Topics

16

General Questions and Answers / wondering!

« on: May 12, 2009, 05:08 »

Hi everyone! The power off abruptly when I performing my calculation. I restart my calculation with the attached script, and the results is the log out file! It looks that the calculation restart at the begining. but when it reachs to sc 14, the calculation have been recalculated, what is the matter? Is there something wrong with my script?Thanks!

17

Future Releases / I strongly recommend !

« on: May 6, 2009, 13:33 »

I strongly recommend that the feature released version of ATK/VNL can be just as some other software,for instance , matericals studio 4.3. when the power is off abruptly, the calculated results can be saved automatically. if we restart the computer, the unfinished calculation can be recontinued automatically.In ATK/VNL, I think this function is quiet complex and not satisfied! I have just wasted 10 days to calculate a two probe system because of a sudden power off!

18

General Questions and Answers / I can not find out the LUMO and HOMO!

« on: April 16, 2009, 07:52 »

Hi, everyone!
I have performed a calculation of MPSH for li-h2-li two probe system? But I can not find out the LUMO and HOMO, can anyone help me?
Attached is the calculated log out file.
Thanks!

19

General Questions and Answers / From the calculation of li-h2-li model, where is the electrode and the h2?

« on: April 12, 2009, 08:37 »

Hi, everyone? I have calculated transmission spectra and DOS of li-h2-li model.
From the calculated results, I want to know where is the electrode? and where is the h2?
when with the applied voltage of 6, the results changed. what is the reason?

Thanks!

20

General Questions and Answers / Is the calculated results right?

« on: April 10, 2009, 05:02 »

Hi,everyone! I have performed a calculation of a two probe system,but I am not sure the results is right or not.It is a nanowire, the electrodes is Li.
If it is right, why the transmission spcetra is zero from -12 to 0.3? what is the reason for dos is neraly zero from -12 to -6.33.
In my opinion, the transmission coefficients should in [0,1],why the calculated results is large than 1 .
If it is not right, what is the reason?
Thanks in advance!


Two Probe Method
# -----------------------------------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------------------------------
# Basis Set Parameters
# -----------------------------------------------------------------------------
Type               = SZP
Radial Sampling dr = 0.001 Bohr
Energy Shift       = 0.01 Rydberg
Delta R(inner)     = 0.8
v0                 = 40 Rydberg
Charge             = 0
Split Norm         = 0.15
Element            = All

# -----------------------------------------------------------------------------
# Exchange Correlation
# -----------------------------------------------------------------------------
Exchange Correlation Type = GGA.PBE

# -----------------------------------------------------------------------------
# ElectronDensityParameters
# -----------------------------------------------------------------------------
Mesh Cutoff         = 100.00 Rydberg

# -----------------------------------------------------------------------------
# Two Center Integral Parameters
# -----------------------------------------------------------------------------
Cutoff           = 2500.0 Rydberg
Number Of Points = 1024

# -----------------------------------------------------------------------------
# Iteration Mixing Parameters
# -----------------------------------------------------------------------------
Algorithm                 = Pulay
Diagonal Mixing Parameter = 0.05
Quantity                  = Hamiltonian
History Steps             = 6

# -----------------------------------------------------------------------------
# Iteration Control Parameters
# -----------------------------------------------------------------------------
Tolerance  = 0.0001
Criterion  = TotalEnergy
Max. Steps = 1000

# -----------------------------------------------------------------------------
# Energy Contour Integral Parameters
# -----------------------------------------------------------------------------
Circle Points           = 30
Integral Lower Bound    = 3 Rydberg
Fermi Function Poles    = 4
Real Axis Infinitesimal = 0.01 eV
Real Axis Point Density = 0.02 eV

# -----------------------------------------------------------------------------
# Electrode Voltages
# -----------------------------------------------------------------------------
Voltage at Electrode 0 = 6.00 V
Voltage at Electrode 1 = 0.00 V

# -----------------------------------------------------------------------------
# TwoProbe Algorithm Parameters
# -----------------------------------------------------------------------------
Electrode Constraint = ElectrodeConstraints.Off
Initial Density Type = InitialDensityType.EquivalentBulk


TwoProbe Calculation
# ----------------------------------------------------------------
# sc  0 : q =  892.92732 e         
sc  1 : q =  684.90167 e  dRho =  1.9157E+01         
sc  2 : q = 2473.95837 e  dRho =  4.1810E+01 
sc  3 : q = 1201.71699 e  dRho =  4.1987E+01
sc  4 : q =  982.03343 e  dRho =  7.6023E+00
sc  5 : q =  962.84064 e  dRho =  1.6014E+00
sc  6 : q =  973.07716 e  dRho =  9.7965E+00
……
……
……
sc 53 : q =  915.01560 e  Etot = -2102.55328 Ry  dRho =  9.4124E-03  dEtot =  4.6753E-03 Ry
sc 54 : q =  915.00734 e  Etot = -2102.53793 Ry  dRho =  4.2077E-03  dEtot =  1.5345E-02 Ry
sc 55 : q =  914.97941 e  Etot = -2102.52283 Ry  dRho =  1.7209E-02  dEtot =  1.5104E-02 Ry
sc 56 : q =  915.01204 e  Etot = -2102.53744 Ry  dRho =  5.2314E-03  dEtot = -1.4610E-02 Ry
……
……
……
sc 72 : q =  915.00480 e  Etot = -2102.49113 Ry  dRho =  1.7967E-03  dEtot =  8.9046E-03 Ry
sc 73 : q =  914.99490 e  Etot = -2102.48034 Ry  dRho =  6.9943E-04  dEtot =  1.0794E-02 Ry
sc 74 : q =  914.99182 e  Etot = -2102.47582 Ry  dRho =  8.5722E-04  dEtot =  4.5136E-03 Ry
sc 75 : q =  914.98750 e  Etot = -2102.47300 Ry  dRho =  2.9140E-04  dEtot =  2.8174E-03 Ry
sc 76 : q =  914.98888 e  Etot = -2102.47257 Ry  dRho =  1.7389E-04  dEtot =  4.3147E-04 Ry
sc 77 : q =  914.99123 e  Etot = -2102.47258 Ry  dRho =  4.5677E-04  dEtot = -7.4374E-06 Ry
# Total Charge =  914.99123
#-------------------------------------------------------------------------------
1.83148628065e-06 A
# -----------------------------------------------------------------------------
# Density Of States
# -----------------------------------------------------------------------------
# Energy (eV)   DOS (1/eV)
       -12.00      -0.0000
       -11.88      -0.0000
       -11.76      -0.0000
       -11.64      -0.0000
       -11.52      -0.0000
       -11.40      -0.0000
       -11.28      -0.0000
       -11.16       0.0000
       -11.04      -0.0000
       -10.91      -0.0000
       -10.79      -0.0000
       -10.67      -0.0000
       -10.55      -0.0000
       -10.43      -0.0000
       -10.31      -0.0000
       -10.19      -0.0000
       -10.07      -0.0000
        -9.95      -0.0000
        -9.83      -0.0000
        -9.71      -0.0000
        -9.59      -0.0000
        -9.47      -0.0000
        -9.35      -0.0000
        -9.23      -0.0000
        -9.11      -0.0000
        -8.98      -0.0000
        -8.86      -0.0000
        -8.74      -0.0000
        -8.62      -0.0000
        -8.50      -0.0000
        -8.38      -0.0000
        -8.26       0.0001
        -8.14      -0.0000
        -8.02       0.0000
        -7.90      -0.0000
        -7.78      -0.0000
        -7.66       0.0000
        -7.54      -0.0000
        -7.42      -0.0000
        -7.30       0.0000
        -7.18       0.0000
        -7.06       0.0000
        -6.93       0.0000
        -6.81       0.0001
        -6.69       0.0002
        -6.57      -0.0001
        -6.45       0.0003
        -6.33       0.0014
        -6.21      43.6697
        -6.09     313.5610
        -5.97    1835.8133
        -5.85     255.5916
        -5.73     301.6276
        -5.61     919.8484
        -5.49   10396.2582
        -5.37    1681.8338
        -5.25    1169.0587
        -5.13     863.9933
        -5.01    1047.4582
        -4.88     859.1584
        -4.76   30709.6591
        -4.64    5664.9851
        -4.52    2392.9317
        -4.40   21963.6432
        -4.28     802.9118
        -4.16    1198.5536
        -4.04    5658.8690
        -3.92    6763.4496
        -3.80    1563.0010
        -3.68    2528.8234
        -3.56    6605.8470
        -3.44     880.7241
        -3.32    2592.4730
        -3.20    3018.0474
        -3.08    1029.6402
        -2.95    1087.2841
        -2.83    4406.8567
        -2.71    1174.6480
        -2.59    1254.3067
        -2.47    1214.6492
        -2.35    1158.5924
        -2.23    1012.5150
        -2.11    1205.0405
        -1.99     986.0920
        -1.87    1040.9024
        -1.75   10139.1649
        -1.63    1125.2415
        -1.51     839.9252
        -1.39     809.8384
        -1.27     767.5566
        -1.15     672.9533
        -1.03     673.2879
        -0.90     782.3003
        -0.78     988.4642
        -0.66     517.9028
        -0.54     776.2505
        -0.42     875.2454
        -0.30    1372.0944
        -0.18    1996.6875
        -0.06     851.8255
         0.06     989.1520
         0.18    1245.0061
         0.30    7386.8019
         0.42    3011.5284
         0.54    1561.7771
         0.66    2055.8332
         0.78    1220.8574
         0.90    1441.7689
         1.03    1321.8829
         1.15    2049.4341
         1.27    7509.2569
         1.39    2491.7969
         1.51    3891.0574
         1.63    2379.6813
         1.75    3529.2401
         1.87    3215.0595
         1.99    3487.7868
         2.11    2874.1205
         2.23    2429.7738
         2.35    3546.4351
         2.47    3115.6033
         2.59    2466.5710
         2.71    2481.1522
         2.83    2520.9049
         2.95    2266.8188
         3.08    2508.2448
         3.20    2171.6688
         3.32    2034.7275
         3.44    2134.7249
         3.56    2461.5119
         3.68    2387.1125
         3.80    2895.1471
         3.92    3534.2278
         4.04    3434.2460
         4.16    3441.7928
         4.28    3085.1989
         4.40    3406.6753
         4.52    5402.4508
         4.64    4311.7731
         4.76    4813.4809
         4.88    3798.2215
         5.01    4479.4174
         5.13    5688.4953
         5.25    4558.5429
         5.37    4933.2018
         5.49    5426.5888
         5.61    5341.6663
         5.73    4602.4075
         5.85    5430.9537
         5.97    5463.8306
         6.09    5126.3264
         6.21    6425.4075
         6.33    6908.0224
         6.45    6358.2039
         6.57    7249.3772
         6.69    6843.0017
         6.81    6274.3779
         6.93    6322.3590
         7.06    7042.4897
         7.18    6621.9105
         7.30    7408.8516
         7.42    7296.5607
         7.54   10569.9742
         7.66    7324.4792
         7.78    7388.6124
         7.90    6651.3762
         8.02    5812.7157
         8.14    6803.5109
         8.26    6981.0642
         8.38    6886.4184
         8.50    6683.9743
         8.62    6821.9234
         8.74    7319.1565
         8.86    7546.8588
         8.98    6542.0635
         9.11    5746.7884
         9.23    5994.8222
         9.35    5763.6548
         9.47    6260.3027
         9.59    5308.0919
         9.71    5691.4112
         9.83    5678.4900
         9.95    6810.3661
        10.07    6255.6074
        10.19    5308.6848
        10.31    5608.0271
        10.43    5386.0939
        10.55    5591.7551
        10.67    4981.8139
        10.79    4924.1806
        10.91    6149.1197
        11.04    5294.6332
        11.16    5115.9215
        11.28    5464.7032
        11.40    4811.5058
        11.52    6131.4459
        11.64    4951.3313
        11.76    4796.5299
        11.88    5917.2959
        12.00    5619.3613
# -----------------------------------------------------------------------------
# Transmission Spectrum
# -----------------------------------------------------------------------------
# Energy (eV)   Coefficient
       -12.00        0.0000
       -11.88        0.0000
       -11.76        0.0000
       -11.64        0.0000
       -11.52        0.0000
       -11.40        0.0000
       -11.28        0.0000
       -11.16        0.0000
       -11.04        0.0000
       -10.91        0.0000
       -10.79        0.0000
       -10.67        0.0000
       -10.55        0.0000
       -10.43        0.0000
       -10.31        0.0000
       -10.19        0.0000
       -10.07        0.0000
        -9.95        0.0000
        -9.83        0.0000
        -9.71        0.0000
        -9.59        0.0000
        -9.47        0.0000
        -9.35        0.0000
        -9.23        0.0000
        -9.11        0.0000
        -8.98        0.0000
        -8.86        0.0000
        -8.74        0.0000
        -8.62        0.0000
        -8.50        0.0000
        -8.38        0.0000
        -8.26        0.0000
        -8.14        0.0000
        -8.02        0.0000
        -7.90        0.0000
        -7.78        0.0000
        -7.66        0.0000
        -7.54        0.0000
        -7.42        0.0000
        -7.30        0.0000
        -7.18        0.0000
        -7.06        0.0000
        -6.93        0.0000
        -6.81       -0.0000
        -6.69        0.0000
        -6.57       -0.0000
        -6.45        0.0000
        -6.33        0.0000
        -6.21        0.0000
        -6.09        0.0000
        -5.97        0.0000
        -5.85        0.0000
        -5.73        0.0000
        -5.61        0.0000
        -5.49        0.0000
        -5.37        0.0000
        -5.25        0.0000
        -5.13        0.0000
        -5.01        0.0000
        -4.88        0.0000
        -4.76        0.0000
        -4.64        0.0000
        -4.52        0.0000
        -4.40        0.0000
        -4.28        0.0000
        -4.16       -0.0000
        -4.04        0.0000
        -3.92        0.0000
        -3.80        0.0000
        -3.68        0.0000
        -3.56        0.0000
        -3.44        0.0000
        -3.32        0.0000
        -3.20        0.0000
        -3.08        0.0000
        -2.95       -0.0000
        -2.83        0.0000
        -2.71       -0.0000
        -2.59       -0.0000
        -2.47        0.0000
        -2.35        0.0000
        -2.23       -0.0000
        -2.11       -0.0000
        -1.99       -0.0000
        -1.87       -0.0000
        -1.75       -0.0000
        -1.63        0.0000
        -1.51        0.0000
        -1.39        0.0000
        -1.27        0.0000
        -1.15        0.0000
        -1.03        0.0000
        -0.90        0.0000
        -0.78        0.0000
        -0.66        0.0000
        -0.54        0.0000
        -0.42       -0.0000
        -0.30        0.0000
        -0.18        0.0000
        -0.06        0.0000
         0.06        0.0000
         0.18        0.0000
         0.30        0.0032
         0.42        0.0002
         0.54        0.0002
         0.66        0.0044
         0.78        0.0004
         0.90        0.0023
         1.03        0.0060
         1.15        0.0279
         1.27        0.0746
         1.39        0.0004
         1.51        0.0354
         1.63        0.0004
         1.75        0.0007
         1.87        0.0007
         1.99        0.0035
         2.11        0.0010
         2.23        0.0006
         2.35        0.0069
         2.47        0.0004
         2.59        0.0001
         2.71        0.0001
         2.83        0.0001
         2.95        0.0001
         3.08        0.0001
         3.20        0.0001
         3.32        0.0002
         3.44        0.0005
         3.56        0.0016
         3.68        0.0040
         3.80        0.0216
         3.92        0.1426
         4.04        0.0972
         4.16        0.0714
         4.28        0.1498
         4.40        0.4083
         4.52        0.9319
         4.64        0.7909
         4.76        0.9820
         4.88        0.6279
         5.01        1.0294
         5.13        1.0912
         5.25        0.8982
         5.37        0.8063
         5.49        1.1106
         5.61        1.0480
         5.73        0.9569
         5.85        1.1946
         5.97        1.3377
         6.09        1.3426
         6.21        1.6044
         6.33        2.2201
         6.45        2.2500
         6.57        2.5156
         6.69        2.5487
         6.81        2.5352
         6.93        2.4782
         7.06        2.5418
         7.18        2.6438
         7.30        2.6943
         7.42        2.5936
         7.54        3.3853
         7.66        2.7909
         7.78        2.7258
         7.90        2.6987
         8.02        2.3512
         8.14        2.4571
         8.26        2.4113
         8.38        2.3143
         8.50        2.2432
         8.62        2.0538
         8.74        2.1957
         8.86        2.3490
         8.98        2.2073
         9.11        2.1481
         9.23        2.4399
         9.35        2.0562
         9.47        2.4358
         9.59        2.3756
         9.71        2.4512
         9.83        2.4723
         9.95        2.4341
        10.07        2.2331
        10.19        1.9886
        10.31        1.9892
        10.43        1.8754
        10.55        2.1120
        10.67        1.5793
        10.79        1.9093
        10.91        1.9426
        11.04        1.8732
        11.16        1.7369
        11.28        1.2620
        11.40        1.5390
        11.52        1.8239
        11.64        1.3091
        11.76        1.1551
        11.88        1.3383
        12.00        1.4121
Terminated Normally
Run finished at  Thu Mar 12 11:45:02 2009!

21

Installation and License Questions / libGLU.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory

« on: March 20, 2009, 05:39 »

Hi, everyone! I have a problem when install version 2008.10 in LINUX system.
[guojing@localhost ~]$ vnl
QT ('Not available', 'libGLU.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory')
numarray 1.3.3
Python 2.4.3
VTK 5.1
Scientific No version information found
Numeric 23.8
scipy 0.5.2
matplotlib 0.90.0
numpy 1.0.1
scipy.optimize ('Not available', 'libg2c.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory')
[guojing@localhost ~]$
how to solve this problem ?
Thanks!!

22

General Questions and Answers / what is the matter?

« on: March 13, 2009, 14:10 »

hi,everyone! I have performed a DOS for a two probe system with 500 points from -12 to +12.
but from -12 to 0, the results are negative, from 0 to +12, the results are positive, what is the matter?
thanks!
 -12.00      -0.0210
       -11.95      -0.0209
       -11.90      -0.0209
       -11.86      -0.0209
       -11.81      -0.0209
       -11.76      -0.0209
       -11.71      -0.0209
       -11.66      -0.0208
       -11.62      -0.0210
       -11.57      -0.0212
       -11.52      -0.0213
       -11.47      -0.0214
      ////////////////////       -10.85      -0.0215
       -10.80      -0.0214
       -10.75      -0.0214
       -10.70      -0.0214
       -10.65      -0.0214
       -10.61      -0.0214
       -10.56      -0.0213
       -10.51      -0.0213
       -10.46      -0.0213
       -10.41      -0.0213
       -10.36      -0.0212
       -10.32      -0.0212
       -10.27      -0.0212
       -10.22      -0.0211
       -10.17      -0.0211
       -10.12      -0.0211
       -10.08      -0.0211
      /////////////////////               
        -8.06      -0.0195
        -8.01      -0.0194
        -7.96      -0.0194
        -7.91      -0.0193
        -7.86      -0.0193
      /////////////////////         
        -7.05      -0.0190
        -7.00      -0.0190
        -6.95      -0.0190
        -6.90      -0.0190
        -6.85      -0.0190
        -6.81      -0.0190
        -6.76      -0.0190
        -6.71      -0.0190
        //////////////////                                               -2.96      -0.0152
        -2.91      -0.0146
        -2.86      -0.0138
        -2.81      -0.0140
        -2.77      -0.0138
        -2.72      -0.0138
        -2.67      -0.0138
        -2.62      -0.0137
        -2.57      -0.0140
        -2.53      -0.0143
        -2.48      -0.0144
        -2.43      -0.0143
        -2.38      -0.0142
        -2.33      -0.0141
        -2.28      -0.0155
        -2.24      -0.0157
        -2.19      -0.0167
        -2.14      -0.0169
        -2.09      -0.0142
      //////////////////        -0.46      -0.0239
        -0.41      -0.0280
        -0.36      -0.0115
        -0.31      -0.0100
        -0.26      -0.0082
        -0.22      -0.0071
        -0.17      -0.0073
        -0.12      -0.0052
        -0.07      -0.0048
        -0.02      -0.0033
         0.02       0.0043
         0.07       0.0016
         0.12       0.0017
         0.17       0.0032
         0.22       0.0025
         0.26       0.0018
         0.31       0.0044
         0.36       0.0047
         0.41       0.0036
         0.46       0.0040
         0.51       0.0052
         0.55       0.0046
         0.60       0.0058
        /////////////////         3.54       0.0127
         3.58       0.0132
         3.63       0.0143
         3.68       0.0202
         3.73       0.0330
         3.78       0.0354
         3.82       0.0241
         3.87       0.0268
         3.92       0.0526
         3.97       0.0535
         4.02       0.0304
         4.06       0.0297
         4.11       0.0276
         4.16       0.0276
         4.21       0.0256
         4.26       0.0552
         4.30       0.0322
         4.35       0.0296
         4.40       0.0327
         4.45      -0.0032
        /////////////////         8.34       0.1063
         8.39       0.0960
         8.44       0.1061
         8.49       0.1050
         8.54       0.1174
         8.59       0.1111
         8.63       0.1495
         8.68       0.2925
         8.73       0.1166
         8.78       0.0732
         8.83       0.1088
         8.87       0.1117
         8.92       0.1210
         8.97       0.1332
         9.02       0.1438
         9.07       0.1543
         9.11       0.1745
         9.16       0.1896
         9.21       0.1939
         9.26       0.1669
        ////////////        11.18       0.2532
        11.23       0.1983
        11.28       0.1649
        11.33       0.1567
        11.37       0.1243
        11.42       0.1301
        11.47       0.1706
        11.52       0.2124
        11.57       0.2209
        11.62       0.2111
        11.66       0.3914
        11.71       0.6602
        11.76       0.4477
        11.81       0.2675
        11.86       0.1946
        11.90       0.1630
        11.95      -0.0972
        12.00       0.1477

23

General Questions and Answers / how to control another computer?

« on: March 13, 2009, 07:47 »

Hi, everyone! I want to know how to perform calculations in another computer?
For example,  I have two computer, if I want to let that computer perform the calculations, but I want to manipulate it in my computer, What should I do in order to carry out it?
Thanks!

24

General Questions and Answers / How to continue a calculation?

« on: March 11, 2009, 11:02 »

Hi, everyone!
I want to know if the calculation be stopped when the calculation has not finished, can I continue the calculation?
Last time, I have spend two days to calculation a curves, but power failure when the calculation has not finished. It means I waster a lot of time.
Can anyone tell me how to continue a calculation being stopped un-finished?
Thanks!!

25

General Questions and Answers / transmission spectrum

« on: March 7, 2009, 13:37 »

Hi, Everyone! please have a look at the attached calculated results, In my opinion, it is not right. can anyone help check out why all of the results are almost zero? what's the matter?
Thank you!!

26

General Questions and Answers / Where is the equlibrium fermi level ?

« on: March 2, 2009, 08:37 »

hellow,everyone! can anyone tell me where is the equlibrium fermi level of a two probe system. and how to determine the fermi energy of the two probe system from a calculated transmission spectrum? Thanks!

27

General Questions and Answers / calculate time

« on: February 23, 2009, 02:26 »

I have calculated the transimission spectrum of a li-znonanowire-li system. 500 points from -12ev to +12 ev. But the results can not be received in a long time. Can anyone tell me if the points are inappropriate? can I reduce the calculate time If I decrease the points to 200 ? If not, what should I do in order to reduce the calculate time with the same accuracy ? Thanks !

28

General Questions and Answers / about E and E-Ef

« on: February 20, 2009, 14:08 »

hellow,everyone! In the transimission spectrum, along the X axis we can always see Electron energy(ev) or E-Ef(ev). In the Y axis , they are the same as T(E). what is the difference between the two descriptions? if I calcullate the transimission spectrum with 200 points from -6ev to +6ev ,and the fermi energy is -0.3Ry. How should I determine the X axis? Moreover, can I get some information about the HOMO-LUMO from the transimission spectrum?
1 Ry =13.59 Ev!

Thanks!

29

General Questions and Answers / How to improve the accuracy of the results?

« on: February 20, 2009, 09:45 »

Hi ,everyone! I have a question about the accuracy of the results. I have calculate the transimission spectrum, but the coefficients are all zero. The results are 0.0000. If I want to the results are more accuracy as:0.000000000 etc, I want to know if it is possible. And what should I do in order to obtain more accuracy? Thanks in advance!

30

General Questions and Answers / boundary conditions

« on: February 18, 2009, 10:51 »

Hellow,everyone!
      Can anyone tell me How boundary conditions should be choosing when solving poisson equation to perform a self-consistent calculation in a two probe system?
      Thank you !