fail to diagonalize matrix

[renren123123]

I faced  a problem such as the following :

 I want to calculation MPSH of my model using ATK 2008.02 trail
, but it displays after running few minitues:

ATKError: solveSymmetricGeneralizedEigenProblem: Failed to

diagonalize matrix! 

 In the model , I used (8,8) as left electrode, and Au111(4*4)

as right electrode!  Can it calculate model of different twoprobe

system? I can use it calcute current and transmission coefficient.

Thank you very much!!!

[Nordland]

Usally this problem happens when two atoms are placed on top of one another. Perhaps if you post the script, I can try to see if I can see the error.

[Nordland]

Alternative you can try inspecting the system in VNL Nanoscope to see if there is anything wrong with the geometry.

[renren123123]

Thank you for your help! however, it remain. so I recently have another problem:

how to deal with the different electrodes?  as we known, we define electrode unit cell

from origin for example :

left_electrode_elements =[Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
            Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
            Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
            Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
            Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
            Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
            Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
            Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon]
           
right_electrode_elements =[Gold,     Gold,     
            Gold,     Gold,     Gold,     Gold,     
            Gold,     Gold,     Gold,     Gold,     
            Gold,     Gold,     Gold,     Gold,     
            Gold,     Gold,     Gold,     Gold,     
            Gold,     Gold,     Gold,     Gold,     
            Gold,     Gold,     Gold,     Gold,     
            Gold,     Gold,     Gold,     Gold,     
            Gold,     Gold,     Gold,     Gold,     
            Gold,     Gold,     Gold,     Gold,     
            Gold,     Gold,     Gold,     Gold,     
            Gold,     Gold,     Gold,     Gold,     
            Gold,     Gold] 
                         
left_electrode_coordinates = [[ 20.59671,  15.00612,   1.93976],
               [ 18.95344,  18.96174,   1.93976],
               [ 14.99389,  20.59671,   1.93976],
               [ 11.03827,  18.95344,   1.93976],
               [  9.40328,  14.99389,   1.93976],
               [ 11.04655,  11.03827,   1.93976],
               [ 15.00612,   9.40328,   1.93976],
               [ 18.96174,  11.04655,   1.93976],
               [ 20.40761,  16.44389,   1.93976],
               [ 17.80258,  19.84399,   1.93976],
               [ 13.55612,  20.40761,   1.93976],
               [ 10.15602,  17.80258,   1.93976],
               [  9.59238,  13.55612,   1.93976],
               [ 12.19743,  10.15602,   1.93976],
               [ 16.44389,   9.59238,   1.93976],
               [ 19.84399,  12.19743,   1.93976],
               [ 20.16871,  17.14749,   3.17   ],
               [ 17.13606,  20.1724 ,   3.17   ],
               [ 12.85252,  20.16871,   3.17   ],
               [  9.82761,  17.13606,   3.17   ],
               [  9.8313 ,  12.85252,   3.17   ],
               [ 12.86393,   9.82761,   3.17   ],
               [ 17.14749,   9.8313 ,   3.17   ],
               [ 20.1724 ,  12.86393,   3.17   ],
               [ 19.44356,  18.40328,   3.17   ],
               [ 15.73536,  20.54793,   3.17   ],
               [ 11.59673,  19.44356,   3.17   ],
               [  9.45206,  15.73536,   3.17   ],
               [ 10.55644,  11.59673,   3.17   ],
               [ 14.26464,   9.45206,   3.17   ],
               [ 18.40328,  10.55644,   3.17   ],
               [ 20.54793,  14.26464,   3.17   ]]*Angstrom
               
left_electrode_cell = [[ 30.0000000,  0.        ,  0.        ],
                       [ 0.        ,  30.0000000,  0.        ],
                       [ 0.        ,  0.        ,  2.46000000]]*Angstrom

                 
right_electrode_cell = [[ 30.0000000,  0.        ,  0.        ],
                       [ 0.        ,  30.0000000,  0.         ],
                       [ 0.        ,  0.        ,  7.06373621 ]]*Angstrom

right_electrode_coordinates =  [ [ 10.66613,  15.66886,  41.29911],
               [ 12.10911,  13.16954,  41.29911],
               [ 13.5521 ,  10.67021,  41.29911],
               [ 14.99509,   8.17089,  41.29911],
               [ 12.10911,  18.16819,  41.29911],
               [ 13.5521 ,  15.66886,  41.29911],
               [ 14.99509,  13.16954,  41.29911],
               [ 16.43807,  10.67021,  41.29911],
               [ 13.5521 ,  20.66751,  41.29911],
               [ 14.99509,  18.16819,  41.29911],
               [ 16.43807,  15.66886,  41.29911],
               [ 17.88106,  13.16954,  41.29911],
               [ 14.99509,  23.16684,  41.29911],
               [ 16.43807,  20.66751,  41.29911],
               [ 17.88106,  18.16819,  41.29911],
               [ 19.32404,  15.66886,  41.29911],
               [ 10.66613,  17.33508,  43.6555 ],
               [ 12.10911,  14.83575,  43.6555 ],
               [ 13.5521 ,  12.33643,  43.6555 ],
               [ 14.99509,   9.8371 ,  43.6555 ],
               [ 12.10911,  19.8344 ,  43.6555 ],
               [ 13.5521 ,  17.33508,  43.6555 ],
               [ 14.99509,  14.83575,  43.6555 ],
               [ 16.43807,  12.33643,  43.6555 ],
               [ 13.5521 ,  22.33373,  43.6555 ],
               [ 14.99509,  19.8344 ,  43.6555 ],
               [ 16.43807,  17.33508,  43.6555 ],
               [ 17.88106,  14.83575,  43.6555 ],
               [ 14.99509,  24.83305,  43.6555 ],
               [ 16.43807,  22.33373,  43.6555 ],
               [ 17.88106,  19.8344 ,  43.6555 ],
               [ 19.32404,  17.33508,  43.6555 ],
               [  9.22314,  16.50197,  46.01188],
               [ 10.66613,  14.00265,  46.01188],
               [ 12.10911,  11.50332,  46.01188],
               [ 13.5521 ,   9.004  ,  46.01188],
               [ 10.66613,  19.00129,  46.01188],
               [ 12.10911,  16.50197,  46.01188],
               [ 13.5521 ,  14.00265,  46.01188],
               [ 14.99509,  11.50332,  46.01188],
               [ 12.10911,  21.50062,  46.01188],
               [ 13.5521 ,  19.00129,  46.01188],
               [ 14.99509,  16.50197,  46.01188],
               [ 16.43807,  14.00265,  46.01188],
               [ 13.5521 ,  23.99994,  46.01188],
               [ 14.99509,  21.50062,  46.01188],
               [ 16.43807,  19.00129,  46.01188],
               [ 17.88106,  16.50197,  46.01188]]*Angstrom

# Set up electrodes           
left_electrode_configuration = PeriodicAtomConfiguration(
    left_electrode_cell,           
    left_electrode_elements,       
    left_electrode_coordinates     
    )                         

# Set up electrodes           
right_electrode_configuration = PeriodicAtomConfiguration(
    right_electrode_cell,           
    right_electrode_elements,       
    right_electrode_coordinates     
    )       
   
# Set up two-probe configuration
twoprobe_configuration = TwoProbeConfiguration(
    (left_electrode_configuration,right_electrode_configuration),
    scattering_elements,
    scattering_coordinates,
    electrode_repetitions=[[1,1],[1,1]],
    equivalent_atoms=([-1,31],[-1,-1])
    )

so a problem occurs i.e. left electrode unitcell and right one will superpose

[Nordland]

Looking at the electrode by themself, they look correct.

1) When does the error happen exactly ? In the electrode calculation, in the equvialent bulk calculation or twoprobe calculation?
    Or is it first when you are trying to do the MPSH calculation the error happens?

2) If there is anything that could be wrong judging from the file, since I don't have the scattering region, it could be the equvialent atoms that are incorrect.
    However if the systems looks correct in VNL, it is properly not the case, and must be something different.

[renren123123]

The error occurs in the MPSH calculation! Before this , I have calculated its current and transmission and DOS, it is not problem, however, for MPSH  I can not calculate which displays fail to diagonalize matrix!

[renren123123]

my scattering region sets such as:
# Scattering elements and coordinates
scattering_elements = [Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Hydrogen, Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Hydrogen, Hydrogen,
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Hydrogen, Hydrogen, Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon,   Carbon,   
                       Carbon,   Carbon,   Carbon, ......
                       Carbon,   Sulfur,   Gold,     Gold,     
                       Gold,     Gold,     Gold,     Gold,     
                       Gold,     Gold,     Gold,     Gold,     
                       Gold,     Gold,     Gold,     Gold,     
                       Gold,     Gold,     Gold,     Gold,     
                       Gold,     Gold,     Gold,     Gold,     
                       Gold,     Gold,     Gold,     Gold,     
                       Gold,     Gold,     Gold,     Gold,     
                       Gold,     Gold,     Gold,     Gold,     
                       Gold,     Gold,     Gold,     Gold,     
                       Gold,     Gold,     Gold,     Gold,     
                       Gold,     Gold,     Gold,     Gold,     
                       Gold,     Gold]
scattering_coordinates = [[ 10.1542 ,  17.79887,   4.3963 ],
                          [  9.40356,  14.99802,   4.39632],
                          [ 14.99799,  20.59658,   4.39635],
                          [ 11.04127,  18.95645,   4.39636],
                          [  9.59362,  13.55203,   4.39637],
                          [ 17.79879,  19.84584,   4.39638],
                          [ 11.04375,  11.04132,   4.39639],
                          [ 13.55195,  20.40656,   4.3964 ],
                          [ 18.95638,  18.9587 ,   4.39641],
                          [ 15.00208,   9.40356,   4.39646],
                          [ 12.20131,  10.1542 ,   4.39647],
                          [ 20.59647,  15.00199,   4.39652],
                          [ 18.9587 ,  11.04374,   4.39653],
                          [ 20.40644,  16.44807,   4.39654],
                          [ 19.84583,  12.20137,   4.39659],
                          [ 16.44814,   9.59365,   4.3966 ],
                          [  9.46795,  15.73236,   5.62482],
                          [  9.84276,  17.13084,   5.62484],
                          [  9.84529,  12.85918,   5.62486],
                          [ 11.6053 ,  19.43097,   5.62488],
                          [ 12.85902,  20.15504,   5.6249 ],
                          [ 17.13071,  20.15741,   5.62492],
                          [ 10.56937,  11.60544,   5.62492],
                          [ 15.73221,  20.53224,   5.62494],
                          [ 19.43072,  18.39465,   5.62499],
                          [ 12.86939,   9.84269,   5.62509],
                          [ 20.15489,  17.14095,   5.62514],
                          [ 14.26797,   9.46789,   5.62521],
                          [ 17.14106,   9.84531,   5.62523],
                          [ 20.15735,  12.86945,   5.62529],
                          [ 18.3948 ,  10.56953,   5.6253 ],
                          [ 20.53209,  14.26799,   5.62533],
                          [  9.40915,  14.99163,   6.86067],
                          [  9.59719,  13.55967,   6.86068],
                          [ 11.04045,  18.94825,   6.86075],
                          [ 10.16229,  17.80168,   6.86075],
                          [ 14.99133,  20.59109,   6.86085],
                          [ 11.05213,  11.04068,   6.86085],
                          [ 17.8014 ,  19.83787,   6.86087],
                          [ 13.55931,  20.40312,   6.8609 ],
                          [ 18.94782,  18.95947,   6.86091],
                          [ 12.19861,  10.16228,   6.86105],
                          [ 15.00883,   9.40919,   6.86125],
                          [ 20.40293,  16.44084,   6.86127],
                          [ 18.95972,  11.05248,   6.86131],
                          [ 16.44093,   9.59733,   6.86138],
                          [ 20.59091,  15.00885,   6.86142],
                          [ 19.83805,  12.199  ,   6.86153],
                          [  9.44415,  15.73562,   8.09055],
                          [  9.82297,  12.85002,   8.09058],
                          [  9.8206 ,  17.13986,   8.09059],
                          [ 10.55004,  11.5911 ,   8.09059],
                          [ 17.13951,  20.17951,   8.09077],
                          [ 11.59054,  19.45001,   8.09078],
                          [ 12.8495 ,  20.17719,   8.09079],
                          [ 15.73513,  20.55607,   8.09089],
                          [ 19.44962,  18.40941,   8.09091],
                          [ 12.86047,   9.82088,   8.09112],
                          [ 20.17692,  17.15055,   8.09126],
                          [ 17.1509 ,   9.82364,   8.09133],
                          [ 14.26493,   9.44441,   8.09133],
                          [ 20.17991,  12.86103,   8.09153],
                          [ 18.40987,  10.55094,   8.09157],
                          [ 20.55623,  14.26541,   8.09177],
                          [  9.5806 ,  13.55325,   9.31832],
                          [  9.39175,  14.99388,   9.31837],
                          [ 11.02953,  18.96159,   9.31852],
                          [ 10.14594,  17.80824,   9.31856],
                          [ 17.80792,  19.85386,   9.31857],
                          [ 11.038  ,  11.03045,   9.31862],
                          [ 18.96138,  18.97041,   9.31865],
                          [ 14.99313,  20.60796,   9.31871],
                          [ 12.19168,  10.14702,   9.31878],
                          [ 13.55245,  20.41888,   9.31885],
                          [ 15.00707,   9.39315,   9.31927],
                          [ 18.97134,  11.03966,   9.31934],
                          [ 20.41896,  16.44803,   9.31948],
                          [ 16.448  ,   9.58234,   9.31953],
                          [ 20.60863,  15.00748,   9.31978],
                          [ 19.85486,  12.19323,   9.31989],
                          [ 10.54584,  11.59281,  10.5495 ],
                          [  9.82143,  12.84706,  10.54967],
                          [  9.8174 ,  17.13776,  10.54973],
                          [  9.44249,  15.73866,  10.54973],
                          [ 17.13719,  20.18168,  10.5499 ],
                          [ 12.846  ,  20.17644,  10.54999],
                          [ 15.73794,  20.55607,  10.55   ],
                          [ 19.45282,  18.4089 ,  10.55004],
                          [ 11.59156,  19.4523 ,  10.55009],
                          [ 12.86256,   9.82064,  10.55037],
                          [ 14.26213,   9.44648,  10.55044],
                          [ 17.15499,   9.82535,  10.55046],
                          [ 20.1773 ,  17.15477,  10.55081],
                          [ 18.40976,  10.54924,  10.5511 ],
                          [ 20.18344,  12.86445,  10.55131],
                          [ 20.55812,  14.26376,  10.55187],
                          [  9.57939,  13.55349,  11.78089],
                          [ 12.1916 ,  10.15055,  11.78093],
                          [ 17.808  ,  19.85401,  11.78101],
                          [ 11.0367 ,  11.03157,  11.78104],
                          [  9.3909 ,  14.99401,  11.78105],
                          [ 18.96238,  18.97185,  11.78115],
                          [ 11.02907,  18.9609 ,  11.78118],
                          [ 10.14515,  17.80798,  11.78123],
                          [ 14.99309,  20.60481,  11.78131],
                          [ 13.5526 ,  20.41597,  11.7815 ],
                          [ 15.00748,   9.40029,  11.78154],
                          [ 16.44812,   9.58745,  11.78196],
                          [ 18.97235,  11.04167,  11.78211],
                          [ 20.41927,  16.44991,  11.78293],
                          [ 19.85552,  12.19522,  11.78313],
                          [ 20.60875,  15.00928,  11.78335],
                          [ 14.84204,  14.79224,  12.33445],
                          [ 10.54797,  11.59227,  13.00886],
                          [ 17.13917,  20.17754,  13.00894],
                          [  9.82062,  12.85087,  13.00905],
                          [ 14.26605,   9.45897,  13.00906],
                          [ 15.73463,  20.55051,  13.00918],
                          [  9.81962,  17.13957,  13.00919],
                          [  9.44294,  15.73542,  13.00922],
                          [ 12.86145,   9.83091,  13.00924],
                          [ 19.45187,  18.41337,  13.00925],
                          [ 12.85002,  20.17231,  13.0093 ],
                          [ 11.59009,  19.44772,  13.00945],
                          [ 17.15103,   9.83171,  13.00953],
                          [ 20.17853,  17.15436,  13.01054],
                          [ 18.41132,  10.55596,  13.01054],
                          [ 20.17859,  12.8657 ,  13.01131],
                          [ 20.55454,  14.26986,  13.0125 ],
                          [ 14.84255,  14.8158 ,  13.52167],
                          [ 14.84264,  17.10607,  13.59541],
                          [ 14.83714,  12.5247 ,  13.70109],
                          [ 14.84385,  16.08874,  14.20981],
                          [ 15.00897,   9.4274 ,  14.23899],
                          [ 11.05001,  11.04391,  14.23914],
                          [ 18.95111,  18.9649 ,  14.23921],
                          [ 16.44042,   9.61055,  14.23921],
                          [ 17.80174,  19.83863,  14.23923],
                          [ 12.1996 ,  10.1708 ,  14.23925],
                          [ 14.99125,  20.58357,  14.23938],
                          [  9.40756,  14.99199,  14.23942],
                          [  9.59512,  13.56   ,  14.23945],
                          [ 13.55984,  20.39591,  14.23951],
                          [ 11.03965,  18.9468 ,  14.23953],
                          [ 10.16078,  17.80104,  14.23956],
                          [ 18.96011,  11.05883,  14.24096],
                          [ 20.40429,  16.44749,  14.24221],
                          [ 19.83622,  12.2072 ,  14.24239],
                          [ 20.58773,  15.01527,  14.24291],
                          [ 14.84089,  13.57302,  14.26428],
                          [ 14.26887,   9.48407,  15.47451],
                          [ 12.87064,   9.85339,  15.47472],
                          [ 17.13071,  20.15646,  15.47486],
                          [ 15.73173,  20.52716,  15.47534],
                          [  9.4663 ,  15.73246,  15.47542],
                          [ 17.1404 ,   9.85396,  15.47543],
                          [  9.84285,  12.85974,  15.47547],
                          [ 11.60465,  19.42899,  15.47553],
                          [  9.84119,  17.13071,  15.47557],
                          [ 10.56728,  11.60674,  15.47561],
                          [ 18.39486,  10.57458,  15.47563],
                          [ 12.85954,  20.15014,  15.47565],
                          [ 19.43724,  18.40547,  15.47579],
                          [ 20.16323,  17.15107,  15.47822],
                          [ 20.152  ,  12.88055,  15.47864],
                          [ 20.52434,  14.28081,  15.48181],
                          [ 14.84524,  16.13159,  15.64779],
                          [ 14.84288,  13.60106,  15.70215],
                          [ 14.8449 ,  17.16764,  16.23126],
                          [ 14.84105,  12.60331,  16.35326],
                          [ 14.84598,  14.88353,  16.39165],
                          [ 18.9579 ,  18.96505,  16.70272],
                          [ 15.00183,   9.4128 ,  16.70302],
                          [ 16.44722,   9.60029,  16.70312],
                          [ 11.04273,  11.04232,  16.7036 ],
                          [ 17.79889,  19.84571,  16.70388],
                          [ 13.55249,  20.4034 ,  16.70388],
                          [ 14.99765,  20.59302,  16.70393],
                          [ 19.84331,  12.20508,  16.70397],
                          [  9.4024 ,  14.99806,  16.70398],
                          [ 10.15267,  17.79908,  16.70407],
                          [  9.59198,  13.55221,  16.70425],
                          [ 11.04016,  18.95584,  16.70427],
                          [ 12.20198,  10.15786,  16.70468],
                          [ 18.9587 ,  11.04627,  16.70472],
                          [ 20.59119,  15.01863,  16.71216],
                          [ 20.41447,  16.4694 ,  16.71259],
                          [ 14.84818,  14.87363,  17.8476 ],
                          [ 17.13606,  20.1724 ,  17.93   ],
                          [ 12.85252,  20.16871,  17.93   ],
                          [  9.82761,  17.13606,  17.93   ],
                          [  9.8313 ,  12.85252,  17.93   ],
                          [ 12.86393,   9.82761,  17.93   ],
                          [ 17.14749,   9.8313 ,  17.93   ],
                          [ 20.1724 ,  12.86393,  17.93   ],
                          [ 19.44356,  18.40328,  17.93   ],
                          [ 15.73536,  20.54793,  17.93   ],
                          [ 11.59673,  19.44356,  17.93   ],
                          [  9.45206,  15.73536,  17.93   ],
                          [ 10.55644,  11.59673,  17.93   ],
                          [ 14.26464,   9.45206,  17.93   ],
                          [ 18.40328,  10.55644,  17.93   ],
                          [ 20.54793,  14.26464,  17.93   ],
                          [ 20.18255,  17.2021 ,  17.93163],
                          ...................
                          [ 14.99509,  14.83575,  32.42955],
                          [ 10.66614,  15.66886,  34.22995],
                          [ 12.10912,  18.16818,  34.22995],
                          [ 12.10912,  13.16954,  34.22995],
                          [ 13.55211,  15.66886,  34.22995],
                          [ 13.55211,  20.66751,  34.22995],
                          [ 13.55211,  10.67021,  34.22995],
                          [ 14.99509,  18.16818,  34.22995],
                          [ 14.99509,  13.16954,  34.22995],
                          [ 16.43808,  15.66886,  34.22995],
                          [ 14.99509,  23.16683,  34.22995],
                          [ 14.99509,   8.17089,  34.22995],
                          [ 16.43808,  20.66751,  34.22995],
                          [ 16.43808,  10.67021,  34.22995],
                          [ 17.88106,  18.16818,  34.22995],
                          [ 17.88106,  13.16954,  34.22995],
                          [ 19.32405,  15.66886,  34.22995],
                          [ 10.66614,  17.33507,  36.58634],
                          [ 12.10912,  19.8344 ,  36.58634],
                          [ 12.10912,  14.83575,  36.58634],
                          [ 13.55211,  17.33507,  36.58634],
                          [ 13.55211,  22.33372,  36.58634],
                          [ 13.55211,  12.33643,  36.58634],
                          [ 14.99509,  19.8344 ,  36.58634],
                          [ 14.99509,  14.83575,  36.58634],
                          [ 16.43808,  17.33507,  36.58634],
                          [ 14.99509,  24.83304,  36.58634],
                          [ 14.99509,   9.8371 ,  36.58634],
                          [ 16.43808,  22.33372,  36.58634],
                          [ 16.43808,  12.33643,  36.58634],
                          [ 17.88106,  19.8344 ,  36.58634],
                          [ 17.88106,  14.83575,  36.58634],
                          [ 19.32405,  17.33507,  36.58634],
                          [  9.22315,  16.50197,  38.94272],
                          [ 10.66614,  19.00129,  38.94272],
                          [ 10.66614,  14.00264,  38.94272],
                          [ 12.10912,  16.50197,  38.94272],
                          [ 12.10912,  21.50061,  38.94272],
                          [ 12.10912,  11.50332,  38.94272],
                          [ 13.55211,  19.00129,  38.94272],
                          [ 13.55211,  14.00264,  38.94272],
                          [ 14.99509,  16.50197,  38.94272],
                          [ 13.55211,  23.99994,  38.94272],
                          [ 13.55211,   9.004  ,  38.94272],
                          [ 14.99509,  21.50061,  38.94272],
                          [ 14.99509,  11.50332,  38.94272],
                          [ 16.43808,  19.00129,  38.94272],
                          [ 16.43808,  14.00264,  38.94272],
                          [ 17.88106,  16.50197,  38.94272]]*Angstrom

[Nordland]

Hey!

I have looked a little into your system, but I haven't figured out the troubles yet. However I spotted a fatal error in your script.
The electrode cell of the nanotube must be repeated at least 3-4 times more or else you will get incorret transport results!
I have written in another post the reason and the way it is seen (Incorrect transport for short electrodes)