Show Posts

This section allows you to view all posts made by this member. Note that you can only see posts made in areas you currently have access to.


Messages - Roc

Pages: 1 2 3 [4] 5 6 7
46
General Questions and Answers / Re: strange result
« on: May 12, 2009, 02:40 »
Thank you Anders Blom. yes, maybe like you saied, I once tried to run one script in parallel on 4 nodes using hpmpich. it could be this one. thank you very much for the answer.  ;)

47
General Questions and Answers / Re: the error of the .vnl result document
« on: May 11, 2009, 05:21 »
thank you very much! I expect this problem could be resovled as soon as possible! best wishes! :)

48
General Questions and Answers / strange result
« on: May 11, 2009, 05:17 »
Dear everyone,
     I have calculated I-V characteristic of my molecule. the two-probe bias is set to 20mV, and the current is calculated when changing the Gate voltage from -2v to 2V with step of 0.1V , intreastingly, when I check the out document I find this one different and strange from others when the gate voltage is 0.3V, the results of   # Atomic Forces and current are listed four times. how to understand this thing.

thanks!

。。。。。。。。。。。。。。。。
101 Au     q = 11.51061 [ s:  1.085, d(-2):  1.894, d(-1):  1.907, d( 0):  1.871, d( 1):  1.906, d( 2):  1.894, py:  0.232, pz:  0.493, px:  0.229 ]
102 Au     q = 11.52309 [ s:  1.086, d(-2):  1.894, d(-1):  1.905, d( 0):  1.871, d( 1):  1.907, d( 2):  1.894, py:  0.233, pz:  0.501, px:  0.231 ]
#-------------------------------------------------------------------------------
# Total Charge =  504.48379
#-------------------------------------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------------------------------
# Atomic Forces
# -----------------------------------------------------------------------------
# Index     Fx (eV/Ang)     Fy (eV/Ang)     Fz (eV/Ang)
      0      4.8922e-04     -2.1650e-04     -3.8410e+00
      1     -3.5583e-03      2.8919e-03     -3.8316e+00
      2     -5.9411e-03      8.6086e-03     -3.8401e+00
      3     -1.0651e-02     -1.3174e-03     -3.8406e+00
      4     -5.7331e-03      4.8759e-02     -3.7868e+00
      5      3.5190e-02     -2.0771e-02     -3.7868e+00
      6     -5.8686e-03      6.3841e-04     -3.8312e+00
      7     -6.8856e-03      3.4887e-03     -3.8309e+00
      8     -4.5838e-02     -2.1276e-02     -3.7868e+00
      9      1.2602e-03     -4.1971e-03      6.6915e-01
     10     -4.2560e-02     -1.0011e-01      6.1811e-01
     11     -1.0296e-01      3.5069e-03      6.2179e-01
     12     -5.8430e-02      8.0922e-02      6.1996e-01
     13      4.5345e-02     -9.7136e-02      6.2306e-01
     14      1.6762e-03     -3.1659e-03     -1.6735e+00
     15      5.7700e-02      7.9514e-02      6.2480e-01
     16      9.1888e-04     -4.6026e-03      7.5300e-01
     17      1.0744e-01      4.7423e-03      6.1730e-01
     18     -2.9944e-01     -1.7184e-01     -2.7162e-01
     19     -3.2491e-01      2.3199e-02     -1.3823e-01
     20      1.8945e-01      2.9245e-01     -1.2608e-01
     21     -2.0953e-01      2.7406e-01     -1.2376e-01
     22      2.9690e-01     -1.5943e-01     -2.6362e-01
     23     -7.6515e-03      3.6561e-01     -2.5529e-01
     24     -1.7136e-01     -3.2456e-01     -1.2991e-01
     25      6.0717e-03     -1.2987e-02     -2.6876e+00
     26     -3.2243e-01     -3.7483e-02      1.3712e-01
     27     -1.9656e-01      3.0854e-01      1.2362e-01
     28      3.2128e-01      4.0064e-02     -1.3682e-01
     29      1.9573e-01     -3.0513e-01     -1.2456e-01
     30     -1.9390e-01     -2.9343e-01      1.2559e-01
     31     -3.0044e-01      1.6003e-01      2.6166e-01
     32      1.7446e-01      3.2204e-01      1.2993e-01
     33      3.2931e-01     -2.3731e-02      1.3669e-01
     34      2.0731e-01     -2.7507e-01      1.2481e-01
     35      1.0013e-02     -3.6402e-01      2.5469e-01
     36     -5.8651e-03      1.4420e-02      2.7057e+00
     37      3.0291e-01      1.7524e-01      2.6811e-01
     38      2.2003e-01      1.3769e-01      3.0386e-01
     39      1.9398e-01     -2.6045e-02      1.2698e-01
     40     -1.2377e-01     -1.7413e-01      1.1988e-01
     41      1.4366e-01     -1.6121e-01      1.2397e-01
     42     -2.2638e-01      1.3032e-01      2.9710e-01
     43      3.5269e-03     -2.5677e-01      3.1309e-01
     44      7.8273e-02      2.0049e-01      1.3164e-01
     45     -7.6391e-04     -2.9192e-02     -4.1997e-01
     46      1.8718e-01      3.5885e-02     -1.2702e-01
     47      9.4347e-02     -1.8926e-01     -1.2657e-01
     48     -1.8596e-01     -4.0134e-02      1.2822e-01
     49     -9.8326e-02      1.9250e-01      1.2761e-01
     50      1.2234e-01      1.7044e-01     -1.1889e-01
     51      2.2461e-01     -1.3090e-01     -2.9817e-01
     52     -8.3214e-02     -1.9995e-01     -1.3108e-01
     53     -1.8809e-01      2.7710e-02     -1.2542e-01
     54     -1.3995e-01      1.6264e-01     -1.2249e-01
     55     -7.8560e-04      2.5563e-01     -3.1250e-01
     56     -3.0658e-03      1.0705e-02      4.1209e-01
     57     -2.2142e-01     -1.3519e-01     -3.0540e-01
     58     -2.5728e-04      3.8394e-03     -7.0957e-01
     59     -5.9510e-02     -8.1549e-02     -5.7605e-01
     60     -1.0949e-01     -3.7234e-03     -5.6535e-01
     61     -4.4790e-02      9.5389e-02     -5.7416e-01
     62      6.0518e-02     -8.2520e-02     -5.6997e-01
     63      3.5634e-03      2.6817e-02      1.7265e+00
     64      4.0977e-02      9.7188e-02     -5.7284e-01
     65     -2.1668e-03      5.6658e-03     -6.1756e-01
     66      1.0325e-01     -3.4494e-03     -5.7189e-01
     67      3.2440e-02     -2.3809e-02      6.6252e+00
     68      3.2532e-02      1.1304e-02      6.3160e+00
     69      4.9324e-02      5.5669e-02      6.5842e+00
     70     -1.2775e-02     -7.0267e-02      6.6313e+00
     71      2.2433e-02      4.8491e-03      6.6824e+00
     72     -3.1307e-02      2.9499e-02      6.6353e+00
     73      1.9784e-03     -4.0132e-02      6.4165e+00
     74     -3.3542e-02      1.3504e-02      6.4210e+00
     75      3.9680e-03     -1.2196e-02      6.7305e+00
# -----------------------------------------------------------------------------
# Atomic Forces
# -----------------------------------------------------------------------------
# Index     Fx (eV/Ang)     Fy (eV/Ang)     Fz (eV/Ang)
      0      4.8922e-04     -2.1650e-04     -3.8410e+00
      1     -3.5583e-03      2.8919e-03     -3.8316e+00
      2     -5.9411e-03      8.6086e-03     -3.8401e+00
      3     -1.0651e-02     -1.3174e-03     -3.8406e+00
      4     -5.7331e-03      4.8759e-02     -3.7868e+00
      5      3.5190e-02     -2.0771e-02     -3.7868e+00
      6     -5.8686e-03      6.3841e-04     -3.8312e+00
      7     -6.8856e-03      3.4887e-03     -3.8309e+00
      8     -4.5838e-02     -2.1276e-02     -3.7868e+00
      9      1.2602e-03     -4.1971e-03      6.6915e-01
     10     -4.2560e-02     -1.0011e-01      6.1811e-01
     11     -1.0296e-01      3.5069e-03      6.2179e-01
     12     -5.8430e-02      8.0922e-02      6.1996e-01
     13      4.5345e-02     -9.7136e-02      6.2306e-01
     14      1.6762e-03     -3.1659e-03     -1.6735e+00
     15      5.7700e-02      7.9514e-02      6.2480e-01
     16      9.1888e-04     -4.6026e-03      7.5300e-01
     17      1.0744e-01      4.7423e-03      6.1730e-01
     18     -2.9944e-01     -1.7184e-01     -2.7162e-01
     19     -3.2491e-01      2.3199e-02     -1.3823e-01
     20      1.8945e-01      2.9245e-01     -1.2608e-01
     21     -2.0953e-01      2.7406e-01     -1.2376e-01
     22      2.9690e-01     -1.5943e-01     -2.6362e-01
     23     -7.6515e-03      3.6561e-01     -2.5529e-01
     24     -1.7136e-01     -3.2456e-01     -1.2991e-01
     25      6.0717e-03     -1.2987e-02     -2.6876e+00
     26     -3.2243e-01     -3.7483e-02      1.3712e-01
     27     -1.9656e-01      3.0854e-01      1.2362e-01
     28      3.2128e-01      4.0064e-02     -1.3682e-01
     29      1.9573e-01     -3.0513e-01     -1.2456e-01
     30     -1.9390e-01     -2.9343e-01      1.2559e-01
     31     -3.0044e-01      1.6003e-01      2.6166e-01
     32      1.7446e-01      3.2204e-01      1.2993e-01
     33      3.2931e-01     -2.3731e-02      1.3669e-01
     34      2.0731e-01     -2.7507e-01      1.2481e-01
     35      1.0013e-02     -3.6402e-01      2.5469e-01
     36     -5.8651e-03      1.4420e-02      2.7057e+00
     37      3.0291e-01      1.7524e-01      2.6811e-01
     38      2.2003e-01      1.3769e-01      3.0386e-01
     39      1.9398e-01     -2.6045e-02      1.2698e-01
     40     -1.2377e-01     -1.7413e-01      1.1988e-01
     41      1.4366e-01     -1.6121e-01      1.2397e-01
     42     -2.2638e-01      1.3032e-01      2.9710e-01
     43      3.5269e-03     -2.5677e-01      3.1309e-01
     44      7.8273e-02      2.0049e-01      1.3164e-01
     45     -7.6391e-04     -2.9192e-02     -4.1997e-01
     46      1.8718e-01      3.5885e-02     -1.2702e-01
     47      9.4347e-02     -1.8926e-01     -1.2657e-01
     48     -1.8596e-01     -4.0134e-02      1.2822e-01
     49     -9.8326e-02      1.9250e-01      1.2761e-01
     50      1.2234e-01      1.7044e-01     -1.1889e-01
     51      2.2461e-01     -1.3090e-01     -2.9817e-01
     52     -8.3214e-02     -1.9995e-01     -1.3108e-01
     53     -1.8809e-01      2.7710e-02     -1.2542e-01
     54     -1.3995e-01      1.6264e-01     -1.2249e-01
     55     -7.8560e-04      2.5563e-01     -3.1250e-01
     56     -3.0658e-03      1.0705e-02      4.1209e-01
     57     -2.2142e-01     -1.3519e-01     -3.0540e-01
     58     -2.5728e-04      3.8394e-03     -7.0957e-01
     59     -5.9510e-02     -8.1549e-02     -5.7605e-01
     60     -1.0949e-01     -3.7234e-03     -5.6535e-01
     61     -4.4790e-02      9.5389e-02     -5.7416e-01
     62      6.0518e-02     -8.2520e-02     -5.6997e-01
     63      3.5634e-03      2.6817e-02      1.7265e+00
     64      4.0977e-02      9.7188e-02     -5.7284e-01
     65     -2.1668e-03      5.6658e-03     -6.1756e-01
     66      1.0325e-01     -3.4494e-03     -5.7189e-01
     67      3.2440e-02     -2.3809e-02      6.6252e+00
     68      3.2532e-02      1.1304e-02      6.3160e+00
     69      4.9324e-02      5.5669e-02      6.5842e+00
     70     -1.2775e-02     -7.0267e-02      6.6313e+00
     71      2.2433e-02      4.8491e-03      6.6824e+00
     72     -3.1307e-02      2.9499e-02      6.6353e+00
     73      1.9784e-03     -4.0132e-02      6.4165e+00
     74     -3.3542e-02      1.3504e-02      6.4210e+00
     75      3.9680e-03     -1.2196e-02      6.7305e+00
# -----------------------------------------------------------------------------
# Atomic Forces
# -----------------------------------------------------------------------------
# Index     Fx (eV/Ang)     Fy (eV/Ang)     Fz (eV/Ang)
      0      4.8922e-04     -2.1650e-04     -3.8410e+00
      1     -3.5583e-03      2.8919e-03     -3.8316e+00
      2     -5.9411e-03      8.6086e-03     -3.8401e+00
      3     -1.0651e-02     -1.3174e-03     -3.8406e+00
      4     -5.7331e-03      4.8759e-02     -3.7868e+00
      5      3.5190e-02     -2.0771e-02     -3.7868e+00
      6     -5.8686e-03      6.3841e-04     -3.8312e+00
      7     -6.8856e-03      3.4887e-03     -3.8309e+00
      8     -4.5838e-02     -2.1276e-02     -3.7868e+00
      9      1.2602e-03     -4.1971e-03      6.6915e-01
     10     -4.2560e-02     -1.0011e-01      6.1811e-01
     11     -1.0296e-01      3.5069e-03      6.2179e-01
     12     -5.8430e-02      8.0922e-02      6.1996e-01
     13      4.5345e-02     -9.7136e-02      6.2306e-01
     14      1.6762e-03     -3.1659e-03     -1.6735e+00
     15      5.7700e-02      7.9514e-02      6.2480e-01
     16      9.1888e-04     -4.6026e-03      7.5300e-01
     17      1.0744e-01      4.7423e-03      6.1730e-01
     18     -2.9944e-01     -1.7184e-01     -2.7162e-01
     19     -3.2491e-01      2.3199e-02     -1.3823e-01
     20      1.8945e-01      2.9245e-01     -1.2608e-01
     21     -2.0953e-01      2.7406e-01     -1.2376e-01
     22      2.9690e-01     -1.5943e-01     -2.6362e-01
     23     -7.6515e-03      3.6561e-01     -2.5529e-01
     24     -1.7136e-01     -3.2456e-01     -1.2991e-01
     25      6.0717e-03     -1.2987e-02     -2.6876e+00
     26     -3.2243e-01     -3.7483e-02      1.3712e-01
     27     -1.9656e-01      3.0854e-01      1.2362e-01
     28      3.2128e-01      4.0064e-02     -1.3682e-01
     29      1.9573e-01     -3.0513e-01     -1.2456e-01
     30     -1.9390e-01     -2.9343e-01      1.2559e-01
     31     -3.0044e-01      1.6003e-01      2.6166e-01
     32      1.7446e-01      3.2204e-01      1.2993e-01
     33      3.2931e-01     -2.3731e-02      1.3669e-01
     34      2.0731e-01     -2.7507e-01      1.2481e-01
     35      1.0013e-02     -3.6402e-01      2.5469e-01
     36     -5.8651e-03      1.4420e-02      2.7057e+00
     37      3.0291e-01      1.7524e-01      2.6811e-01
     38      2.2003e-01      1.3769e-01      3.0386e-01
     39      1.9398e-01     -2.6045e-02      1.2698e-01
     40     -1.2377e-01     -1.7413e-01      1.1988e-01
     41      1.4366e-01     -1.6121e-01      1.2397e-01
     42     -2.2638e-01      1.3032e-01      2.9710e-01
     43      3.5269e-03     -2.5677e-01      3.1309e-01
     44      7.8273e-02      2.0049e-01      1.3164e-01
     45     -7.6391e-04     -2.9192e-02     -4.1997e-01
     46      1.8718e-01      3.5885e-02     -1.2702e-01
     47      9.4347e-02     -1.8926e-01     -1.2657e-01
     48     -1.8596e-01     -4.0134e-02      1.2822e-01
     49     -9.8326e-02      1.9250e-01      1.2761e-01
     50      1.2234e-01      1.7044e-01     -1.1889e-01
     51      2.2461e-01     -1.3090e-01     -2.9817e-01
     52     -8.3214e-02     -1.9995e-01     -1.3108e-01
     53     -1.8809e-01      2.7710e-02     -1.2542e-01
     54     -1.3995e-01      1.6264e-01     -1.2249e-01
     55     -7.8560e-04      2.5563e-01     -3.1250e-01
     56     -3.0658e-03      1.0705e-02      4.1209e-01
     57     -2.2142e-01     -1.3519e-01     -3.0540e-01
     58     -2.5728e-04      3.8394e-03     -7.0957e-01
     59     -5.9510e-02     -8.1549e-02     -5.7605e-01
     60     -1.0949e-01     -3.7234e-03     -5.6535e-01
     61     -4.4790e-02      9.5389e-02     -5.7416e-01
     62      6.0518e-02     -8.2520e-02     -5.6997e-01
     63      3.5634e-03      2.6817e-02      1.7265e+00
     64      4.0977e-02      9.7188e-02     -5.7284e-01
     65     -2.1668e-03      5.6658e-03     -6.1756e-01
     66      1.0325e-01     -3.4494e-03     -5.7189e-01
     67      3.2440e-02     -2.3809e-02      6.6252e+00
     68      3.2532e-02      1.1304e-02      6.3160e+00
     69      4.9324e-02      5.5669e-02      6.5842e+00
     70     -1.2775e-02     -7.0267e-02      6.6313e+00
     71      2.2433e-02      4.8491e-03      6.6824e+00
     72     -3.1307e-02      2.9499e-02      6.6353e+00
     73      1.9784e-03     -4.0132e-02      6.4165e+00
     74     -3.3542e-02      1.3504e-02      6.4210e+00
     75      3.9680e-03     -1.2196e-02      6.7305e+00
# -----------------------------------------------------------------------------
# Atomic Forces
# -----------------------------------------------------------------------------
# Index     Fx (eV/Ang)     Fy (eV/Ang)     Fz (eV/Ang)
      0      4.8922e-04     -2.1650e-04     -3.8410e+00
      1     -3.5583e-03      2.8919e-03     -3.8316e+00
      2     -5.9411e-03      8.6086e-03     -3.8401e+00
      3     -1.0651e-02     -1.3174e-03     -3.8406e+00
      4     -5.7331e-03      4.8759e-02     -3.7868e+00
      5      3.5190e-02     -2.0771e-02     -3.7868e+00
      6     -5.8686e-03      6.3841e-04     -3.8312e+00
      7     -6.8856e-03      3.4887e-03     -3.8309e+00
      8     -4.5838e-02     -2.1276e-02     -3.7868e+00
      9      1.2602e-03     -4.1971e-03      6.6915e-01
     10     -4.2560e-02     -1.0011e-01      6.1811e-01
     11     -1.0296e-01      3.5069e-03      6.2179e-01
     12     -5.8430e-02      8.0922e-02      6.1996e-01
     13      4.5345e-02     -9.7136e-02      6.2306e-01
     14      1.6762e-03     -3.1659e-03     -1.6735e+00
     15      5.7700e-02      7.9514e-02      6.2480e-01
     16      9.1888e-04     -4.6026e-03      7.5300e-01
     17      1.0744e-01      4.7423e-03      6.1730e-01
     18     -2.9944e-01     -1.7184e-01     -2.7162e-01
     19     -3.2491e-01      2.3199e-02     -1.3823e-01
     20      1.8945e-01      2.9245e-01     -1.2608e-01
     21     -2.0953e-01      2.7406e-01     -1.2376e-01
     22      2.9690e-01     -1.5943e-01     -2.6362e-01
     23     -7.6515e-03      3.6561e-01     -2.5529e-01
     24     -1.7136e-01     -3.2456e-01     -1.2991e-01
     25      6.0717e-03     -1.2987e-02     -2.6876e+00
     26     -3.2243e-01     -3.7483e-02      1.3712e-01
     27     -1.9656e-01      3.0854e-01      1.2362e-01
     28      3.2128e-01      4.0064e-02     -1.3682e-01
     29      1.9573e-01     -3.0513e-01     -1.2456e-01
     30     -1.9390e-01     -2.9343e-01      1.2559e-01
     31     -3.0044e-01      1.6003e-01      2.6166e-01
     32      1.7446e-01      3.2204e-01      1.2993e-01
     33      3.2931e-01     -2.3731e-02      1.3669e-01
     34      2.0731e-01     -2.7507e-01      1.2481e-01
     35      1.0013e-02     -3.6402e-01      2.5469e-01
     36     -5.8651e-03      1.4420e-02      2.7057e+00
     37      3.0291e-01      1.7524e-01      2.6811e-01
     38      2.2003e-01      1.3769e-01      3.0386e-01
     39      1.9398e-01     -2.6045e-02      1.2698e-01
     40     -1.2377e-01     -1.7413e-01      1.1988e-01
     41      1.4366e-01     -1.6121e-01      1.2397e-01
     42     -2.2638e-01      1.3032e-01      2.9710e-01
     43      3.5269e-03     -2.5677e-01      3.1309e-01
     44      7.8273e-02      2.0049e-01      1.3164e-01
     45     -7.6391e-04     -2.9192e-02     -4.1997e-01
     46      1.8718e-01      3.5885e-02     -1.2702e-01
     47      9.4347e-02     -1.8926e-01     -1.2657e-01
     48     -1.8596e-01     -4.0134e-02      1.2822e-01
     49     -9.8326e-02      1.9250e-01      1.2761e-01
     50      1.2234e-01      1.7044e-01     -1.1889e-01
     51      2.2461e-01     -1.3090e-01     -2.9817e-01
     52     -8.3214e-02     -1.9995e-01     -1.3108e-01
     53     -1.8809e-01      2.7710e-02     -1.2542e-01
     54     -1.3995e-01      1.6264e-01     -1.2249e-01
     55     -7.8560e-04      2.5563e-01     -3.1250e-01
     56     -3.0658e-03      1.0705e-02      4.1209e-01
     57     -2.2142e-01     -1.3519e-01     -3.0540e-01
     58     -2.5728e-04      3.8394e-03     -7.0957e-01
     59     -5.9510e-02     -8.1549e-02     -5.7605e-01
     60     -1.0949e-01     -3.7234e-03     -5.6535e-01
     61     -4.4790e-02      9.5389e-02     -5.7416e-01
     62      6.0518e-02     -8.2520e-02     -5.6997e-01
     63      3.5634e-03      2.6817e-02      1.7265e+00
     64      4.0977e-02      9.7188e-02     -5.7284e-01
     65     -2.1668e-03      5.6658e-03     -6.1756e-01
     66      1.0325e-01     -3.4494e-03     -5.7189e-01
     67      3.2440e-02     -2.3809e-02      6.6252e+00
     68      3.2532e-02      1.1304e-02      6.3160e+00
     69      4.9324e-02      5.5669e-02      6.5842e+00
     70     -1.2775e-02     -7.0267e-02      6.6313e+00
     71      2.2433e-02      4.8491e-03      6.6824e+00
     72     -3.1307e-02      2.9499e-02      6.6353e+00
     73      1.9784e-03     -4.0132e-02      6.4165e+00
     74     -3.3542e-02      1.3504e-02      6.4210e+00
     75      3.9680e-03     -1.2196e-02      6.7305e+00
6.52243150747e-09 A
6.52243150747e-09 A
6.52243150747e-09 A
6.52243150747e-09 A
# -----------------------------------------------------------------------------
# Density Of States
# -----------------------------------------------------------------------------
# Energy (eV)   DOS (1/eV)
        -2.00    3737.8673
        -1.99    2940.6670
        -1.98    4028.2137
        -1.97    2033.5156
        -1.96    2195.9660
。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。

49
General Questions and Answers / Re: the error of the .vnl result document
« on: May 11, 2009, 03:29 »
thank you Anders Blom  for your advice.  I have tried to open the M2.vnl using my PC owning 4G physical memory, also the virtual memory is set to 4G, however, the error still occurs. how much memory is enough?
your advice would be my helpless choice. thank you again.
another, have you run the script M2.py, does the error occur in your powerful super computer. ;D
 

50
General Questions and Answers / the error of the .vnl result document
« on: May 10, 2009, 08:49 »
Dear everyone,
    I have optimized the structure of two molecules(foe examples M1, M2) with the same method. however, I can only open the optimized .vnl document of M1, which is about 78MB. when I open the .vnl of M2, which is about 109MB, the error occures like picture1. The scripts .py and out document .txt have been uploaded as attachment M1.py and M2.py, whether is the method I choose reasonable, how to deal with the error. The ATK and VNL version is 2008.10.

thanks! （sorry,the M1opt.txt is too bigger than 256KB, just the M2opt.txt is uploaded）

51
General Questions and Answers / Re: some question about the results' evaluation
« on: April 27, 2009, 04:23 »
Thank you Nordland for your advice. I will try to analyze other properties of the molecule like you said. :)

52
General Questions and Answers / some question about the results' evaluation
« on: April 26, 2009, 02:36 »
Dear everyone,
       
 I have investigated one organic molecule, and calculated the structure and electron properties of the organic molecule in advance by dmol3 package, and found that its HOMO-LUMO gap is about 6eV,
     
 For the two-probe system[Au(111)-organic molecule-Au(111)] , The results such as zero bias transmission spectrum, I-V curve, G-V, and dI/dV-V curve have been posted, as follows,
I am  confused about the results, especially, how to explain the peak of the G-V curve, and I get the zero bias conductance is about 0.0029G0, very small. through analyzing  the results, can I get more informations about the organic molecule. thanks!

53
General Questions and Answers / Re: the error about the IterationControlParameters.DensityMatrix
« on: March 7, 2009, 01:28 »
OK， thank you again!! ;)

54
General Questions and Answers / Re: the error about the IterationControlParameters.DensityMatrix
« on: March 6, 2009, 11:48 »
yeah, I just produce the script by VNL 2008.02 for windows system , and run it by ATK 200.10 for linux system, so the error happend,

why does the VNL2008.02 produce the script that quantity = IterationControl.DensityMatrix not IterationMixing.DensityMatrix,  is it a bug for the version of VNL 2008.02

thank you Anders Blom  and nori

I will chang the script using the Hamiltonian mixing

55
General Questions and Answers / Re: the error about the IterationControlParameters.DensityMatrix
« on: March 6, 2009, 02:14 »
yeah， the script just like this,

exchange_correlation_type = GGA.PBE

iteration_mixing_parameters = iterationMixingParameters(
    algorithm = IterationMixing.Pulay,
    diagonal_mixing_parameter = 0.01,
    quantity = IterationControl.DensityMatrix,
    history_steps = 15
The error just happened when I set  up the Parameters in VNL Iteration Mixing--Quantity--DensityMatrix,
If I changed it to Iteration Mixing--Quantity--Hamiltionian, like this,

iteration_mixing_parameters = iterationMixingParameters(
    algorithm = IterationMixing.Pulay,
    diagonal_mixing_parameter = 0.01,
    quantity = IterationMixing.Hamiltonian,
    history_steps = 15

the script could work normally, it seems that the script couldn't be run using DensityMatrix.

thanks!

56
General Questions and Answers / the error about the IterationControlParameters.DensityMatrix
« on: March 5, 2009, 12:51 »
when I run the job about the two-probe system, the error happened, as follows, (the script is run in the version of 2008.10)

Traceback (most recent call last):
  File "Au-molecule_script.py", line 218, in ?
    history_steps = 15
NLArgumentNameError: The quantity, NL.DensityFunctionalTheory.ATKParameters.IterationControlParameters.DensityMatrix, is not recognized.

how to resolve it, thanks!

57
General Questions and Answers / some questions about the geometric optimization
« on: February 25, 2009, 04:26 »
Dear everyone,

In order to relax the two-probe system like Au-DTB-Au, could we optimize the struture by ATK more precisely and quickly and how to set it in VNL? It seems that thare are two geometric optimization mothods Steepest decent and Quasi Newton, which method is better for optmizing the two-probe system and what's the  relative merits for these two methods?  how to set the parameter "Geometric Constraints" in VNL

Thanks!

58
General Questions and Answers / some questions about Gate Voltage
« on: February 24, 2009, 08:50 »
Dear everyone,

If we calculate the properties when the gate voltage is used, which atoms will often be applied gate voltage, just the molecule or the central scattering? Are there any special parameters to be set when applying the gate voltage?

Another, It seems diffult for the convergence when the bias voltage between two electrodes is more than +-2V. what about the situation on the gate voltage? In some experments, the gate voltage could be more than 30V, colud the ATK stimulate the situation? Does anyone have the experience, and could you give any advice?

Thanks！

59
Scripts, Tutorials and Applications / Re: Script for calculating the effective mass in semi-conductors.
« on: February 23, 2009, 09:41 »
Dear Nordland ，

When I run these scripts  " znse.py and effective_mass.py" , I get the slight different result from yours. as follows,
----------------------------------------------------------------------
# Electron effective mass    = 0.174335561971 me
----------------------------------------------------------------------
# Hole effective mass (1)    = 2.32687348618 me
# Hole effective mass (2)    = 2.11284900262 me
# Hole effective mass (3)    = 0.155049857542 me
----------------------------------------------------------------------
# Average hole effectiv mass = 1.53159078212 me
----------------------------------------------------------------------

what's the reason for that?  (I run the scripts by the version of  2008,10)


Another, whether does it get different results for one same script by  different version like 2008,02 or 2008,10

thanks.   
 

60
General Questions and Answers / Re: some questions about the electrode
« on: February 20, 2009, 02:12 »
Thanks for your attention!

Pages: 1 2 3 [4] 5 6 7