strange result

[Roc]

Dear everyone,
     I have calculated I-V characteristic of my molecule. the two-probe bias is set to 20mV, and the current is calculated when changing the Gate voltage from -2v to 2V with step of 0.1V , intreastingly, when I check the out document I find this one different and strange from others when the gate voltage is 0.3V, the results of   # Atomic Forces and current are listed four times. how to understand this thing.

thanks!

。。。。。。。。。。。。。。。。
101 Au     q = 11.51061 [ s:  1.085, d(-2):  1.894, d(-1):  1.907, d( 0):  1.871, d( 1):  1.906, d( 2):  1.894, py:  0.232, pz:  0.493, px:  0.229 ]
102 Au     q = 11.52309 [ s:  1.086, d(-2):  1.894, d(-1):  1.905, d( 0):  1.871, d( 1):  1.907, d( 2):  1.894, py:  0.233, pz:  0.501, px:  0.231 ]
#-------------------------------------------------------------------------------
# Total Charge =  504.48379
#-------------------------------------------------------------------------------
# -----------------------------------------------------------------------------
# Atomic Forces
# -----------------------------------------------------------------------------
# Index     Fx (eV/Ang)     Fy (eV/Ang)     Fz (eV/Ang)
      0      4.8922e-04     -2.1650e-04     -3.8410e+00
      1     -3.5583e-03      2.8919e-03     -3.8316e+00
      2     -5.9411e-03      8.6086e-03     -3.8401e+00
      3     -1.0651e-02     -1.3174e-03     -3.8406e+00
      4     -5.7331e-03      4.8759e-02     -3.7868e+00
      5      3.5190e-02     -2.0771e-02     -3.7868e+00
      6     -5.8686e-03      6.3841e-04     -3.8312e+00
      7     -6.8856e-03      3.4887e-03     -3.8309e+00
      8     -4.5838e-02     -2.1276e-02     -3.7868e+00
      9      1.2602e-03     -4.1971e-03      6.6915e-01
     10     -4.2560e-02     -1.0011e-01      6.1811e-01
     11     -1.0296e-01      3.5069e-03      6.2179e-01
     12     -5.8430e-02      8.0922e-02      6.1996e-01
     13      4.5345e-02     -9.7136e-02      6.2306e-01
     14      1.6762e-03     -3.1659e-03     -1.6735e+00
     15      5.7700e-02      7.9514e-02      6.2480e-01
     16      9.1888e-04     -4.6026e-03      7.5300e-01
     17      1.0744e-01      4.7423e-03      6.1730e-01
     18     -2.9944e-01     -1.7184e-01     -2.7162e-01
     19     -3.2491e-01      2.3199e-02     -1.3823e-01
     20      1.8945e-01      2.9245e-01     -1.2608e-01
     21     -2.0953e-01      2.7406e-01     -1.2376e-01
     22      2.9690e-01     -1.5943e-01     -2.6362e-01
     23     -7.6515e-03      3.6561e-01     -2.5529e-01
     24     -1.7136e-01     -3.2456e-01     -1.2991e-01
     25      6.0717e-03     -1.2987e-02     -2.6876e+00
     26     -3.2243e-01     -3.7483e-02      1.3712e-01
     27     -1.9656e-01      3.0854e-01      1.2362e-01
     28      3.2128e-01      4.0064e-02     -1.3682e-01
     29      1.9573e-01     -3.0513e-01     -1.2456e-01
     30     -1.9390e-01     -2.9343e-01      1.2559e-01
     31     -3.0044e-01      1.6003e-01      2.6166e-01
     32      1.7446e-01      3.2204e-01      1.2993e-01
     33      3.2931e-01     -2.3731e-02      1.3669e-01
     34      2.0731e-01     -2.7507e-01      1.2481e-01
     35      1.0013e-02     -3.6402e-01      2.5469e-01
     36     -5.8651e-03      1.4420e-02      2.7057e+00
     37      3.0291e-01      1.7524e-01      2.6811e-01
     38      2.2003e-01      1.3769e-01      3.0386e-01
     39      1.9398e-01     -2.6045e-02      1.2698e-01
     40     -1.2377e-01     -1.7413e-01      1.1988e-01
     41      1.4366e-01     -1.6121e-01      1.2397e-01
     42     -2.2638e-01      1.3032e-01      2.9710e-01
     43      3.5269e-03     -2.5677e-01      3.1309e-01
     44      7.8273e-02      2.0049e-01      1.3164e-01
     45     -7.6391e-04     -2.9192e-02     -4.1997e-01
     46      1.8718e-01      3.5885e-02     -1.2702e-01
     47      9.4347e-02     -1.8926e-01     -1.2657e-01
     48     -1.8596e-01     -4.0134e-02      1.2822e-01
     49     -9.8326e-02      1.9250e-01      1.2761e-01
     50      1.2234e-01      1.7044e-01     -1.1889e-01
     51      2.2461e-01     -1.3090e-01     -2.9817e-01
     52     -8.3214e-02     -1.9995e-01     -1.3108e-01
     53     -1.8809e-01      2.7710e-02     -1.2542e-01
     54     -1.3995e-01      1.6264e-01     -1.2249e-01
     55     -7.8560e-04      2.5563e-01     -3.1250e-01
     56     -3.0658e-03      1.0705e-02      4.1209e-01
     57     -2.2142e-01     -1.3519e-01     -3.0540e-01
     58     -2.5728e-04      3.8394e-03     -7.0957e-01
     59     -5.9510e-02     -8.1549e-02     -5.7605e-01
     60     -1.0949e-01     -3.7234e-03     -5.6535e-01
     61     -4.4790e-02      9.5389e-02     -5.7416e-01
     62      6.0518e-02     -8.2520e-02     -5.6997e-01
     63      3.5634e-03      2.6817e-02      1.7265e+00
     64      4.0977e-02      9.7188e-02     -5.7284e-01
     65     -2.1668e-03      5.6658e-03     -6.1756e-01
     66      1.0325e-01     -3.4494e-03     -5.7189e-01
     67      3.2440e-02     -2.3809e-02      6.6252e+00
     68      3.2532e-02      1.1304e-02      6.3160e+00
     69      4.9324e-02      5.5669e-02      6.5842e+00
     70     -1.2775e-02     -7.0267e-02      6.6313e+00
     71      2.2433e-02      4.8491e-03      6.6824e+00
     72     -3.1307e-02      2.9499e-02      6.6353e+00
     73      1.9784e-03     -4.0132e-02      6.4165e+00
     74     -3.3542e-02      1.3504e-02      6.4210e+00
     75      3.9680e-03     -1.2196e-02      6.7305e+00
# -----------------------------------------------------------------------------
# Atomic Forces
# -----------------------------------------------------------------------------
# Index     Fx (eV/Ang)     Fy (eV/Ang)     Fz (eV/Ang)
      0      4.8922e-04     -2.1650e-04     -3.8410e+00
      1     -3.5583e-03      2.8919e-03     -3.8316e+00
      2     -5.9411e-03      8.6086e-03     -3.8401e+00
      3     -1.0651e-02     -1.3174e-03     -3.8406e+00
      4     -5.7331e-03      4.8759e-02     -3.7868e+00
      5      3.5190e-02     -2.0771e-02     -3.7868e+00
      6     -5.8686e-03      6.3841e-04     -3.8312e+00
      7     -6.8856e-03      3.4887e-03     -3.8309e+00
      8     -4.5838e-02     -2.1276e-02     -3.7868e+00
      9      1.2602e-03     -4.1971e-03      6.6915e-01
     10     -4.2560e-02     -1.0011e-01      6.1811e-01
     11     -1.0296e-01      3.5069e-03      6.2179e-01
     12     -5.8430e-02      8.0922e-02      6.1996e-01
     13      4.5345e-02     -9.7136e-02      6.2306e-01
     14      1.6762e-03     -3.1659e-03     -1.6735e+00
     15      5.7700e-02      7.9514e-02      6.2480e-01
     16      9.1888e-04     -4.6026e-03      7.5300e-01
     17      1.0744e-01      4.7423e-03      6.1730e-01
     18     -2.9944e-01     -1.7184e-01     -2.7162e-01
     19     -3.2491e-01      2.3199e-02     -1.3823e-01
     20      1.8945e-01      2.9245e-01     -1.2608e-01
     21     -2.0953e-01      2.7406e-01     -1.2376e-01
     22      2.9690e-01     -1.5943e-01     -2.6362e-01
     23     -7.6515e-03      3.6561e-01     -2.5529e-01
     24     -1.7136e-01     -3.2456e-01     -1.2991e-01
     25      6.0717e-03     -1.2987e-02     -2.6876e+00
     26     -3.2243e-01     -3.7483e-02      1.3712e-01
     27     -1.9656e-01      3.0854e-01      1.2362e-01
     28      3.2128e-01      4.0064e-02     -1.3682e-01
     29      1.9573e-01     -3.0513e-01     -1.2456e-01
     30     -1.9390e-01     -2.9343e-01      1.2559e-01
     31     -3.0044e-01      1.6003e-01      2.6166e-01
     32      1.7446e-01      3.2204e-01      1.2993e-01
     33      3.2931e-01     -2.3731e-02      1.3669e-01
     34      2.0731e-01     -2.7507e-01      1.2481e-01
     35      1.0013e-02     -3.6402e-01      2.5469e-01
     36     -5.8651e-03      1.4420e-02      2.7057e+00
     37      3.0291e-01      1.7524e-01      2.6811e-01
     38      2.2003e-01      1.3769e-01      3.0386e-01
     39      1.9398e-01     -2.6045e-02      1.2698e-01
     40     -1.2377e-01     -1.7413e-01      1.1988e-01
     41      1.4366e-01     -1.6121e-01      1.2397e-01
     42     -2.2638e-01      1.3032e-01      2.9710e-01
     43      3.5269e-03     -2.5677e-01      3.1309e-01
     44      7.8273e-02      2.0049e-01      1.3164e-01
     45     -7.6391e-04     -2.9192e-02     -4.1997e-01
     46      1.8718e-01      3.5885e-02     -1.2702e-01
     47      9.4347e-02     -1.8926e-01     -1.2657e-01
     48     -1.8596e-01     -4.0134e-02      1.2822e-01
     49     -9.8326e-02      1.9250e-01      1.2761e-01
     50      1.2234e-01      1.7044e-01     -1.1889e-01
     51      2.2461e-01     -1.3090e-01     -2.9817e-01
     52     -8.3214e-02     -1.9995e-01     -1.3108e-01
     53     -1.8809e-01      2.7710e-02     -1.2542e-01
     54     -1.3995e-01      1.6264e-01     -1.2249e-01
     55     -7.8560e-04      2.5563e-01     -3.1250e-01
     56     -3.0658e-03      1.0705e-02      4.1209e-01
     57     -2.2142e-01     -1.3519e-01     -3.0540e-01
     58     -2.5728e-04      3.8394e-03     -7.0957e-01
     59     -5.9510e-02     -8.1549e-02     -5.7605e-01
     60     -1.0949e-01     -3.7234e-03     -5.6535e-01
     61     -4.4790e-02      9.5389e-02     -5.7416e-01
     62      6.0518e-02     -8.2520e-02     -5.6997e-01
     63      3.5634e-03      2.6817e-02      1.7265e+00
     64      4.0977e-02      9.7188e-02     -5.7284e-01
     65     -2.1668e-03      5.6658e-03     -6.1756e-01
     66      1.0325e-01     -3.4494e-03     -5.7189e-01
     67      3.2440e-02     -2.3809e-02      6.6252e+00
     68      3.2532e-02      1.1304e-02      6.3160e+00
     69      4.9324e-02      5.5669e-02      6.5842e+00
     70     -1.2775e-02     -7.0267e-02      6.6313e+00
     71      2.2433e-02      4.8491e-03      6.6824e+00
     72     -3.1307e-02      2.9499e-02      6.6353e+00
     73      1.9784e-03     -4.0132e-02      6.4165e+00
     74     -3.3542e-02      1.3504e-02      6.4210e+00
     75      3.9680e-03     -1.2196e-02      6.7305e+00
# -----------------------------------------------------------------------------
# Atomic Forces
# -----------------------------------------------------------------------------
# Index     Fx (eV/Ang)     Fy (eV/Ang)     Fz (eV/Ang)
      0      4.8922e-04     -2.1650e-04     -3.8410e+00
      1     -3.5583e-03      2.8919e-03     -3.8316e+00
      2     -5.9411e-03      8.6086e-03     -3.8401e+00
      3     -1.0651e-02     -1.3174e-03     -3.8406e+00
      4     -5.7331e-03      4.8759e-02     -3.7868e+00
      5      3.5190e-02     -2.0771e-02     -3.7868e+00
      6     -5.8686e-03      6.3841e-04     -3.8312e+00
      7     -6.8856e-03      3.4887e-03     -3.8309e+00
      8     -4.5838e-02     -2.1276e-02     -3.7868e+00
      9      1.2602e-03     -4.1971e-03      6.6915e-01
     10     -4.2560e-02     -1.0011e-01      6.1811e-01
     11     -1.0296e-01      3.5069e-03      6.2179e-01
     12     -5.8430e-02      8.0922e-02      6.1996e-01
     13      4.5345e-02     -9.7136e-02      6.2306e-01
     14      1.6762e-03     -3.1659e-03     -1.6735e+00
     15      5.7700e-02      7.9514e-02      6.2480e-01
     16      9.1888e-04     -4.6026e-03      7.5300e-01
     17      1.0744e-01      4.7423e-03      6.1730e-01
     18     -2.9944e-01     -1.7184e-01     -2.7162e-01
     19     -3.2491e-01      2.3199e-02     -1.3823e-01
     20      1.8945e-01      2.9245e-01     -1.2608e-01
     21     -2.0953e-01      2.7406e-01     -1.2376e-01
     22      2.9690e-01     -1.5943e-01     -2.6362e-01
     23     -7.6515e-03      3.6561e-01     -2.5529e-01
     24     -1.7136e-01     -3.2456e-01     -1.2991e-01
     25      6.0717e-03     -1.2987e-02     -2.6876e+00
     26     -3.2243e-01     -3.7483e-02      1.3712e-01
     27     -1.9656e-01      3.0854e-01      1.2362e-01
     28      3.2128e-01      4.0064e-02     -1.3682e-01
     29      1.9573e-01     -3.0513e-01     -1.2456e-01
     30     -1.9390e-01     -2.9343e-01      1.2559e-01
     31     -3.0044e-01      1.6003e-01      2.6166e-01
     32      1.7446e-01      3.2204e-01      1.2993e-01
     33      3.2931e-01     -2.3731e-02      1.3669e-01
     34      2.0731e-01     -2.7507e-01      1.2481e-01
     35      1.0013e-02     -3.6402e-01      2.5469e-01
     36     -5.8651e-03      1.4420e-02      2.7057e+00
     37      3.0291e-01      1.7524e-01      2.6811e-01
     38      2.2003e-01      1.3769e-01      3.0386e-01
     39      1.9398e-01     -2.6045e-02      1.2698e-01
     40     -1.2377e-01     -1.7413e-01      1.1988e-01
     41      1.4366e-01     -1.6121e-01      1.2397e-01
     42     -2.2638e-01      1.3032e-01      2.9710e-01
     43      3.5269e-03     -2.5677e-01      3.1309e-01
     44      7.8273e-02      2.0049e-01      1.3164e-01
     45     -7.6391e-04     -2.9192e-02     -4.1997e-01
     46      1.8718e-01      3.5885e-02     -1.2702e-01
     47      9.4347e-02     -1.8926e-01     -1.2657e-01
     48     -1.8596e-01     -4.0134e-02      1.2822e-01
     49     -9.8326e-02      1.9250e-01      1.2761e-01
     50      1.2234e-01      1.7044e-01     -1.1889e-01
     51      2.2461e-01     -1.3090e-01     -2.9817e-01
     52     -8.3214e-02     -1.9995e-01     -1.3108e-01
     53     -1.8809e-01      2.7710e-02     -1.2542e-01
     54     -1.3995e-01      1.6264e-01     -1.2249e-01
     55     -7.8560e-04      2.5563e-01     -3.1250e-01
     56     -3.0658e-03      1.0705e-02      4.1209e-01
     57     -2.2142e-01     -1.3519e-01     -3.0540e-01
     58     -2.5728e-04      3.8394e-03     -7.0957e-01
     59     -5.9510e-02     -8.1549e-02     -5.7605e-01
     60     -1.0949e-01     -3.7234e-03     -5.6535e-01
     61     -4.4790e-02      9.5389e-02     -5.7416e-01
     62      6.0518e-02     -8.2520e-02     -5.6997e-01
     63      3.5634e-03      2.6817e-02      1.7265e+00
     64      4.0977e-02      9.7188e-02     -5.7284e-01
     65     -2.1668e-03      5.6658e-03     -6.1756e-01
     66      1.0325e-01     -3.4494e-03     -5.7189e-01
     67      3.2440e-02     -2.3809e-02      6.6252e+00
     68      3.2532e-02      1.1304e-02      6.3160e+00
     69      4.9324e-02      5.5669e-02      6.5842e+00
     70     -1.2775e-02     -7.0267e-02      6.6313e+00
     71      2.2433e-02      4.8491e-03      6.6824e+00
     72     -3.1307e-02      2.9499e-02      6.6353e+00
     73      1.9784e-03     -4.0132e-02      6.4165e+00
     74     -3.3542e-02      1.3504e-02      6.4210e+00
     75      3.9680e-03     -1.2196e-02      6.7305e+00
# -----------------------------------------------------------------------------
# Atomic Forces
# -----------------------------------------------------------------------------
# Index     Fx (eV/Ang)     Fy (eV/Ang)     Fz (eV/Ang)
      0      4.8922e-04     -2.1650e-04     -3.8410e+00
      1     -3.5583e-03      2.8919e-03     -3.8316e+00
      2     -5.9411e-03      8.6086e-03     -3.8401e+00
      3     -1.0651e-02     -1.3174e-03     -3.8406e+00
      4     -5.7331e-03      4.8759e-02     -3.7868e+00
      5      3.5190e-02     -2.0771e-02     -3.7868e+00
      6     -5.8686e-03      6.3841e-04     -3.8312e+00
      7     -6.8856e-03      3.4887e-03     -3.8309e+00
      8     -4.5838e-02     -2.1276e-02     -3.7868e+00
      9      1.2602e-03     -4.1971e-03      6.6915e-01
     10     -4.2560e-02     -1.0011e-01      6.1811e-01
     11     -1.0296e-01      3.5069e-03      6.2179e-01
     12     -5.8430e-02      8.0922e-02      6.1996e-01
     13      4.5345e-02     -9.7136e-02      6.2306e-01
     14      1.6762e-03     -3.1659e-03     -1.6735e+00
     15      5.7700e-02      7.9514e-02      6.2480e-01
     16      9.1888e-04     -4.6026e-03      7.5300e-01
     17      1.0744e-01      4.7423e-03      6.1730e-01
     18     -2.9944e-01     -1.7184e-01     -2.7162e-01
     19     -3.2491e-01      2.3199e-02     -1.3823e-01
     20      1.8945e-01      2.9245e-01     -1.2608e-01
     21     -2.0953e-01      2.7406e-01     -1.2376e-01
     22      2.9690e-01     -1.5943e-01     -2.6362e-01
     23     -7.6515e-03      3.6561e-01     -2.5529e-01
     24     -1.7136e-01     -3.2456e-01     -1.2991e-01
     25      6.0717e-03     -1.2987e-02     -2.6876e+00
     26     -3.2243e-01     -3.7483e-02      1.3712e-01
     27     -1.9656e-01      3.0854e-01      1.2362e-01
     28      3.2128e-01      4.0064e-02     -1.3682e-01
     29      1.9573e-01     -3.0513e-01     -1.2456e-01
     30     -1.9390e-01     -2.9343e-01      1.2559e-01
     31     -3.0044e-01      1.6003e-01      2.6166e-01
     32      1.7446e-01      3.2204e-01      1.2993e-01
     33      3.2931e-01     -2.3731e-02      1.3669e-01
     34      2.0731e-01     -2.7507e-01      1.2481e-01
     35      1.0013e-02     -3.6402e-01      2.5469e-01
     36     -5.8651e-03      1.4420e-02      2.7057e+00
     37      3.0291e-01      1.7524e-01      2.6811e-01
     38      2.2003e-01      1.3769e-01      3.0386e-01
     39      1.9398e-01     -2.6045e-02      1.2698e-01
     40     -1.2377e-01     -1.7413e-01      1.1988e-01
     41      1.4366e-01     -1.6121e-01      1.2397e-01
     42     -2.2638e-01      1.3032e-01      2.9710e-01
     43      3.5269e-03     -2.5677e-01      3.1309e-01
     44      7.8273e-02      2.0049e-01      1.3164e-01
     45     -7.6391e-04     -2.9192e-02     -4.1997e-01
     46      1.8718e-01      3.5885e-02     -1.2702e-01
     47      9.4347e-02     -1.8926e-01     -1.2657e-01
     48     -1.8596e-01     -4.0134e-02      1.2822e-01
     49     -9.8326e-02      1.9250e-01      1.2761e-01
     50      1.2234e-01      1.7044e-01     -1.1889e-01
     51      2.2461e-01     -1.3090e-01     -2.9817e-01
     52     -8.3214e-02     -1.9995e-01     -1.3108e-01
     53     -1.8809e-01      2.7710e-02     -1.2542e-01
     54     -1.3995e-01      1.6264e-01     -1.2249e-01
     55     -7.8560e-04      2.5563e-01     -3.1250e-01
     56     -3.0658e-03      1.0705e-02      4.1209e-01
     57     -2.2142e-01     -1.3519e-01     -3.0540e-01
     58     -2.5728e-04      3.8394e-03     -7.0957e-01
     59     -5.9510e-02     -8.1549e-02     -5.7605e-01
     60     -1.0949e-01     -3.7234e-03     -5.6535e-01
     61     -4.4790e-02      9.5389e-02     -5.7416e-01
     62      6.0518e-02     -8.2520e-02     -5.6997e-01
     63      3.5634e-03      2.6817e-02      1.7265e+00
     64      4.0977e-02      9.7188e-02     -5.7284e-01
     65     -2.1668e-03      5.6658e-03     -6.1756e-01
     66      1.0325e-01     -3.4494e-03     -5.7189e-01
     67      3.2440e-02     -2.3809e-02      6.6252e+00
     68      3.2532e-02      1.1304e-02      6.3160e+00
     69      4.9324e-02      5.5669e-02      6.5842e+00
     70     -1.2775e-02     -7.0267e-02      6.6313e+00
     71      2.2433e-02      4.8491e-03      6.6824e+00
     72     -3.1307e-02      2.9499e-02      6.6353e+00
     73      1.9784e-03     -4.0132e-02      6.4165e+00
     74     -3.3542e-02      1.3504e-02      6.4210e+00
     75      3.9680e-03     -1.2196e-02      6.7305e+00
6.52243150747e-09 A
6.52243150747e-09 A
6.52243150747e-09 A
6.52243150747e-09 A
# -----------------------------------------------------------------------------
# Density Of States
# -----------------------------------------------------------------------------
# Energy (eV)   DOS (1/eV)
        -2.00    3737.8673
        -1.99    2940.6670
        -1.98    4028.2137
        -1.97    2033.5156
        -1.96    2195.9660
。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。

[Anders Blom]

I guess you run this script in parallel, on 4 nodes? Perhaps you added the calculation to compute the forces by hand, and forgot to wrap the print statement in "if processIsMaster()"?

[Roc]

Thank you Anders Blom. yes, maybe like you saied, I once tried to run one script in parallel on 4 nodes using hpmpich. it could be this one. thank you very much for the answer. 

[Anders Blom]

Ok, in that case, note that ATK does not function properly in parallel with any other MPI library than MPICH2 1.0.8 (or similar, like 1.0.5). Not only will you get weird output, like you got several times the forces, if you try other MPIs like hpmpich or openmpi, but also the program will not actually run faster compared to in serial.

[Roc]

yes, like you saied, I found that it's more slow to run the job by using the hpmpich. thank you very much for  your remind!