Show Posts

This section allows you to view all posts made by this member. Note that you can only see posts made in areas you currently have access to.


Messages - Pagani

Pages: [1]
1
General Questions and Answers / Question about I-V calculation
« on: December 2, 2012, 18:38 »
When I calculated the I-V data, the script died.
My script is:

device_configuration = nlread('C:/Documents and Settings/Lue/My
                                Documents/Au_A1.nc', object_id='gID000')[0]
calculator = device_configuration.calculator()
# Define bias voltages
voltage_list= 0.1 *numpy.arange(1,15)*Volt
#make loop
for voltage in voltage_list:
  # Set new calculator with modified electrode voltages on the configuration
  # use the self consistent state of the old calculation as starting input.
  device_configuration.setCalculator(
     calculator(electrode_voltages=(-0.5*voltage, 0.5*voltage)),
     initial_state=device_configuration)

  # Calculate the transmission spectrum
  transmission_spectrum = TransmissionSpectrum(
     configuration=device_configuration,
     energies=numpy.linspace(-5,5,301)*eV,
     kpoints=MonkhorstPackGrid(3,3),
     )

  #save the results
  nlsave('au_dtb_au.nc', device_configuration)
  nlsave('au_dtb_au.nc', transmission_spectrum)


Then, after the Job Manager showed "the left electrode chemical potential = -1.653V, the right electrode chemical potential = -1.753V", the script execution error! Why? My ATK version is 11.2.2

2
General Questions and Answers / Re: Why I-V calculation dead?
« on: November 27, 2012, 13:31 »
The script I used is:

# -------------------------------------------------------------
# TwoProbe configuration
# -------------------------------------------------------------

# -------------------------------------------------------------
# Left electrode
# -------------------------------------------------------------

# Set up lattice
vector_a = [8.65127469112, -6.75261456523e-33, 0.0]*Angstrom
vector_b = [-4.32563734556, 7.49222365763, 4.09015759516e-16]*Angstrom
vector_c = [0.0, 0.0, 7.06373620597]*Angstrom
left_electrode_lattice = UnitCell(vector_a, vector_b, vector_c)

# Define elements
left_electrode_elements = [Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold,
                           Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold,
                           Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold]

# Define coordinates
left_electrode_coordinates = [[ 0.72107876,  1.24846289,  1.17728937],
                              [ 3.60483699,  1.24846289,  1.17728937],
                              [ 6.48859522,  1.24846289,  1.17728937],
                              [-0.72080035,  3.74587078,  1.17728937],
                              [ 5.04671611,  3.74587078,  1.17728937],
                              [ 2.16295788,  3.74587078,  1.17728937],
                              [ 3.60483699,  6.24327867,  1.17728937],
                              [-2.16267947,  6.24327867,  1.17728937],
                              [ 0.72107876,  6.24327867,  1.17728937],
                              [ 2.16295788,  2.08093219,  3.5318681 ],
                              [-0.72080035,  2.08093219,  3.5318681 ],
                              [ 5.04671611,  2.08093219,  3.5318681 ],
                              [-3.60455858,  7.07574796,  3.5318681 ],
                              [-2.16267947,  4.57834008,  3.5318681 ],
                              [ 2.16295788,  7.07574796,  3.5318681 ],
                              [ 3.60483699,  4.57834008,  3.5318681 ],
                              [ 0.72107876,  4.57834008,  3.5318681 ],
                              [-0.72080035,  7.07574796,  3.5318681 ],
                              [ 7.93047434,  0.4159936 ,  5.88644684],
                              [ 0.72107876,  2.91340148,  5.88644684],
                              [ 2.16295788,  5.41080937,  5.88644684],
                              [-0.72080035,  5.41080937,  5.88644684],
                              [ 5.04671611,  5.41080937,  5.88644684],
                              [ 2.16295788,  0.4159936 ,  5.88644684],
                              [ 3.60483699,  2.91340148,  5.88644684],
                              [ 5.04671611,  0.4159936 ,  5.88644684],
                              [ 6.48859522,  2.91340148,  5.88644684]]*Angstrom

# Set up configuration
left_electrode = BulkConfiguration(
    bravais_lattice=left_electrode_lattice,
    elements=left_electrode_elements,
    cartesian_coordinates=left_electrode_coordinates
    )

# -------------------------------------------------------------
# Right electrode
# -------------------------------------------------------------

# Set up lattice
vector_a = [8.65127469112, -6.75261456523e-33, 0.0]*Angstrom
vector_b = [-4.32563734556, 7.49222365763, 4.09015759516e-16]*Angstrom
vector_c = [0.0, 0.0, 7.06373620597]*Angstrom
right_electrode_lattice = UnitCell(vector_a, vector_b, vector_c)

# Define elements
right_electrode_elements = [Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold,
                            Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold,
                            Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold]

# Define coordinates
right_electrode_coordinates = [[ 0.72080035,  4.57882217,  1.17728937],
                               [-0.72107876,  7.07623006,  1.17728937],
                               [ 2.16267947,  7.07623006,  1.17728937],
                               [-2.16295788,  4.57882217,  1.17728937],
                               [-0.72107876,  2.08141429,  1.17728937],
                               [ 3.60455858,  4.57882217,  1.17728937],
                               [-3.60483699,  7.07623006,  1.17728937],
                               [ 5.0464377 ,  2.08141429,  1.17728937],
                               [ 2.16267947,  2.08141429,  1.17728937],
                               [ 7.93019593,  0.4164757 ,  3.5318681 ],
                               [ 3.60455858,  2.91388358,  3.5318681 ],
                               [ 6.48831681,  2.91388358,  3.5318681 ],
                               [ 2.16267947,  5.41129147,  3.5318681 ],
                               [ 5.0464377 ,  0.4164757 ,  3.5318681 ],
                               [ 5.0464377 ,  5.41129147,  3.5318681 ],
                               [-0.72107876,  5.41129147,  3.5318681 ],
                               [ 0.72080035,  2.91388358,  3.5318681 ],
                               [ 2.16267947,  0.4164757 ,  3.5318681 ],
                               [ 2.16267947,  3.74635288,  5.88644684],
                               [-2.16295788,  6.24376076,  5.88644684],
                               [ 0.72080035,  6.24376076,  5.88644684],
                               [-0.72107876,  3.74635288,  5.88644684],
                               [ 6.48831681,  1.24894499,  5.88644684],
                               [ 0.72080035,  1.24894499,  5.88644684],
                               [ 5.0464377 ,  3.74635288,  5.88644684],
                               [ 3.60455858,  1.24894499,  5.88644684],
                               [ 3.60455858,  6.24376076,  5.88644684]]*Angstrom

# Set up configuration
right_electrode = BulkConfiguration(
    bravais_lattice=right_electrode_lattice,
    elements=right_electrode_elements,
    cartesian_coordinates=right_electrode_coordinates
    )

# -------------------------------------------------------------
# Central region
# -------------------------------------------------------------

# Set up lattice
vector_a = [8.65127469112, -6.75261456523e-33, 0.0]*Angstrom
vector_b = [-4.32563734556, 7.49222365763, 4.09015759516e-16]*Angstrom
vector_c = [0.0, 0.0, 21.4537368239]*Angstrom
central_region_lattice = UnitCell(vector_a, vector_b, vector_c)

# Define elements
central_region_elements = [Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold,
                           Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold,
                           Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Nitrogen, Carbon,
                           Hydrogen, Hydrogen, Carbon, Carbon, Carbon, Carbon, Hydrogen,
                           Hydrogen, Carbon, Nitrogen, Hydrogen, Hydrogen, Hydrogen, Hydrogen,
                           Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold,
                           Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold,
                           Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold, Gold]

# Define coordinates
central_region_coordinates = [[  0.72107876,   1.24846289,   1.17728937],
                              [  3.60483699,   1.24846289,   1.17728937],
                              [  6.48859522,   1.24846289,   1.17728937],
                              [ -0.72080035,   3.74587078,   1.17728937],
                              [  5.04671611,   3.74587078,   1.17728937],
                              [  2.16295788,   3.74587078,   1.17728937],
                              [  3.60483699,   6.24327867,   1.17728937],
                              [ -2.16267947,   6.24327867,   1.17728937],
                              [  0.72107876,   6.24327867,   1.17728937],
                              [  2.16295788,   2.08093219,   3.5318681 ],
                              [ -0.72080035,   2.08093219,   3.5318681 ],
                              [  5.04671611,   2.08093219,   3.5318681 ],
                              [ -3.60455858,   7.07574796,   3.5318681 ],
                              [ -2.16267947,   4.57834008,   3.5318681 ],
                              [  2.16295788,   7.07574796,   3.5318681 ],
                              [  3.60483699,   4.57834008,   3.5318681 ],
                              [  0.72107876,   4.57834008,   3.5318681 ],
                              [ -0.72080035,   7.07574796,   3.5318681 ],
                              [  7.93047434,   0.4159936 ,   5.88644684],
                              [  0.72107876,   2.91340148,   5.88644684],
                              [  2.16295788,   5.41080937,   5.88644684],
                              [ -0.72080035,   5.41080937,   5.88644684],
                              [  5.04671611,   5.41080937,   5.88644684],
                              [  2.16295788,   0.4159936 ,   5.88644684],
                              [  3.60483699,   2.91340148,   5.88644684],
                              [  5.04671611,   0.4159936 ,   5.88644684],
                              [  6.48859522,   2.91340148,   5.88644684],
                              [  2.16296   ,   3.74587   ,   7.88344   ],
                              [  2.16296   ,   3.74587   ,   9.32715   ],
                              [  1.07985   ,   5.62137   ,   9.47628   ],
                              [  3.24595   ,   1.87058   ,   9.47677   ],
                              [  1.55661   ,   4.79582   ,  10.02683   ],
                              [  2.76905   ,   2.69637   ,  10.02705   ],
                              [  1.55659   ,   4.79585   ,  11.42669   ],
                              [  2.76903   ,   2.69641   ,  11.42691   ],
                              [  1.07969   ,   5.62165   ,  11.97696   ],
                              [  3.24579   ,   1.87085   ,  11.97746   ],
                              [  2.16268   ,   3.74635   ,  12.12659   ],
                              [  2.16268   ,   3.74635   ,  13.5703    ],
                              [  2.97945788,   4.21687078,   7.54944143],
                              [  1.34645788,   4.21687078,   7.54944143],
                              [  2.97945788,   3.27487078,  13.9043    ],
                              [  1.34645788,   4.21687078,  13.9043    ],
                              [  0.72080035,   4.57882217,  15.56729   ],
                              [ -0.72107876,   7.07623006,  15.56729   ],
                              [  2.16267947,   7.07623006,  15.56729   ],
                              [ -2.16295788,   4.57882217,  15.56729   ],
                              [ -0.72107876,   2.08141429,  15.56729   ],
                              [  3.60455858,   4.57882217,  15.56729   ],
                              [ -3.60483699,   7.07623006,  15.56729   ],
                              [  5.0464377 ,   2.08141429,  15.56729   ],
                              [  2.16267947,   2.08141429,  15.56729   ],
                              [  7.93019593,   0.4164757 ,  17.92186873],
                              [  3.60455858,   2.91388358,  17.92186873],
                              [  6.48831681,   2.91388358,  17.92186873],
                              [  2.16267947,   5.41129147,  17.92186873],
                              [  5.0464377 ,   0.4164757 ,  17.92186873],
                              [  5.0464377 ,   5.41129147,  17.92186873],
                              [ -0.72107876,   5.41129147,  17.92186873],
                              [  0.72080035,   2.91388358,  17.92186873],
                              [  2.16267947,   0.4164757 ,  17.92186873],
                              [  2.16267947,   3.74635288,  20.27644746],
                              [ -2.16295788,   6.24376076,  20.27644746],
                              [  0.72080035,   6.24376076,  20.27644746],
                              [ -0.72107876,   3.74635288,  20.27644746],
                              [  6.48831681,   1.24894499,  20.27644746],
                              [  0.72080035,   1.24894499,  20.27644746],
                              [  5.0464377 ,   3.74635288,  20.27644746],
                              [  3.60455858,   1.24894499,  20.27644746],
                              [  3.60455858,   6.24376076,  20.27644746]]*Angstrom

# Set up configuration
central_region = BulkConfiguration(
    bravais_lattice=central_region_lattice,
    elements=central_region_elements,
    cartesian_coordinates=central_region_coordinates
    )

device_configuration = DeviceConfiguration(
    central_region,
    [left_electrode, right_electrode]
    )

calculator = device_configuration.calculator()

# Define bias voltages
voltage_list= 0.2 *numpy.arange(1,16)*Volt
#make loop
for voltage in voltage_list:
    # Set new calculator with modified electrode voltages on the configuration
    # use the self consistent state of  the old calculation as starting input.
    device_configuration.setCalculator(
          calculator(electrode_voltages=(-0.5*voltage, 0.5*voltage)),
          initial_state=device_configuration)

    # Calculate the transmission spectrum
    transmission_spectrum = TransmissionSpectrum(
        configuration=device_configuration,
        energies=numpy.linspace(-3,3,100)*eV,
        kpoints=MonkhorstPackGrid(3,3),
        )

    #save the results
    nlsave('au_dtb_au.nc', device_configuration)
    nlsave('au_dtb_au.nc', transmission_spectrum)




The question is the first cycle of the calculation died! Why? I wrote it following the mini tutorial of "molecular device". Oh, the Version of my ATK is 11.2.2.

3
General Questions and Answers / Why I-V calculation dead?
« on: November 24, 2012, 12:04 »
I calculate the I-V curves of a two-probe system according to the mini script "Molecular device" on the quantumwise Web. But the calculation of transmission spectra at the first cycle is dead. Why? Is there anybody met the same situation?
How to solve this problem?

Pages: [1]