« previous next »
Pages: [1]   Go Down

Author Topic: the question on the error message  (Read 2960 times)

0 Members and 1 Guest are viewing this topic.

Offline luke419

  • Regular QuantumATK user
  • **
  • Posts: 15
  • Country: kr
  • Reputation: 0
    • View Profile
the question on the error message
« on: August 17, 2012, 19:14 »
Helllo,

I've got the error message after the running as follows.

Traceback (most recent call last):
  File "FLG_MD_1L.py", line 19, in <module>
    bulk_configuration.setCalculator(calculator)
NameError: name 'bulk_configuration' is not defined

My script is given below.


# -------------------------------------------------------------
# Calculator
# -------------------------------------------------------------
#----------------------------------------
# Basis Set
#----------------------------------------
basis_set = GGABasis.DoubleZetaPolarized

#----------------------------------------
# Exchange-Correlation   
#----------------------------------------
exchange_correlation = GGA.PBE
                         
calculator = LCAOCalculator(
    basis_set=basis_set,
    exchange_correlation=exchange_correlation,
    )                   
                         
bulk_configuration.setCalculator(calculator) 
nlprint(bulk_configuration)
bulk_configuration.update()
nlsave('analysis.nc', bulk_configuration)
                         
# -------------------------------------------------------------
# Bulk configuration     
# -------------------------------------------------------------
                         
# Set up lattice         
lattice = Triclinic(12.741*Angstrom, 12.26*Angstrom, 20.0*Angstrom, 90.0*Degrees, 90.0*Degrees, 90.0*Degrees)
                         
# Define elements       
elements = [Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
            Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
            Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
            Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
            Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
            Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
            Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
            Carbon, Carbon, Carbon, Carbon]   
                         
# Define coordinates     
cartesian_coordinates = [[  3.53919498e+00,   1.22587740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.41590733e+00,   6.12323400e-16,   1.00000000e+01],
                         [  2.12366988e+00,   1.22612260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  6.12323400e-16,   6.12323400e-16,   1.00000000e+01],
                         [  7.78627992e+00,   1.22587740e+00,   1.00000000e+01],
 [  5.66286486e+00,   6.12323400e-16,   1.00000000e+01],
                         [  6.37062741e+00,   1.22612260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  4.24695753e+00,   6.12323400e-16,   1.00000000e+01],
                         [  1.20332374e+01,   1.22587740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  9.90994980e+00,   6.12323400e-16,   1.00000000e+01],
                         [  1.06177123e+01,   1.22612260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  8.49404247e+00,   6.12323400e-16,   1.00000000e+01],
                         [  3.53919498e+00,   3.67787740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.41590733e+00,   2.45200000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  2.12366988e+00,   3.67812260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  7.62465097e-16,   2.45200000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  7.78627992e+00,   3.67787740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  5.66286486e+00,   2.45200000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  6.37062741e+00,   3.67812260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  4.24695753e+00,   2.45200000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.20332374e+01,   3.67787740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  9.90994980e+00,   2.45200000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.06177123e+01,   3.67812260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  8.49404247e+00,   2.45200000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  3.53919498e+00,   6.12987740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.41590733e+00,   4.90400000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  2.12366988e+00,   6.13012260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  9.12606795e-16,   4.90400000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  7.78627992e+00,   6.12987740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  5.66286486e+00,   4.90400000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  6.37062741e+00,   6.13012260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  4.24695753e+00,   4.90400000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.20332374e+01,   6.12987740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  9.90994980e+00,   4.90400000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.06177123e+01,   6.13012260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  8.49404247e+00,   4.90400000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  3.53919498e+00,   8.58187740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.41590733e+00,   7.35600000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  2.12366988e+00,   8.58212260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.06274849e-15,   7.35600000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  7.78627992e+00,   8.58187740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  5.66286486e+00,   7.35600000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  6.37062741e+00,   8.58212260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  4.24695753e+00,   7.35600000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.20332374e+01,   8.58187740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  9.90994980e+00,   7.35600000e+00,   1.00000000e+01],                     
                         [  1.06177123e+01,   6.13012260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  8.49404247e+00,   4.90400000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  3.53919498e+00,   8.58187740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.41590733e+00,   7.35600000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  2.12366988e+00,   8.58212260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.06274849e-15,   7.35600000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  7.78627992e+00,   8.58187740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  5.66286486e+00,   7.35600000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  6.37062741e+00,   8.58212260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  4.24695753e+00,   7.35600000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.20332374e+01,   8.58187740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  9.90994980e+00,   7.35600000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.06177123e+01,   8.58212260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  8.49404247e+00,   7.35600000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  3.53919498e+00,   1.10338774e+01,   1.00000000e+01],
                         [  1.41590733e+00,   9.80800000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  2.12366988e+00,   1.10341226e+01,   1.00000000e+01],
                         [  1.21289019e-15,   9.80800000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  7.78627992e+00,   1.10338774e+01,   1.00000000e+01],
                         [  5.66286486e+00,   9.80800000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  6.37062741e+00,   1.10341226e+01,   1.00000000e+01],
                         [  4.24695753e+00,   9.80800000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.20332374e+01,   1.10338774e+01,   1.00000000e+01],
                         [  9.90994980e+00,   9.80800000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.06177123e+01,   1.10341226e+01,   1.00000000e+01],
                         [  8.49404247e+00,   9.80800000e+00,   1.00000000e+01]]*Angstrom

# Set up configuration
bulk_configuration = BulkConfiguration(
    bravais_lattice=lattice,
    elements=elements,
    cartesian_coordinates=cartesian_coordinates
    )



initial_velocity = MaxwellBoltzmannDistribution(
        temperature=300.0*Kelvin
    )
method = VelocityVerlet(
        time_step=1.0*femtoSecond,
        initial_velocity=initial_velocity
    )
molecular_dynamics = MolecularDynamics(
        bulk_configuration,
        constraints=[],                                                                                         
        log_filename='trajectory.nc',
        steps=100,
        log_interval=10,
        method=method
    )
nlsave('analysis.nc', molecular_dynamics)
nlprint(molecular_dynamics)

# -------------------------------------------------------------
# Stress
# -------------------------------------------------------------
stress = Stress(bulk_configuration)
nlsave('analysis.nc', stress)
nlprint(stress)

# -------------------------------------------------------------
# Total energy
# -------------------------------------------------------------
total_energy = TotalEnergy(bulk_configuration)
nlsave('/home/yijhon/ATK/FLG_MD/1L/1L_FLG_MD.nc', total_energy)
nlprint(total_energy)




The block named Bulk existed originally in script section when I moved to building step to script generator step.
What's wrong and what should I do for it?


Best regards,

  Young


                                             




















The block named Bulk was present originally in script section when I move to script generator step from buiding step.
What's wrong and what should I do for it?










The block named Bulk was present originally in script section when I move to script generator step from buiding step.
What's wrong and what should I do for it?

Logged

Offline Anders Blom

  • QuantumATK Staff
  • Supreme QuantumATK Wizard
  • *****
  • Posts: 5576
  • Country: dk
  • Reputation: 96
    • View Profile
    • QuantumATK at Synopsys
Re: the question on the error message
« Reply #1 on: August 18, 2012, 23:36 »
You have just gotten the script blocks in the wrong order, so the calculator comes before the configuration. So it's easy to fix, you just copy/paste the relevant parts of the script into a new place. Like so:
Code: python
# -------------------------------------------------------------
# Bulk configuration     
# -------------------------------------------------------------
                         
# Set up lattice         
lattice = Triclinic(12.741*Angstrom, 12.26*Angstrom, 20.0*Angstrom, 90.0*Degrees, 90.0*Degrees, 90.0*Degrees)
                         
# Define elements       
elements = [Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
            Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
            Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
            Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
            Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
            Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
            Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
            Carbon, Carbon, Carbon, Carbon]   
                         
# Define coordinates     
cartesian_coordinates = [[  3.53919498e+00,   1.22587740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.41590733e+00,   6.12323400e-16,   1.00000000e+01],
                         [  2.12366988e+00,   1.22612260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  6.12323400e-16,   6.12323400e-16,   1.00000000e+01],
                         [  7.78627992e+00,   1.22587740e+00,   1.00000000e+01],
 [  5.66286486e+00,   6.12323400e-16,   1.00000000e+01],
                         [  6.37062741e+00,   1.22612260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  4.24695753e+00,   6.12323400e-16,   1.00000000e+01],
                         [  1.20332374e+01,   1.22587740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  9.90994980e+00,   6.12323400e-16,   1.00000000e+01],
                         [  1.06177123e+01,   1.22612260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  8.49404247e+00,   6.12323400e-16,   1.00000000e+01],
                         [  3.53919498e+00,   3.67787740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.41590733e+00,   2.45200000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  2.12366988e+00,   3.67812260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  7.62465097e-16,   2.45200000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  7.78627992e+00,   3.67787740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  5.66286486e+00,   2.45200000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  6.37062741e+00,   3.67812260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  4.24695753e+00,   2.45200000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.20332374e+01,   3.67787740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  9.90994980e+00,   2.45200000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.06177123e+01,   3.67812260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  8.49404247e+00,   2.45200000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  3.53919498e+00,   6.12987740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.41590733e+00,   4.90400000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  2.12366988e+00,   6.13012260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  9.12606795e-16,   4.90400000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  7.78627992e+00,   6.12987740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  5.66286486e+00,   4.90400000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  6.37062741e+00,   6.13012260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  4.24695753e+00,   4.90400000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.20332374e+01,   6.12987740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  9.90994980e+00,   4.90400000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.06177123e+01,   6.13012260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  8.49404247e+00,   4.90400000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  3.53919498e+00,   8.58187740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.41590733e+00,   7.35600000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  2.12366988e+00,   8.58212260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.06274849e-15,   7.35600000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  7.78627992e+00,   8.58187740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  5.66286486e+00,   7.35600000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  6.37062741e+00,   8.58212260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  4.24695753e+00,   7.35600000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.20332374e+01,   8.58187740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  9.90994980e+00,   7.35600000e+00,   1.00000000e+01],                     
                         [  1.06177123e+01,   6.13012260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  8.49404247e+00,   4.90400000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  3.53919498e+00,   8.58187740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.41590733e+00,   7.35600000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  2.12366988e+00,   8.58212260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.06274849e-15,   7.35600000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  7.78627992e+00,   8.58187740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  5.66286486e+00,   7.35600000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  6.37062741e+00,   8.58212260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  4.24695753e+00,   7.35600000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.20332374e+01,   8.58187740e+00,   1.00000000e+01],
                         [  9.90994980e+00,   7.35600000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.06177123e+01,   8.58212260e+00,   1.00000000e+01],
                         [  8.49404247e+00,   7.35600000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  3.53919498e+00,   1.10338774e+01,   1.00000000e+01],
                         [  1.41590733e+00,   9.80800000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  2.12366988e+00,   1.10341226e+01,   1.00000000e+01],
                         [  1.21289019e-15,   9.80800000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  7.78627992e+00,   1.10338774e+01,   1.00000000e+01],
                         [  5.66286486e+00,   9.80800000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  6.37062741e+00,   1.10341226e+01,   1.00000000e+01],
                         [  4.24695753e+00,   9.80800000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.20332374e+01,   1.10338774e+01,   1.00000000e+01],
                         [  9.90994980e+00,   9.80800000e+00,   1.00000000e+01],
                         [  1.06177123e+01,   1.10341226e+01,   1.00000000e+01],
                         [  8.49404247e+00,   9.80800000e+00,   1.00000000e+01]]*Angstrom

# Set up configuration
bulk_configuration = BulkConfiguration(
    bravais_lattice=lattice,
    elements=elements,
    cartesian_coordinates=cartesian_coordinates
    )


# -------------------------------------------------------------
# Calculator
# -------------------------------------------------------------
#----------------------------------------
# Basis Set
#----------------------------------------
basis_set = GGABasis.DoubleZetaPolarized

#----------------------------------------
# Exchange-Correlation   
#----------------------------------------
exchange_correlation = GGA.PBE
                         
calculator = LCAOCalculator(
    basis_set=basis_set,
    exchange_correlation=exchange_correlation,
    )                   
                         
bulk_configuration.setCalculator(calculator) 
nlprint(bulk_configuration)
bulk_configuration.update()
nlsave('analysis.nc', bulk_configuration)
                         


initial_velocity = MaxwellBoltzmannDistribution(
        temperature=300.0*Kelvin
    )
method = VelocityVerlet(
        time_step=1.0*femtoSecond,
        initial_velocity=initial_velocity
    )
molecular_dynamics = MolecularDynamics(
        bulk_configuration,
        constraints=[],                                                                                         
        log_filename='trajectory.nc',
        steps=100,
        log_interval=10,
        method=method
    )
nlsave('analysis.nc', molecular_dynamics)
nlprint(molecular_dynamics)

# -------------------------------------------------------------
# Stress
# -------------------------------------------------------------
stress = Stress(bulk_configuration)
nlsave('analysis.nc', stress)
nlprint(stress)

# -------------------------------------------------------------
# Total energy
# -------------------------------------------------------------
total_energy = TotalEnergy(bulk_configuration)
nlsave('/home/yijhon/ATK/FLG_MD/1L/1L_FLG_MD.nc', total_energy)
nlprint(total_energy)
Logged

Offline Anders Blom

  • QuantumATK Staff
  • Supreme QuantumATK Wizard
  • *****
  • Posts: 5576
  • Country: dk
  • Reputation: 96
    • View Profile
    • QuantumATK at Synopsys
Re: the question on the error message
« Reply #2 on: August 18, 2012, 23:38 »
However, something seems wrong with your configuration, the number of atoms doesn't match the number of coordinates. So you had better have a close look at before trying to run the script. It's easy enough to fix, just change order of the coordinates and elements and use
Code: python
# Define elements       
elements = [Carbon,]*len(cartesian_coordinates)   
Note: you don't need to use Triclinic for such a system, it's often easier to just us the UnitCell class. But it doesn't really affect the calculations.
« Last Edit: August 18, 2012, 23:40 by Anders Blom »
Logged
Pages: [1]   Go Up
« previous next »