2.9499e-02      6.6353e+00
     73      1.9784e-03     -4.0132e-02      6.4165e+00
     74     -3.3542e-02      1.3504e-02      6.4210e+00
     75      3.9680e-03     -1.2196e-02      6.7305e+00
# -----------------------------------------------------------------------------
# Atomic Forces
# -----------------------------------------------------------------------------
# Index     Fx (eV/Ang)     Fy (eV/Ang)     Fz (eV/Ang)
      0      4.8922e-04     -2.1650e-04     -3.8410e+00
      1     -3.5583e-03      2.8919e-03     -3.8316e+00
      2     -5.9411e-03      8.6086e-03     -3.8401e+00
      3     -1.0651e-02     -1.3174e-03     -3.8406e+00
      4     -5.7331e-03      4.8759e-02     -3.7868e+00
      5      3.5190e-02     -2.0771e-02     -3.7868e+00
      6     -5.8686e-03      6.3841e-04     -3.8312e+00
      7     -6.8856e-03      3.4887e-03     -3.8309e+00
      8     -4.5838e-02     -2.1276e-02     -3.7868e+00
      9      1.2602e-03     -4.1971e-03      6.6915e-01
     10     -4.2560e-02     -1.0011e-01      6.1811e-01
     11     -1.0296e-01      3.5069e-03      6.2179e-01
     12     -5.8430e-02      8.0922e-02      6.1996e-01
     13      4.5345e-02     -9.7136e-02      6.2306e-01
     14      1.6762e-03     -3.1659e-03     -1.6735e+00
     15      5.7700e-02      7.9514e-02      6.2480e-01
     16      9.1888e-04     -4.6026e-03      7.5300e-01
     17      1.0744e-01      4.7423e-03      6.1730e-01
     18     -2.9944e-01     -1.7184e-01     -2.7162e-01
     19     -3.2491e-01      2.3199e-02     -1.3823e-01
     20      1.8945e-01      2.9245e-01     -1.2608e-01
     21     -2.0953e-01      2.7406e-01     -1.2376e-01
     22      2.9690e-01     -1.5943e-01     -2.6362e-01
     23     -7.6515e-03      3.6561e-01     -2.5529e-01
     24     -1.7136e-01     -3.2456e-01     -1.2991e-01
     25      6.0717e-03     -1.2987e-02     -2.6876e+00
     26     -3.2243e-01     -3.7483e-02      1.3712e-01
     27     -1.9656e-01      3.0854e-01      1.2362e-01
     28      3.2128e-01      4.0064e-02     -1.3682e-01
     29      1.9573e-01     -3.0513e-01     -1.2456e-01
     30     -1.9390e-01     -2.9343e-01      1.2559e-01
     31     -3.0044e-01      1.6003e-01      2.6166e-01
     32      1.7446e-01      3.2204e-01      1.2993e-01
     33      3.2931e-01     -2.3731e-02      1.3669e-01
     34      2.0731e-01     -2.7507e-01      1.2481e-01
     35      1.0013e-02     -3.6402e-01      2.5469e-01
     36     -5.8651e-03      1.4420e-02      2.7057e+00
     37      3.0291e-01      1.7524e-01      2.6811e-01
     38      2.2003e-01      1.3769e-01      3.0386e-01
     39      1.9398e-01     -2.6045e-02      1.2698e-01
     40     -1.2377e-01     -1.7413e-01      1.1988e-01
     41      1.4366e-01     -1.6121e-01      1.2397e-01
     42     -2.2638e-01      1.3032e-01      2.9710e-01
     43      3.5269e-03     -2.5677e-01      3.1309e-01
     44      7.8273e-02      2.0049e-01      1.3164e-01
     45     -7.6391e-04     -2.9192e-02     -4.1997e-01
     46      1.8718e-01      3.5885e-02     -1.2702e-01
     47      9.4347e-02     -1.8926e-01     -1.2657e-01
     48     -1.8596e-01     -4.0134e-02      1.2822e-01
     49     -9.8326e-02      1.9250e-01      1.2761e-01
     50      1.2234e-01      1.7044e-01     -1.1889e-01
     51      2.2461e-01     -1.3090e-01     -2.9817e-01
     52     -8.3214e-02     -1.9995e-01     -1.3108e-01
     53     -1.8809e-01      2.7710e-02     -1.2542e-01
     54     -1.3995e-01      1.6264e-01     -1.2249e-01
     55     -7.8560e-04      2.5563e-01     -3.1250e-01
     56     -3.0658e-03      1.0705e-02      4.1209e-01
     57     -2.2142e-01     -1.3519e-01     -3.0540e-01
     58     -2.5728e-04      3.8394e-03     -7.0957e-01
     59     -5.9510e-02     -8.1549e-02     -5.7605e-01
     60     -1.0949e-01     -3.7234e-03     -5.6535e-01
     61     -4.4790e-02      9.5389e-02     -5.7416e-01
     62      6.0518e-02     -8.2520e-02     -5.6997e-01
     63      3.5634e-03      2.6817e-02      1.7265e+00
     64      4.0977e-02      9.7188e-02     -5.7284e-01
     65     -2.1668e-03      5.6658e-03     -6.1756e-01
     66      1.0325e-01     -3.4494e-03     -5.7189e-01
     67      3.2440e-02     -2.3809e-02      6.6252e+00
     68      3.2532e-02      1.1304e-02      6.3160e+00
     69      4.9324e-02      5.5669e-02      6.5842e+00
     70     -1.2775e-02     -7.0267e-02      6.6313e+00
     71      2.2433e-02      4.8491e-03      6.6824e+00
     72     -3.1307e-02      2.9499e-02      6.6353e+00
     73      1.9784e-03     -4.0132e-02      6.4165e+00
     74     -3.3542e-02      1.3504e-02      6.4210e+00
     75      3.9680e-03     -1.2196e-02      6.7305e+00
# -----------------------------------------------------------------------------
# Atomic Forces
# -----------------------------------------------------------------------------
# Index     Fx (eV/Ang)     Fy (eV/Ang)     Fz (eV/Ang)
      0      4.8922e-04     -2.1650e-04     -3.8410e+00
      1     -3.5583e-03      2.8919e-03     -3.8316e+00
      2     -5.9411e-03      8.6086e-03     -3.8401e+00
      3     -1.0651e-02     -1.3174e-03     -3.8406e+00
      4     -5.7331e-03      4.8759e-02     -3.7868e+00
      5      3.5190e-02     -2.0771e-02     -3.7868e+00
      6     -5.8686e-03      6.3841e-04     -3.8312e+00
      7     -6.8856e-03      3.4887e-03     -3.8309e+00
      8     -4.5838e-02     -2.1276e-02     -3.7868e+00
      9      1.2602e-03     -4.1971e-03      6.6915e-01
     10     -4.2560e-02     -1.0011e-01      6.1811e-01
     11     -1.0296e-01      3.5069e-03      6.2179e-01
     12     -5.8430e-02      8.0922e-02      6.1996e-01
     13      4.5345e-02     -9.7136e-02      6.2306e-01
     14      1.6762e-03     -3.1659e-03     -1.6735e+00
     15      5.7700e-02      7.9514e-02      6.2480e-01
     16      9.1888e-04     -4.6026e-03      7.5300e-01
     17      1.0744e-01      4.7423e-03      6.1730e-01
     18     -2.9944e-01     -1.7184e-01     -2.7162e-01
     19     -3.2491e-01      2.3199e-02     -1.3823e-01
     20      1.8945e-01      2.9245e-01     -1.2608e-01
     21     -2.0953e-01      2.7406e-01     -1.2376e-01
     22      2.9690e-01     -1.5943e-01     -2.6362e-01
     23     -7.6515e-03      3.6561e-01     -2.5529e-01
     24     -1.7136e-01     -3.2456e-01     -1.2991e-01
     25      6.0717e-03     -1.2987e-02     -2.6876e+00
     26     -3.2243e-01     -3.7483e-02      1.3712e-01
     27     -1.9656e-01      3.0854e-01      1.2362e-01
     28      3.2128e-01      4.0064e-02     -1.3682e-01
     29      1.9573e-01     -3.0513e-01     -1.2456e-01
     30     -1.9390e-01     -2.9343e-01      1.2559e-01
     31     -3.0044e-01      1.6003e-01      2.6166e-01
     32      1.7446e-01      3.2204e-01      1.2993e-01
     33      3.2931e-01     -2.3731e-02      1.3669e-01
     34      2.0731e-01     -2.7507e-01      1.2481e-01
     35      1.0013e-02     -3.6402e-01      2.5469e-01
     36     -5.8651e-03      1.4420e-02      2.7057e+00
     37      3.0291e-01      1.7524e-01      2.6811e-01
     38      2.2003e-01      1.3769e-01      3.0386e-01
     39      1.9398e-01     -2.6045e-02      1.2698e-01
     40     -1.2377e-01     -1.7413e-01      1.1988e-01
     41      1.4366e-01     -1.6121e-01      1.2397e-01
     42     -2.2638e-01      1.3032e-01      2.9710e-01
     43      3.5269e-03     -2.5677e-01      3.1309e-01
     44      7.8273e-02      2.0049e-01      1.3164e-01
     45     -7.6391e-04     -2.9192e-02     -4.1997e-01
     46      1.8718e-01      3.5885e-02     -1.2702e-01
     47      9.4347e-02     -1.8926e-01     -1.2657e-01
     48     -1.8596e-01     -4.0134e-02      1.2822e-01
     49     -9.8326e-02      1.9250e-01      1.2761e-01
     50      1.2234e-01      1.7044e-01     -1.1889e-01
     51      2.2461e-01     -1.3090e-01     -2.9817e-01
     52     -8.3214e-02     -1.9995e-01     -1.3108e-01
     53     -1.8809e-01      2.7710e-02     -1.2542e-01
     54     -1.3995e-01      1.6264e-01     -1.2249e-01
     55     -7.8560e-04      2.5563e-01     -3.1250e-01
     56     -3.0658e-03      1.0705e-02      4.1209e-01
     57     -2.2142e-01     -1.3519e-01     -3.0540e-01
     58     -2.5728e-04      3.8394e-03     -7.0957e-01
     59     -5.9510e-02     -8.1549e-02     -5.7605e-01
     60     -1.0949e-01     -3.7234e-03     -5.6535e-01
     61     -4.4790e-02      9.5389e-02     -5.7416e-01
     62      6.0518e-02     -8.2520e-02     -5.6997e-01
     63      3.5634e-03      2.6817e-02      1.7265e+00
     64      4.0977e-02      9.7188e-02     -5.7284e-01
     65     -2.1668e-03      5.6658e-03     -6.1756e-01
     66      1.0325e-01     -3.4494e-03     -5.7189e-01
     67      3.2440e-02     -2.3809e-02      6.6252e+00
     68      3.2532e-02      1.1304e-02      6.3160e+00
     69      4.9324e-02      5.5669e-02      6.5842e+00
     70     -1.2775e-02     -7.0267e-02      6.6313e+00
     71      2.2433e-02      4.8491e-03      6.6824e+00
     72     -3.1307e-02      2.9499e-02      6.6353e+00
     73      1.9784e-03     -4.0132e-02      6.4165e+00
     74     -3.3542e-02      1.3504e-02      6.4210e+00
     75      3.9680e-03     -1.2196e-02      6.7305e+00
# -----------------------------------------------------------------------------
# Atomic Forces
# -----------------------------------------------------------------------------
# Index     Fx (eV/Ang)     Fy (eV/Ang)     Fz (eV/Ang)
      0      4.8922e-04     -2.1650e-04     -3.8410e+00
      1     -3.5583e-03      2.8919e-03     -3.8316e+00
      2     -5.9411e-03      8.6086e-03     -3.8401e+00
      3     -1.0651e-02     -1.3174e-03     -3.8406e+00
      4     -5.7331e-03      4.8759e-02     -3.7868e+00
      5      3.5190e-02     -2.0771e-02     -3.7868e+00
      6     -5.8686e-03      6.3841e-04     -3.8312e+00
      7     -6.8856e-03      3.4887e-03     -3.8309e+00
      8     -4.5838e-02     -2.1276e-02     -3.7868e+00
      9      1.2602e-03     -4.1971e-03      6.6915e-01
     10     -4.2560e-02     -1.0011e-01      6.1811e-01
     11     -1.0296e-01      3.5069e-03      6.2179e-01
     12     -5.8430e-02      8.0922e-02      6.1996e-01
     13      4.5345e-02     -9.7136e-02      6.2306e-01
     14      1.6762e-03     -3.1659e-03     -1.6735e+00
     15      5.7700e-02      7.9514e-02      6.2480e-01
     16      9.1888e-04     -4.6026e-03      7.5300e-01
     17      1.0744e-01      4.7423e-03      6.1730e-01
     18     -2.9944e-01     -1.7184e-01     -2.7162e-01
     19     -3.2491e-01      2.3199e-02     -1.3823e-01
     20      1.8945e-01      2.9245e-01     -1.2608e-01
     21     -2.0953e-01      2.7406e-01     -1.2376e-01
     22      2.9690e-01     -1.5943e-01     -2.6362e-01
     23     -7.6515e-03      3.6561e-01     -2.5529e-01
     24     -1.7136e-01     -3.2456e-01     -1.2991e-01
     25      6.0717e-03     -1.2987e-02     -2.6876e+00
     26     -3.2243e-01     -3.7483e-02      1.3712e-01
     27     -1.9656e-01      3.0854e-01      1.2362e-01
     28      3.2128e-01      4.0064e-02     -1.3682e-01
     29      1.9573e-01     -3.0513e-01     -1.2456e-01
     30     -1.9390e-01     -2.9343e-01      1.2559e-01
     31     -3.0044e-01      1.6003e-01      2.6166e-01
     32      1.7446e-01      3.2204e-01      1.2993e-01
     33      3.2931e-01     -2.3731e-02      1.3669e-01
     34      2.0731e-01     -2.7507e-01      1.2481e-01
     35      1.0013e-02     -3.6402e-01      2.5469e-01
     36     -5.8651e-03      1.4420e-02      2.7057e+00
     37      3.0291e-01      1.7524e-01      2.6811e-01
     38      2.2003e-01      1.3769e-01      3.0386e-01
     39      1.9398e-01     -2.6045e-02      1.2698e-01
     40     -1.2377e-01     -1.7413e-01      1.1988e-01
     41      1.4366e-01     -1.6121e-01      1.2397e-01
     42     -2.2638e-01      1.3032e-01      2.9710e-01
     43      3.5269e-03     -2.5677e-01      3.1309e-01
     44      7.8273e-02      2.0049e-01      1.3164e-01
     45     -7.6391e-04     -2.9192e-02     -4.1997e-01
     46      1.8718e-01      3.5885e-02     -1.2702e-01
     47      9.4347e-02     -1.8926e-01     -1.2657e-01
     48     -1.8596e-01     -4.0134e-02      1.2822e-01
     49     -9.8326e-02      1.9250e-01      1.2761e-01
     50      1.2234e-01      1.7044e-01     -1.1889e-01
     51      2.2461e-01     -1.3090e-01     -2.9817e-01
     52     -8.3214e-02     -1.9995e-01     -1.3108e-01
     53     -1.8809e-01      2.7710e-02     -1.2542e-01
     54     -1.3995e-01      1.6264e-01     -1.2249e-01
     55     -7.8560e-04      2.5563e-01     -3.1250e-01
     56     -3.0658e-03      1.0705e-02      4.1209e-01
     57     -2.2142e-01     -1.3519e-01     -3.0540e-01
     58     -2.5728e-04      3.8394e-03     -7.0957e-01
     59     -5.9510e-02     -8.1549e-02     -5.7605e-01
     60     -1.0949e-01     -3.7234e-03     -5.6535e-01
     61     -4.4790e-02      9.5389e-02     -5.7416e-01
     62      6.0518e-02     -8.2520e-02     -5.6997e-01
     63      3.5634e-03      2.6817e-02      1.7265e+00
     64      4.0977e-02      9.7188e-02     -5.7284e-01
     65     -2.1668e-03      5.6658e-03     -6.1756e-01
     66      1.0325e-01     -3.4494e-03     -5.7189e-01
     67      3.2440e-02     -2.3809e-02      6.6252e+00
     68      3.2532e-02      1.1304e-02      6.3160e+00
     69      4.9324e-02      5.5669e-02      6.5842e+00
     70     -1.2775e-02     -7.0267e-02      6.6313e+00
     71      2.2433e-02      4.8491e-03      6.6824e+00
     72     -3.1307e-02      2.9499e-02      6.6353e+00
     73      1.9784e-03     -4.0132e-02      6.4165e+00
     74     -3.3542e-02      1.3504e-02      6.4210e+00
     75      3.9680e-03     -1.2196e-02      6.7305e+00
6.52243150747e-09 A
6.52243150747e-09 A
6.52243150747e-09 A
6.52243150747e-09 A
# -----------------------------------------------------------------------------
# Density Of States
# -----------------------------------------------------------------------------
# Energy (eV)   DOS (1/eV)
        -2.00    3737.8673
        -1.99    2940.6670
        -1.98    4028.2137
        -1.97    2033.5156
        -1.96    2195.9660
。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。

29
General Questions and Answers / the error of the .vnl result document
« on: May 10, 2009, 08:49 »
Dear everyone,
    I have optimized the structure of two molecules(foe examples M1, M2) with the same method. however, I can only open the optimized .vnl document of M1, which is about 78MB. when I open the .vnl of M2, which is about 109MB, the error occures like picture1. The scripts .py and out document .txt have been uploaded as attachment M1.py and M2.py, whether is the method I choose reasonable, how to deal with the error. The ATK and VNL version is 2008.10.

thanks! （sorry,the M1opt.txt is too bigger than 256KB, just the M2opt.txt is uploaded）

30
General Questions and Answers / some question about the results' evaluation
« on: April 26, 2009, 02:36 »
Dear everyone,
       
 I have investigated one organic molecule, and calculated the structure and electron properties of the organic molecule in advance by dmol3 package, and found that its HOMO-LUMO gap is about 6eV,
     
 For the two-probe system[Au(111)-organic molecule-Au(111)] , The results such as zero bias transmission spectrum, I-V curve, G-V, and dI/dV-V curve have been posted, as follows,
I am  confused about the results, especially, how to explain the peak of the G-V curve, and I get the zero bias conductance is about 0.0029G0, very small. through analyzing  the results, can I get more informations about the organic molecule. thanks!

Pages: 1 [2] 3 4