Show Posts

This section allows you to view all posts made by this member. Note that you can only see posts made in areas you currently have access to.


Topics - hung

Pages: [1]
1
General Questions and Answers / electrostactic difference potential
« on: November 11, 2010, 10:25 »
in your tutorials, electrostactic difference potential are calculated and show in (y z)plane. If I want to calculate it in other plane as (zx), how can I do?

2
General Questions and Answers / how to make the best choice for mesh-cutoff and k-point
« on: November 3, 2010, 01:11 »
Dear Sir
I read all comment about k-point but I don't really understand how to make the best choice mesh-cutoff and k-point for two probes systerm.
can you comment something more clear? for an example, I want to calculate the transmission spectrum, etc..I tried some case and results are diferent, a case T(E)>1  ??? do you suggest for this example?
thank you very much much!!!

3
General Questions and Answers / why ATK not calculates with chanel doping?
« on: October 19, 2010, 18:30 »
Hello All!
I have a problem. I constructed a garphene chanel doping by Nitrogen and try calculate T(E). When VNL run, it show error "
This application has requested the Runtime to terminate it in an unusual way.
Please contact the application's support team for more information.
NanoLanguageScript execution failure" can anyone help me? I use ATK 10.8 with trial version.

4
Installation and License Questions / how to get new License file of ATK-SE version 10.8.0
« on: October 14, 2010, 00:14 »
Dear QuantumWise!
I am a student, I have used ATK-SE trial version, it very useful, and it the end. I want to renew but I don't know how to get new license file, trial version or full version all ok? where can I buy your solfware and how much? I only use on my PC.
thank you!

5
Scripts, Tutorials and Applications / error when view electrostatic_difference_potential of graphene junction.
« on: October 7, 2010, 11:38 »
hello!
I run a exemple about electrostatic difference potential of graphene junction by VNL. The process is ok, when I view the contour I saw all scale bar is red, it is not true and  affter save image it is white, too bad. please help me repair it!

6
General Questions and Answers / Re: Error when run the ATK 10.8
« on: September 30, 2010, 22:16 »
when I run this scrip:###############################################################
# TwoProbe configuration
###############################################################

###############################################################
# Left electrode
###############################################################

# Set up lattice
vector_a = [27.83146, 0.0, 0.0]*Angstrom
vector_b = [0.0, 10.0, 0.0]*Angstrom
vector_c = [0.0, 0.0, 4.92200342088]*Angstrom
left_electrode_lattice = UnitCell(vector_a, vector_b, vector_c)

# Define elements
left_electrode_elements = [Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Hydrogen,
                           Hydrogen, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                           Hydrogen, Hydrogen]

# Define coordinates
left_electrode_coordinates = [[ 21.46738062,   5.        ,   0.61525043],
                              [ 20.75695062,   5.        ,   1.84575128],
                              [ 19.33609062,   5.        ,   1.84575128],
                              [ 18.62566062,   5.        ,   0.61525043],
                              [ 17.20480062,   5.        ,   0.61525043],
                              [ 16.49437062,   5.        ,   1.84575128],
                              [ 22.56838062,   5.        ,   0.61525043],
                              [ 15.39337062,   5.        ,   1.84575128],
                              [ 21.46738062,   5.        ,   3.07625214],
                              [ 20.75695062,   5.        ,   4.30675299],
                              [ 19.33609062,   5.        ,   4.30675299],
                              [ 18.62566062,   5.        ,   3.07625214],
                              [ 17.20480062,   5.        ,   3.07625214],
                              [ 16.49437062,   5.        ,   4.30675299],
                              [ 22.56838062,   5.        ,   3.07625214],
                              [ 15.39337062,   5.        ,   4.30675299]]*Angstrom

# Set up configuration
left_electrode = BulkConfiguration(
    bravais_lattice=left_electrode_lattice,
    elements=left_electrode_elements,
    cartesian_coordinates=left_electrode_coordinates
    )

###############################################################
# Right electrode
###############################################################

# Set up lattice
vector_a = [27.83146, 0.0, 0.0]*Angstrom
vector_b = [0.0, 10.0, 0.0]*Angstrom
vector_c = [0.0, 0.0, 4.92200342088]*Angstrom
right_electrode_lattice = UnitCell(vector_a, vector_b, vector_c)

# Define elements
right_electrode_elements = [Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Hydrogen,
                            Hydrogen, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                            Hydrogen, Hydrogen]

# Define coordinates
right_electrode_coordinates = [[ 10.81093062,   5.        ,   1.84575128],
                               [ 10.10050062,   5.        ,   0.61525043],
                               [  8.67964062,   5.        ,   0.61525043],
                               [  7.96921062,   5.        ,   1.84575128],
                               [  6.54835062,   5.        ,   1.84575128],
                               [  5.83792062,   5.        ,   0.61525043],
                               [ 11.91193062,   5.        ,   1.84575128],
                               [  4.73692062,   5.        ,   0.61525043],
                               [ 10.81093062,   5.        ,   4.30675299],
                               [ 10.10050062,   5.        ,   3.07625214],
                               [  8.67964062,   5.        ,   3.07625214],
                               [  7.96921062,   5.        ,   4.30675299],
                               [  6.54835062,   5.        ,   4.30675299],
                               [  5.83792062,   5.        ,   3.07625214],
                               [ 11.91193062,   5.        ,   4.30675299],
                               [  4.73692062,   5.        ,   3.07625214]]*Angstrom

# Set up configuration
right_electrode = BulkConfiguration(
    bravais_lattice=right_electrode_lattice,
    elements=right_electrode_elements,
    cartesian_coordinates=right_electrode_coordinates
    )

###############################################################
# Central region
###############################################################

# Set up lattice
vector_a = [27.83146, 0.0, 0.0]*Angstrom
vector_b = [0.0, 10.0, 0.0]*Angstrom
vector_c = [0.0, 0.0, 29.5320205253]*Angstrom
central_region_lattice = UnitCell(vector_a, vector_b, vector_c)

# Define elements
central_region_elements = [Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Hydrogen,
                           Hydrogen, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                           Hydrogen, Hydrogen, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                           Hydrogen, Hydrogen, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                           Carbon, Carbon, Carbon, Hydrogen, Hydrogen, Hydrogen, Hydrogen,
                           Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                           Hydrogen, Hydrogen, Hydrogen, Hydrogen, Carbon, Carbon, Carbon,
                           Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Hydrogen, Hydrogen,
                           Hydrogen, Hydrogen, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                           Carbon, Carbon, Carbon, Hydrogen, Hydrogen, Hydrogen, Hydrogen,
                           Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Hydrogen,
                           Hydrogen, Hydrogen, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                           Carbon, Hydrogen, Hydrogen, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon,
                           Carbon, Carbon, Hydrogen, Hydrogen]

# Define coordinates
central_region_coordinates = [[ 21.46738062,   5.        ,   0.61525043],
                              [ 20.75695062,   5.        ,   1.84575128],
                              [ 19.33609062,   5.        ,   1.84575128],
                              [ 18.62566062,   5.        ,   0.61525043],
                              [ 17.20480062,   5.        ,   0.61525043],
                              [ 16.49437062,   5.        ,   1.84575128],
                              [ 22.56838062,   5.        ,   0.61525043],
                              [ 15.39337062,   5.        ,   1.84575128],
                              [ 21.46738062,   5.        ,   3.07625214],
                              [ 20.75695062,   5.        ,   4.30675299],
                              [ 19.33609062,   5.        ,   4.30675299],
                              [ 18.62566062,   5.        ,   3.07625214],
                              [ 17.20480062,   5.        ,   3.07625214],
                              [ 16.49437062,   5.        ,   4.30675299],
                              [ 22.56838062,   5.        ,   3.07625214],
                              [ 15.39337062,   5.        ,   4.30675299],
                              [ 21.46738062,   5.        ,   5.53725385],
                              [ 20.75695062,   5.        ,   6.7677547 ],
                              [ 19.33609062,   5.        ,   6.7677547 ],
                              [ 18.62566062,   5.        ,   5.53725385],
                              [ 17.20480062,   5.        ,   5.53725385],
                              [ 22.56838062,   5.        ,   5.53725385],
                              [ 21.30745062,   5.        ,   7.72124867],
                              [ 19.33609062,   5.        ,   9.22875641],
                              [ 18.62566062,   5.        ,  10.45925727],
                              [ 17.20480062,   5.        ,  10.45925727],
                              [ 18.62566062,   5.        ,   7.99825556],
                              [ 17.20480062,   5.        ,   7.99825556],
                              [ 16.49437062,   5.        ,   9.22875641],
                              [ 15.07351062,   5.        ,   9.22875641],
                              [ 16.49437062,   5.        ,   6.7677547 ],
                              [ 20.43709062,   5.        ,   9.22875641],
                              [ 19.17616062,   5.        ,  11.41275124],
                              [ 14.52301062,   5.        ,   8.27526244],
                              [ 15.39337062,   5.        ,   6.7677547 ],
                              [ 17.20480062,   5.        ,  12.92025898],
                              [ 16.49437062,   5.        ,  14.15075984],
                              [ 15.07351062,   5.        ,  14.15075984],
                              [ 16.49437062,   5.        ,  11.68975812],
                              [ 15.07351062,   5.        ,  11.68975812],
                              [ 14.36308062,   5.        ,  12.92025898],
                              [ 12.94222062,   5.        ,  12.92025898],
                              [ 14.36308062,   5.        ,  10.45925727],
                              [ 18.30580062,   5.        ,  12.92025898],
                              [ 17.04487062,   5.        ,  15.1042538 ],
                              [ 12.39172062,   5.        ,  11.96676501],
                              [ 13.26208062,   5.        ,  10.45925727],
                              [ 15.07351062,   5.        ,  16.61176155],
                              [ 14.36308062,   5.        ,  17.8422624 ],
                              [ 12.94222062,   5.        ,  17.8422624 ],
                              [ 14.36308062,   5.        ,  15.38126069],
                              [ 12.94222062,   5.        ,  15.38126069],
                              [ 12.23179062,   5.        ,  16.61176155],
                              [ 10.81093062,   5.        ,  16.61176155],
                              [ 12.23179062,   5.        ,  14.15075984],
                              [ 16.17451062,   5.        ,  16.61176155],
                              [ 14.91358062,   5.        ,  18.79575637],
                              [ 10.26043062,   5.        ,  15.65826758],
                              [ 11.13079062,   5.        ,  14.15075984],
                              [ 12.94222062,   5.        ,  20.30326411],
                              [ 12.23179062,   5.        ,  21.53376497],
                              [ 10.81093062,   5.        ,  21.53376497],
                              [ 12.23179062,   5.        ,  19.07276326],
                              [ 10.81093062,   5.        ,  19.07276326],
                              [ 10.10050062,   5.        ,  20.30326411],
                              [  8.67964062,   5.        ,  20.30326411],
                              [ 10.10050062,   5.        ,  17.8422624 ],
                              [ 14.04322062,   5.        ,  20.30326411],
                              [ 12.78229062,   5.        ,  22.48725894],
                              [  8.12914062,   5.        ,  19.34977014],
                              [  8.99950062,   5.        ,  17.8422624 ],
                              [ 10.81093062,   5.        ,  23.99476668],
                              [ 10.10050062,   5.        ,  22.76426582],
                              [  8.67964062,   5.        ,  22.76426582],
                              [  7.96921062,   5.        ,  23.99476668],
                              [  6.54835062,   5.        ,  23.99476668],
                              [  7.96921062,   5.        ,  21.53376497],
                              [ 11.91193062,   5.        ,  23.99476668],
                              [  5.99785062,   5.        ,  23.04127271],
                              [  6.86821062,   5.        ,  21.53376497],
                              [ 10.81093062,   5.        ,  26.45576839],
                              [ 10.10050062,   5.        ,  25.22526753],
                              [  8.67964062,   5.        ,  25.22526753],
                              [  7.96921062,   5.        ,  26.45576839],
                              [  6.54835062,   5.        ,  26.45576839],
                              [  5.83792062,   5.        ,  25.22526753],
                              [ 11.91193062,   5.        ,  26.45576839],
                              [  4.73692062,   5.        ,  25.22526753],
                              [ 10.81093062,   5.        ,  28.9167701 ],
                              [ 10.10050062,   5.        ,  27.68626924],
                              [  8.67964062,   5.        ,  27.68626924],
                              [  7.96921062,   5.        ,  28.9167701 ],
                              [  6.54835062,   5.        ,  28.9167701 ],
                              [  5.83792062,   5.        ,  27.68626924],
                              [ 11.91193062,   5.        ,  28.9167701 ],
                              [  4.73692062,   5.        ,  27.68626924]]*Angstrom

# Set up configuration
central_region = BulkConfiguration(
    bravais_lattice=central_region_lattice,
    elements=central_region_elements,
    cartesian_coordinates=central_region_coordinates
    )

# Add metallic region
metallic_region_0 = BoxRegion(
    -1*Volt,
    xmin = 0*Angstrom, xmax = 27.8315*Angstrom,
    ymin = 0*Angstrom, ymax = 0.5*Angstrom,
    zmin = 4.922*Angstrom, zmax = 24.61*Angstrom
)

metallic_regions = [metallic_region_0]
central_region.setMetallicRegions(metallic_regions)

# Add dielectric region
dielectric_region_0 = BoxRegion(
    4,
    xmin = 0*Angstrom, xmax = 27.8315*Angstrom,
    ymin = 0.5*Angstrom, ymax = 3.57914*Angstrom,
    zmin = 4.922*Angstrom, zmax = 24.61*Angstrom
)

dielectric_regions = [dielectric_region_0]
central_region.setDielectricRegions(dielectric_regions)

device_configuration = DeviceConfiguration(
    central_region,
    [left_electrode, right_electrode]
    )

###############################################################
# Calculator
###############################################################
#----------------------------------------
# Numerical Accuracy Settings
#----------------------------------------
left_electrode_numerical_accuracy_parameters = NumericalAccuracyParameters(
    k_point_sampling=(1, 1, 100),
    )

right_electrode_numerical_accuracy_parameters = NumericalAccuracyParameters(
    k_point_sampling=(1, 1, 100),
    )

#----------------------------------------
# Electrode Calculators
#----------------------------------------
left_electrode_calculator = HuckelCalculator(
    numerical_accuracy_parameters=left_electrode_numerical_accuracy_parameters,
    )

right_electrode_calculator = HuckelCalculator(
    numerical_accuracy_parameters=right_electrode_numerical_accuracy_parameters,
    )

#----------------------------------------
# Device Calculator
#----------------------------------------
calculator = DeviceHuckelCalculator(
    electrode_calculators=
        [left_electrode_calculator, right_electrode_calculator],
    )

device_configuration.setCalculator(calculator)
nlprint(device_configuration)
device_configuration.update()
nlsave('analysis.nc', device_configuration)

transmission_spectrum = TransmissionSpectrum(
    configuration=device_configuration,
    energies=numpy.linspace(-2,2,100)*eV,
    kpoints=MonkhorstPackGrid(1,1,1),
    energy_zero_parameter=AverageFermiLevel,
    infinitesimal=1e-06*eV,
    self_energy_calculator=KrylovSelfEnergy(),
    )
nlsave('analysis.nc', transmission_spectrum)
nlprint(transmission_spectrum)

I receivered transmission spectrum
please check for me!

7
General Questions and Answers / Error when run the ATK 10.8
« on: September 26, 2010, 22:25 »
hello...
When I run any scrips with ATK on Windowsvista (free trial version 10.8 ). it show that:<ERROR: 'dict' object has no attribute 'len'>. I don't know how to repare?

8
Scripts, Tutorials and Applications / how to set up graphene junction with gold electrods?
« on: September 16, 2010, 17:47 »
Dear friends!
I've just install ATK and I don't know how to set the electrods by Au or Al in graphene juncton? I want to test ATK by repeat some resalt of this title: Effects of Metallic Contacts on Electron Transport through Graphene (http://arxiv.org/abs/1001.5257).
thanks very much!

Pages: [1]