How to establish an electrode with two lattic constants in atk 2.0

[gny1988]

I have established an electrode of graphene in vnl-2008. For some reasons, I want to calculate the current in atk 2.0. So I need to change the electrode to atk 2.0. But there are two lattice constants of graphene, I don't know how to input. And also when I run it, it says that the unit is wrong. Below is my electrode input. Please help me to correct it.

Code

System::Type Electrode
Method::Type NumOrb
NumOrb::MeshCutoff 100 Ry
NumOrb::BasisSet::Size DZ
Electrode::NumKPoints::C 200
UnitCell::LatticeConstant a=2.4612 Angstrom c=7 Angstrom
%block Electrode::UnitCell
41.75099478      0            0
 0              41.75099478   0
 0               0            8.52516
%endblock Electrode::UnitCell

AtomList::Format Angstrom
%block Electrode::AtomList
 C           15.95349407  15.          1.42086005
 C           15.95349407  15.          2.8417201 
 C           17.18399429  15.          3.55215001
 C           17.18399429  15.          0.71043003
 C           18.41449547  15.          1.42086005
 C           18.41449547  15.          2.8417201 
 C           19.64499664  15.          3.55215001
 C           19.64499664  15.          0.71043003
 C           20.87549782  15.          1.42086005
 C           20.87549782  15.          2.8417201 
 C           22.10599899  15.          3.55215001
 C           22.10599899  15.          0.71043003
 C           23.33649826  15.          1.42086005
 C           23.33649826  15.          2.8417201 
 C           24.56699944  15.          3.55215001
 C           24.56699944  15.          0.71043003
 C           25.79750061  15.          1.42086005
 C           25.79750061  15.          2.8417201 
 C           15.          15.          0.87036002
 C           15.          15.          3.39222002
 C           26.75099564  15.          0.87036002
 C           26.75099564  15.          3.39222002
 C           15.95349407  15.          5.68344021
 C           15.95349407  15.          7.10430002
 C           17.18399429  15.          7.81473017
 C           17.18399429  15.          4.97301006
 C           18.41449547  15.          5.68344021
 C           18.41449547  15.          7.10430002
 C           19.64499664  15.          7.81473017
 C           19.64499664  15.          4.97301006
 C           20.87549782  15.          5.68344021
 C           20.87549782  15.          7.10430002
 C           22.10599899  15.          7.81473017
 C           22.10599899  15.          4.97301006
 C           23.33649826  15.          5.68344021
 C           23.33649826  15.          7.10430002
 C           24.56699944  15.          7.81473017
 C           24.56699944  15.          4.97301006
 C           25.79750061  15.          5.68344021
 C           25.79750061  15.          7.10430002
 C           15.          15.          5.13293982
 C           15.          15.          7.65479994
 C           26.75099564  15.          5.13293982
 C           26.75099564  15.          7.65479994
%endblock Electrode::AtomList

[Anders Blom]

Just remove the line with the lattice constants, it is not needed.

[gny1988]

Thank you, dear Anders. But when I used it to optimize a system. It said the error was AnException. Here I give the electrode file and my input file. Please help me. The first is the left electrode file. I run it and get the .nc file. And my right electrode .nc file is a copy of it. I don't know is that the error came from? But we did the same thing in some electrode file. It's right.

Code

System::Type Electrode
Method::Type NumOrb
NumOrb::MeshCutoff 100 Ry
NumOrb::BasisSet::Size DZ
Electrode::NumKPoints::C 200
%block Electrode::UnitCell
41.75099478      0            0
 0              41.75099478   0
 0               0            8.52516
%endblock Electrode::UnitCell

AtomList::Format Angstrom
%block Electrode::AtomList
 C      15.95349407       15      5.68344005 
 C      15.95349407       15      7.1043001  
 C      17.18399429       15      7.81473001 
 C      17.18399429       15      4.97301003 
 C      18.41449547       15      5.68344005 
 C      18.41449547       15      7.1043001  
 C      19.64499664       15	  7.81473001
 C	19.64499664	  15	  4.97301003
 C	20.87549782	  15	  5.68344005
 C	20.87549782	  15	  7.1043001 
 C	22.10599899	  15	  7.81473001
 C	22.10599899	  15	  4.97301003
 C	23.33649826	  15	  5.68344005
 C	23.33649826	  15	  7.1043001 
 C	24.56699944	  15	  7.81473001
 C	24.56699944	  15	  4.97301003
 C	25.79750061	  15	  5.68344005
 C	25.79750061	  15	  7.1043001 
 H      15.               15      5.13294002
 H      15.               15      7.65480002
 H      26.75099564       15      5.13294002
 H      26.75099564       15      7.65480002
 C      15.95349407       15      1.42086005 
 C      15.95349407       15      2.8417201  
 C      17.18399429       15      3.55215001 
 C      17.18399429       15      0.71043003 
 C      18.41449547       15      1.42086005 
 C      18.41449547       15      2.8417201  
 C      19.64499664       15	  3.55215001
 C	19.64499664	  15	  0.71043003
 C	20.87549782	  15	  1.42086005
 C	20.87549782	  15	  2.8417201 
 C	22.10599899	  15	  3.55215001
 C	22.10599899	  15	  0.71043003
 C	23.33649826	  15	  1.42086005
 C	23.33649826	  15	  2.8417201 
 C	24.56699944	  15	  3.55215001
 C	24.56699944	  15	  0.71043003
 C	25.79750061	  15	  1.42086005
 C	25.79750061	  15	  2.8417201 
 H      15.               15      0.87036002
 H      15.               15      3.39222002
 H      26.75099564       15      0.87036002
 H      26.75099564       15      3.39222002
%endblock Electrode::AtomList

The second is my input file

Code

Simulation::Type Relaxation

System::Type TwoProbe
Method::Type NumOrb

NumOrb::BasisSet::Size  DZP

TwoProbe::LeftElectrode::NetCDFfile ./left-armchair.nc
TwoProbe::RightElectrode::NetCDFfile ./right-armchair.nc

#  graphene

AtomList::Format         Angstrom
%block TwoProbe::CentralAtomList 
C      15.95349407     15        9.9460201 
C      18.41449547     15        9.9460201 
C      20.87549782     15        9.9460201 
C      23.33649826     15        9.9460201 
C      25.79750061     15        9.9460201 
C      17.18399429     15        9.23558995
C      19.64499664     15        9.23558995
C      22.10599899     15        9.23558995
C      24.56699944     15        9.23558995
H      15.             15        9.39552018
H      26.75099564     15        9.39552018
C      13.51691914     15       19.86283299
C      12.30491257     15       21.95781514
C      12.28904343     15       20.5796642 
C      12.28904343     15       17.71719739
C      12.30491257     15       16.33904645
C      14.73012066     15       21.97803685
C      13.50814819     15       22.68261334
C      14.72875595     15       20.5648956 
C      14.72875595     15       17.73196599
C      13.51691914     15       18.4340286 
C      14.73012066     15       16.31882665
C      13.50814819     15       15.61424825
C      17.18953896     15       21.98550603
C      15.96259117     15       22.69304273
C      17.18757439     15       20.5561237 
C      15.96767807     15       19.84974477
C      17.18757439     15       17.74073979
C      15.96767807     15       18.44711873
C      17.18953896     15       16.31135556
C      15.96259117     15       15.60381886
C      19.63661385     15       21.97539136
C      18.39898872     15       22.68547055
C      19.63623047     15       20.56625172
C      18.40189362     15       19.85455319
C      19.63623047     15       17.73061177
C      18.40189362     15       18.4423084 
C      19.63661385     15       16.32147023
C      18.39898872     15       15.61139104
C      22.06922913     15       21.97539136
C      20.85292244     15       22.67794606
C      22.0696125      15       20.56625172
C      20.85292244     15       19.86286542
C      22.0696125      15       17.73061177
C      20.85292244     15       18.43399617
C      22.06922913     15       16.32147023
C      20.85292244     15       15.61891457
C      24.51630402     15       21.98550603
C      23.30685616     15       22.68547055
C      24.51827049     15       20.5561237 
C      23.30395126     15       19.85455319
C      24.51827049     15       17.74073979
C      23.30395126     15       18.4423084 
C      24.51630402     15       16.31135556
C      23.30685616     15       15.61139104
C      26.97572327     15       21.97803685
C      25.7432518      15       22.69304273
C      26.97708702     15       20.5648956 
C      25.7381649      15       19.84974477
C      26.97708702     15       17.73196599
C      25.7381649      15       18.44711873
C      26.97572327     15       16.31882665
C      25.7432518      15       15.60381886
C      29.4009304      15       21.95781514
C      28.19769478     15       22.68261334
C      29.41679955     15       20.5796642 
C      28.18892479     15       19.86283299
C      29.41679955     15       17.71719739
C      28.18892479     15       18.4340286 
C      29.4009304      15       16.33904645
C      28.19769478     15       15.61424825
C      30.65146255     15       19.81716344
C      30.65146255     15       18.47969815
C      13.54020691     15       24.11026952
C      15.96401405     15       24.09584042
C      25.74182892     15       24.09584042
C      28.16563606     15       24.11026952
C      23.30672836     15       24.10384366
C      20.85292244     15       24.11228368
C      18.39911461     15       24.10384366
C      13.54020691     15       14.18659303
C      15.96401405     15       14.20102212
C      18.39911461     15       14.19301888
C      20.85292244     15       14.18457791
C      23.30672836     15       14.19301888
C      25.74182892     15       14.20102212
C      28.16563606     15       14.18659303
C      11.05438042     15       19.81716344
C      11.05438042     15       18.47969815
C      14.70968914     15       13.49323079
C      17.18468475     15       13.49506661
C      14.70968914     15       24.8036308 
C      17.18468475     15       24.80179593
C      19.6351738      15       24.8135967 
C      22.07066917     15       24.8135967 
C      24.52116013     15       24.80179593
C      26.99615479     15       24.8036308 
C      26.99615479     15       13.49323079
C      24.52116013     15       13.49506661
C      22.07066917     15       13.48326585
C      19.6351738      15       13.48326585
C      19.63651657     15       26.2329292 
C      22.06932831     15       26.2329292 
C      24.50955582     15       26.24551198
C      26.95046043     15       26.26125905
C      17.19628716     15       26.24551198
C      14.75538254     15       26.26125905
C      15.90834332     15       26.9299812 
C      20.85292244     15       26.91103932
C      23.32914734     15       26.91504666
C      25.79750061     15       26.9299812 
C      18.37669563     15       26.91504666
C      17.19628716     15       12.05135056
C      19.63651657     15       12.06393334
C      22.06932831     15       12.06393334
C      24.50955582     15       12.05135056
C      15.90834332     15       11.36688039
C      18.37669563     15       11.38181588
C      20.85292244     15       11.38582322
C      23.32914734     15       11.38181588
C      25.79750061     15       11.36688039
C      14.75538254     15       12.03560349
C      26.95046043     15       12.03560349
H      10.12554836     15       20.35976407
H      10.12554836     15       17.93709752
H      13.81958294     15       26.7917442 
H      27.88626099     15       26.7917442 
H      12.60504436     15       24.64308164
H      29.10079956     15       24.64308164
H      11.37307644     15       22.49646756
H      30.33276749     15       22.49646756
H      31.58029556     15       20.35976407
H      31.58029556     15       17.93709752
H      11.37307644     15       15.80039498
H      12.60504436     15       13.65378091
H      29.10079956     15       13.65378091
H      30.33276749     15       15.80039498
H      13.81958294     15       11.50511834
H      27.88626099     15       11.50511834
C      15.95349407     15       28.35083958
C      18.41449547     15       28.35083958
C      20.87549782     15       28.35083958
C      23.33649826     15       28.35083958
C      25.79750061     15       28.35083958
C      17.18399429     15       29.06126973
C      19.64499664     15       29.06126973
C      22.10599899     15       29.06126973
C      24.56699944     15       29.06126973
H      15.             15       28.90134045
H      26.75099564     15       28.90134045
 %endblock TwoProbe::CentralAtomList
 
 Analysis::TransmissionSpectrum::Calculate T
 Analysis::TransmissionSpectrum::NumPoints 500
 Analysis::TransmissionSpectrum::E0 -5. eV
 Analysis::TransmissionSpectrum::E1 5. eV
 Analysis::PrintMullikenPopulation T
 
 TwoProbe::LeftSurface::NumberOfAtoms 11
 TwoProbe::RightSurface::NumberOfAtoms 11

[Anders Blom]

The amount of support we can offer for the legacy version is unfortunately very limited. I don't remember why this error occurs (when do you see it, after a while or immediately?), but probably there's a bit more to it, some further lines of error messages? Maybe they can help a bit, but as I said, in general we probably cannot offer too much assistance on this...