Show Posts

This section allows you to view all posts made by this member. Note that you can only see posts made in areas you currently have access to.


Messages - gny1988

Pages: [1]
1
General Questions and Answers / Question:Relationship between DOS and transmission spectrum
« on: May 12, 2010, 10:19 »
the version of our atk is 2.0. And I want to know if the current is the integral of transmission coefficient or the integral of product of transmission coefficient and density of states. Or when calculate transmission coefficient, atk 2.0 has already considered the density of states.

2
General Questions and Answers / Re: How to establish an electrode with two lattic constants in atk 2.0
« on: March 16, 2010, 14:51 »
Thank you, dear Anders. But when I used it to optimize a system. It said the error was AnException.
Here I give the electrode file and my input file. Please help me.
The first is the left electrode file. I run it and get the .nc file. And my right electrode .nc file is a copy of it. I don't know is that the error came from? But we did the same thing in some electrode file. It's right.
Code
System::Type Electrode
Method::Type NumOrb
NumOrb::MeshCutoff 100 Ry
NumOrb::BasisSet::Size DZ
Electrode::NumKPoints::C 200
%block Electrode::UnitCell
41.75099478      0            0
 0              41.75099478   0
 0               0            8.52516
%endblock Electrode::UnitCell

AtomList::Format Angstrom
%block Electrode::AtomList
 C      15.95349407       15      5.68344005 
 C      15.95349407       15      7.1043001  
 C      17.18399429       15      7.81473001 
 C      17.18399429       15      4.97301003 
 C      18.41449547       15      5.68344005 
 C      18.41449547       15      7.1043001  
 C      19.64499664       15	  7.81473001
 C	19.64499664	  15	  4.97301003
 C	20.87549782	  15	  5.68344005
 C	20.87549782	  15	  7.1043001 
 C	22.10599899	  15	  7.81473001
 C	22.10599899	  15	  4.97301003
 C	23.33649826	  15	  5.68344005
 C	23.33649826	  15	  7.1043001 
 C	24.56699944	  15	  7.81473001
 C	24.56699944	  15	  4.97301003
 C	25.79750061	  15	  5.68344005
 C	25.79750061	  15	  7.1043001 
 H      15.               15      5.13294002
 H      15.               15      7.65480002
 H      26.75099564       15      5.13294002
 H      26.75099564       15      7.65480002
 C      15.95349407       15      1.42086005 
 C      15.95349407       15      2.8417201  
 C      17.18399429       15      3.55215001 
 C      17.18399429       15      0.71043003 
 C      18.41449547       15      1.42086005 
 C      18.41449547       15      2.8417201  
 C      19.64499664       15	  3.55215001
 C	19.64499664	  15	  0.71043003
 C	20.87549782	  15	  1.42086005
 C	20.87549782	  15	  2.8417201 
 C	22.10599899	  15	  3.55215001
 C	22.10599899	  15	  0.71043003
 C	23.33649826	  15	  1.42086005
 C	23.33649826	  15	  2.8417201 
 C	24.56699944	  15	  3.55215001
 C	24.56699944	  15	  0.71043003
 C	25.79750061	  15	  1.42086005
 C	25.79750061	  15	  2.8417201 
 H      15.               15      0.87036002
 H      15.               15      3.39222002
 H      26.75099564       15      0.87036002
 H      26.75099564       15      3.39222002
%endblock Electrode::AtomList
The second is my input file
Code
Simulation::Type Relaxation

System::Type TwoProbe
Method::Type NumOrb

NumOrb::BasisSet::Size  DZP

TwoProbe::LeftElectrode::NetCDFfile ./left-armchair.nc
TwoProbe::RightElectrode::NetCDFfile ./right-armchair.nc

#  graphene

AtomList::Format         Angstrom
%block TwoProbe::CentralAtomList 
C      15.95349407     15        9.9460201 
C      18.41449547     15        9.9460201 
C      20.87549782     15        9.9460201 
C      23.33649826     15        9.9460201 
C      25.79750061     15        9.9460201 
C      17.18399429     15        9.23558995
C      19.64499664     15        9.23558995
C      22.10599899     15        9.23558995
C      24.56699944     15        9.23558995
H      15.             15        9.39552018
H      26.75099564     15        9.39552018
C      13.51691914     15       19.86283299
C      12.30491257     15       21.95781514
C      12.28904343     15       20.5796642 
C      12.28904343     15       17.71719739
C      12.30491257     15       16.33904645
C      14.73012066     15       21.97803685
C      13.50814819     15       22.68261334
C      14.72875595     15       20.5648956 
C      14.72875595     15       17.73196599
C      13.51691914     15       18.4340286 
C      14.73012066     15       16.31882665
C      13.50814819     15       15.61424825
C      17.18953896     15       21.98550603
C      15.96259117     15       22.69304273
C      17.18757439     15       20.5561237 
C      15.96767807     15       19.84974477
C      17.18757439     15       17.74073979
C      15.96767807     15       18.44711873
C      17.18953896     15       16.31135556
C      15.96259117     15       15.60381886
C      19.63661385     15       21.97539136
C      18.39898872     15       22.68547055
C      19.63623047     15       20.56625172
C      18.40189362     15       19.85455319
C      19.63623047     15       17.73061177
C      18.40189362     15       18.4423084 
C      19.63661385     15       16.32147023
C      18.39898872     15       15.61139104
C      22.06922913     15       21.97539136
C      20.85292244     15       22.67794606
C      22.0696125      15       20.56625172
C      20.85292244     15       19.86286542
C      22.0696125      15       17.73061177
C      20.85292244     15       18.43399617
C      22.06922913     15       16.32147023
C      20.85292244     15       15.61891457
C      24.51630402     15       21.98550603
C      23.30685616     15       22.68547055
C      24.51827049     15       20.5561237 
C      23.30395126     15       19.85455319
C      24.51827049     15       17.74073979
C      23.30395126     15       18.4423084 
C      24.51630402     15       16.31135556
C      23.30685616     15       15.61139104
C      26.97572327     15       21.97803685
C      25.7432518      15       22.69304273
C      26.97708702     15       20.5648956 
C      25.7381649      15       19.84974477
C      26.97708702     15       17.73196599
C      25.7381649      15       18.44711873
C      26.97572327     15       16.31882665
C      25.7432518      15       15.60381886
C      29.4009304      15       21.95781514
C      28.19769478     15       22.68261334
C      29.41679955     15       20.5796642 
C      28.18892479     15       19.86283299
C      29.41679955     15       17.71719739
C      28.18892479     15       18.4340286 
C      29.4009304      15       16.33904645
C      28.19769478     15       15.61424825
C      30.65146255     15       19.81716344
C      30.65146255     15       18.47969815
C      13.54020691     15       24.11026952
C      15.96401405     15       24.09584042
C      25.74182892     15       24.09584042
C      28.16563606     15       24.11026952
C      23.30672836     15       24.10384366
C      20.85292244     15       24.11228368
C      18.39911461     15       24.10384366
C      13.54020691     15       14.18659303
C      15.96401405     15       14.20102212
C      18.39911461     15       14.19301888
C      20.85292244     15       14.18457791
C      23.30672836     15       14.19301888
C      25.74182892     15       14.20102212
C      28.16563606     15       14.18659303
C      11.05438042     15       19.81716344
C      11.05438042     15       18.47969815
C      14.70968914     15       13.49323079
C      17.18468475     15       13.49506661
C      14.70968914     15       24.8036308 
C      17.18468475     15       24.80179593
C      19.6351738      15       24.8135967 
C      22.07066917     15       24.8135967 
C      24.52116013     15       24.80179593
C      26.99615479     15       24.8036308 
C      26.99615479     15       13.49323079
C      24.52116013     15       13.49506661
C      22.07066917     15       13.48326585
C      19.6351738      15       13.48326585
C      19.63651657     15       26.2329292 
C      22.06932831     15       26.2329292 
C      24.50955582     15       26.24551198
C      26.95046043     15       26.26125905
C      17.19628716     15       26.24551198
C      14.75538254     15       26.26125905
C      15.90834332     15       26.9299812 
C      20.85292244     15       26.91103932
C      23.32914734     15       26.91504666
C      25.79750061     15       26.9299812 
C      18.37669563     15       26.91504666
C      17.19628716     15       12.05135056
C      19.63651657     15       12.06393334
C      22.06932831     15       12.06393334
C      24.50955582     15       12.05135056
C      15.90834332     15       11.36688039
C      18.37669563     15       11.38181588
C      20.85292244     15       11.38582322
C      23.32914734     15       11.38181588
C      25.79750061     15       11.36688039
C      14.75538254     15       12.03560349
C      26.95046043     15       12.03560349
H      10.12554836     15       20.35976407
H      10.12554836     15       17.93709752
H      13.81958294     15       26.7917442 
H      27.88626099     15       26.7917442 
H      12.60504436     15       24.64308164
H      29.10079956     15       24.64308164
H      11.37307644     15       22.49646756
H      30.33276749     15       22.49646756
H      31.58029556     15       20.35976407
H      31.58029556     15       17.93709752
H      11.37307644     15       15.80039498
H      12.60504436     15       13.65378091
H      29.10079956     15       13.65378091
H      30.33276749     15       15.80039498
H      13.81958294     15       11.50511834
H      27.88626099     15       11.50511834
C      15.95349407     15       28.35083958
C      18.41449547     15       28.35083958
C      20.87549782     15       28.35083958
C      23.33649826     15       28.35083958
C      25.79750061     15       28.35083958
C      17.18399429     15       29.06126973
C      19.64499664     15       29.06126973
C      22.10599899     15       29.06126973
C      24.56699944     15       29.06126973
H      15.             15       28.90134045
H      26.75099564     15       28.90134045
 %endblock TwoProbe::CentralAtomList
 
 Analysis::TransmissionSpectrum::Calculate T
 Analysis::TransmissionSpectrum::NumPoints 500
 Analysis::TransmissionSpectrum::E0 -5. eV
 Analysis::TransmissionSpectrum::E1 5. eV
 Analysis::PrintMullikenPopulation T
 
 TwoProbe::LeftSurface::NumberOfAtoms 11
 TwoProbe::RightSurface::NumberOfAtoms 11

3
General Questions and Answers / How to establish an electrode with two lattic constants in atk 2.0
« on: March 15, 2010, 09:36 »
I have established an electrode of graphene in vnl-2008. For some reasons, I want to calculate the current in atk 2.0. So I need to change the electrode to atk 2.0. But there are two lattice constants of graphene, I don't know how to input. And also when I run it, it says that the unit is wrong. Below is my electrode input. Please help me to correct it.

Code
System::Type Electrode
Method::Type NumOrb
NumOrb::MeshCutoff 100 Ry
NumOrb::BasisSet::Size DZ
Electrode::NumKPoints::C 200
UnitCell::LatticeConstant a=2.4612 Angstrom c=7 Angstrom
%block Electrode::UnitCell
41.75099478      0            0
 0              41.75099478   0
 0               0            8.52516
%endblock Electrode::UnitCell

AtomList::Format Angstrom
%block Electrode::AtomList
 C           15.95349407  15.          1.42086005
 C           15.95349407  15.          2.8417201 
 C           17.18399429  15.          3.55215001
 C           17.18399429  15.          0.71043003
 C           18.41449547  15.          1.42086005
 C           18.41449547  15.          2.8417201 
 C           19.64499664  15.          3.55215001
 C           19.64499664  15.          0.71043003
 C           20.87549782  15.          1.42086005
 C           20.87549782  15.          2.8417201 
 C           22.10599899  15.          3.55215001
 C           22.10599899  15.          0.71043003
 C           23.33649826  15.          1.42086005
 C           23.33649826  15.          2.8417201 
 C           24.56699944  15.          3.55215001
 C           24.56699944  15.          0.71043003
 C           25.79750061  15.          1.42086005
 C           25.79750061  15.          2.8417201 
 C           15.          15.          0.87036002
 C           15.          15.          3.39222002
 C           26.75099564  15.          0.87036002
 C           26.75099564  15.          3.39222002
 C           15.95349407  15.          5.68344021
 C           15.95349407  15.          7.10430002
 C           17.18399429  15.          7.81473017
 C           17.18399429  15.          4.97301006
 C           18.41449547  15.          5.68344021
 C           18.41449547  15.          7.10430002
 C           19.64499664  15.          7.81473017
 C           19.64499664  15.          4.97301006
 C           20.87549782  15.          5.68344021
 C           20.87549782  15.          7.10430002
 C           22.10599899  15.          7.81473017
 C           22.10599899  15.          4.97301006
 C           23.33649826  15.          5.68344021
 C           23.33649826  15.          7.10430002
 C           24.56699944  15.          7.81473017
 C           24.56699944  15.          4.97301006
 C           25.79750061  15.          5.68344021
 C           25.79750061  15.          7.10430002
 C           15.          15.          5.13293982
 C           15.          15.          7.65479994
 C           26.75099564  15.          5.13293982
 C           26.75099564  15.          7.65479994
%endblock Electrode::AtomList



4
General Questions and Answers / Re: About the voltage sweep script(ivcurves.py)
« on: March 14, 2010, 12:09 »
My memory is 3G. Is that still enough. Can I change the script to limit the memory?

5
General Questions and Answers / Re: About the voltage sweep script(ivcurves.py)
« on: March 12, 2010, 12:30 »
Another error. Please help me.
  File "c:/docume~1/admini~1/locals~1/temp/tmptugyki.nl", line 447, in ?
    current_number_of_points = 100
  File "C:\Program Files\QuantumWise\Virtual NanoLab 2008.10.0\atk\lib\site-packages\ivcurve.py", line 66, in runIVcurve
    initial_calculation = scf
ATKError: bad allocation
Terminated Abnormally

6
General Questions and Answers / Re: About the voltage sweep script(ivcurves.py)
« on: March 12, 2010, 03:10 »
Thank you. That's the problem.

7
General Questions and Answers / About the voltage sweep script(ivcurves.py)
« on: March 11, 2010, 10:58 »
I used the script from http://quantumwise.com/forum/index.php?topic=19.0 to calculate current under a series of voltages. As it said, I put the file ivcurve.py to C:\Program Files\QuantumWise\Virtual NanoLab 2008.10.0\atk\lib\site-packages. But when I calculate current by vnl-2008.10, it said:
Traceback (most recent call last):
  File "c:/docume~1/admini~1/locals~1/temp/tmplq3kcg.nl", line 439, in ?
    ivcurve.runIVcurve (
NameError: name 'ivcurve' is not defined
Terminated Abnormally

Could you help me?

8
General Questions and Answers / The program doesn't give vnl and nc files when do optimization
« on: March 1, 2010, 09:39 »
My version is vnl-2008.10, and I use it to do optimization. I have already give the path of vnl and nc file in nanolanguage scripter, but when the program start, it just gives the out file. This calculation doesn't finish now.
And another question is what the optimization method in atk 2.0 since there are two methods in vnl-2008.10 which are steepest descent and quasi newton.

Pages: [1]