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General Questions and Answers / Problem in calculation of total energy
« Last post by richaiitk on October 20, 2021, 08:14 »
Hi ,
               I am getting problem in calculation of total energy of molecular system in which S, Cl, N, S, O is present. The error message is coming out the following.
Traceback (most recent call last):
  File "uc 3 _output.py", line 509, in <module>
    bulk_configuration.update()
  File ".\zipdir\NL\CommonConcepts\Configurations\AtomicConfiguration.py", line 1072, in update
  File ".\build\lib\site-packages\tremolox\TremoloBaseCalculator.py", line 216, in _update
  File ".\build\lib\site-packages\tremolox\TremoloBaseCalculator.py", line 715, in _configure_tremolo_model
tremolox.RuntimeError: Error in C:\cygwin\home\quantum\quantumnotes\qw-control\quantumsource\external-libs\src\tremolox\src\reaxff.c line 5549: ReaxFF data file C:\Program Files (x86)\QuantumWise\VNL-ATK-2015.1\lib\site-packages\tremolox\potentials\ReaxFF\ffield.reax.Ni_C_H does not support all needed bond pair parameters (number of needed atom type pairs 20 not equal to number of read ReaxFF type pairs 21). Please check the bonded section. If you know what you are doing, you may also set: strict_bondpairs='off'

I am not able to understand this message what it really means.
Could you provide me some tricks how to overcome this problem. I am attaching the input and output file here.

Looking forwards to your valuable reply.

Thanks

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General Questions and Answers / Re: Gibbs free energy calculation
« Last post by sureshko on October 18, 2021, 15:11 »
Hi Cerda,
I see that you have used a FF calculator, which is fine, but the geometry should be optimized to reach the nearest minimum in the potential energy surface before performing the dynamical matrix calculation. Without geometry optimization, your script is generating a lot of -ve normal mode frequencies. Given the size of the configuration, this could take thousands of optimization steps before the forces go below 0.01 eV/A. A good practice before computing the free energy is to check the vibrational frequencies using the 'VibrationalMode' analysis object. For nonlinear molecules, all eigenfrequencies except the first 6 should be positive. If not, then either the FF is not good enough or the geometry is not a local minimum to perform harmonic analysis.
Please try geometry optimization until the vibrational frequencies are as mentioned above before performing IdealGasThermoChemistry - negative frequencies result in nan during vibrational entropy calculation under ideal gas approximation. When you use PhononDOS, then we only consider the positive frequencies for calculation, that is why it does not give you nan. But as I mentioned earlier, PhononDOS uses Quasi Harmonic Approximation meant for solids and does not include contributions for rotation and translation. Also, it is a constant volume approximation - meaning that it only gives you the Helmholtz free energy and not the Gibbs free energy.
Let me know if there are further questions.
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General Questions and Answers / Re: Gibbs free energy calculation
« Last post by k.cerda on October 17, 2021, 12:24 »
Dear shuresko

Thanks again for your reply. I attached the script I used for the dynamic matrix calculation and the IdealGasThermoChemistry object. Looking forward for your valuable ideas. Thanks again.
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General Questions and Answers / Re: Log details not appear
« Last post by khariyahA on October 17, 2021, 12:11 »
Yes Sir. Im sure it running.
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General Questions and Answers / Re: Gibbs free energy calculation
« Last post by sureshko on October 17, 2021, 10:07 »
Hi Cerda,
Can you share the script used to optimize the molecule and compute the dynamical matrix so that I can check the settings? If I have to guess, something wrong with the dynamical matrix calculation - because the zero-point energy is unusually large.
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General Questions and Answers / Re: Gibbs free energy calculation
« Last post by k.cerda on October 17, 2021, 08:20 »
Dear Shuresko

Thanks a lot for your reply. However the IdealGasThermo object gives the following error when applied:
Quote
+------------------------------------------------------------------------------+
| Ideal Gas Thermo Chemistry Report (at standard pressure 1 bar)               |
|   Configuration:      C398 H579                                 |
|   Total energy:      -6224.1 eV                                              |
|   Zero point energy:  345.31 eV                                              |
| ---------------------------------------------------------------------------- |
zipdir\NL\Analysis\IdealGasThermoChemistry.py:473: RuntimeWarning: invalid value encountered in log
| temperature (K)  entropy (meV/K)  free energy (eV)                           |
|     0.00          0.000000        -5878.83940665                             |
|   100.00               nan               nan                                 |
|   200.00               nan               nan                                 |
|   250.00               nan               nan                                 |
|   298.15               nan               nan                                 |
|   300.00               nan               nan                                 |
|   350.00               nan               nan                                 |
|   400.00               nan               nan                                 |
|   450.00               nan               nan                                 |
|   500.00               nan               nan                                 |
|   600.00               nan               nan                                 |
|   700.00               nan               nan                                 |
|   800.00               nan               nan                                 |
|   900.00               nan               nan                                 |
|  1000.00               nan               nan                                 |
|  1100.00               nan               nan                                 |
|  1200.00               nan               nan                                 |
|  1300.00               nan               nan                                 |
|  1400.00               nan               nan                                 |
|  1500.00               nan               nan                                 |
|  1600.00               nan               nan                                 |
|  1700.00               nan               nan                                 |
|  1800.00               nan               nan                                 |
|  1900.00               nan               nan                                 |
|  2000.00               nan               nan                                 |
|  2100.00               nan               nan                                 |
|  2200.00               nan               nan                                 |
|  2300.00               nan               nan                                 |
|  2400.00               nan               nan                                 |
|  2500.00               nan               nan                                 |
|  2600.00               nan               nan                                 |
|  2700.00               nan               nan                                 |
|  2800.00               nan               nan                                 |
|  2900.00               nan               nan                                 |
|  3000.00               nan               nan                                 |
|  3100.00               nan               nan                                 |
|  3200.00               nan               nan                                 |
|  3300.00               nan               nan                                 |
|  3400.00               nan               nan                                 |
|  3500.00               nan               nan                                 |
|  3600.00               nan               nan                                 |
|  3700.00               nan               nan                                 |
|  3800.00               nan               nan                                 |
|  3900.00               nan               nan                                 |
|  4000.00               nan               nan                                 |
|  4100.00               nan               nan                                 |
|  4200.00               nan               nan                                 |
|  4300.00               nan               nan                                 |
|  4400.00               nan               nan                                 |
|  4500.00               nan               nan                                 |
|  4600.00               nan               nan                                 |
|  4700.00               nan               nan                                 |
|  4800.00               nan               nan                                 |
|  4900.00               nan               nan                                 |
|  5000.00               nan               nan                                 |
|  5100.00               nan               nan                                 |
|  5200.00               nan               nan                                 |
|  5300.00               nan               nan                                 |
|  5400.00               nan               nan                                 |
|  5500.00               nan               nan                                 |
|  5600.00               nan               nan                                 |
|  5700.00               nan               nan                                 |
|  5800.00               nan               nan                                 |
|  5900.00               nan               nan                         
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Hi,

The unit for effective mass is the electron (rest) mass of 9.10938356 × 10-31 kilograms.

Regards,
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General Questions and Answers / Re: Settings for 2x Intel Xeon 6226R
« Last post by mlee on October 15, 2021, 14:38 »
What kind of job do you run? Is it LCAO, Force field or PW? It depends on it. If you run the LCAO or PW, more mpi is better performance. (depending on the K-point) But if you run the force field, 1 node with multiple threads (ex, 8, 16) will be better performance. In fact, it depends on the hardware and conditions. You can test a few cases then you will be sure best one in your setting.
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General Questions and Answers / Re: Log details not appear
« Last post by mlee on October 15, 2021, 14:34 »
Are you sure running the job? It seems not to start the job.
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General Questions and Answers / Log details not appear
« Last post by khariyahA on October 15, 2021, 08:02 »
Hi Sir,

I have been running this simulation last Saturday on 9 October 2021. May i know why the details of the log didn't come out until now ? This is because I cannot keep track the progress of the simulation.
Thanks.
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