How to transfer the structure form

[lihong]

Dear Sir:
    I am new to use this powerful software ATK. I have some question which I could not solve by myself.
  (1)The structure is displayed by “Ball” form. And I tried to change its form to “ball-stick” form but unfortunately it failed.
   (2)Could I load the structure from the DMol3 directly to the ATK? If yes, how it can be transferred?
  (3)When I construct the nanowires in ATK, I want to edit the structure and in your tutorials , it is mentioned an example that :
 ribbon = NanoRibbon(3,0,dangling_atom=Boron,dangling_bond_length=1.5*Angstrom)
ribbon = ribbon.repeat(1,1,10)

Should this statement be saved by a vnl. fie and load it to where and then construct these nanostructures?

        Lihong

[Anders Blom]

Dear Sir:
    I am new to use this powerful software ATK. I have some question which I could not solve by myself.
  (1)The structure is displayed by “Ball” form. And I tried to change its form to “ball-stick” form but unfortunately it failed.

Ball-and-stick visualization is not implemented yet in ATK 10.8. But it has no influence on the calculations, and the bonding information is not used for the DFT or Huckel models.

   (2)Could I load the structure from the DMol3 directly to the ATK? If yes, how it can be transferred?

If it's a molecule, then use XYZ format, which can be directly imported in ATK and VNL. For periodic structures, try the CAR file format which can also be read by VNL.

  (3)When I construct the nanowires in ATK, I want to edit the structure and in your tutorials , it is mentioned an example that :
 ribbon = NanoRibbon(3,0,dangling_atom=Boron,dangling_bond_length=1.5*Angstrom)
ribbon = ribbon.repeat(1,1,10)

Should this statement be saved by a vnl. fie and load it to where and then construct these nanostructures?

Maybe you meant .py file, but vnl files are not used anymore in ATK 10.8, and would anyway not be relevant. To use scripting commands, you can make a Python script and drop it on the relevant instrument, or just type the code above into the Editor and use the "Send to" button to transfer the structure to the Viewer or Builder.

[lihong]

Thanks for your expert answers. But I have another question.
In your reply, you mentioned that we can try car.file to tranfer to the VNL.
I use the "Script Generator" to open this car.file. But I find that there is an error. The error details is as follows:
traceback (most recent call last):
An error occurred
The following error message was generated when running the script:
invalid syntax (, line 1)
Typically this is caused by a syntax error or a spelling mistake; the message above should be helpful in correcting the issue in such cases.
I am not sure about this. Is the way to transfer this car.file to ATK wrong?
                  Lihong

[Anders Blom]

Can you post the CAR file, could be something unsupported in it.
Also check the error message (click Details) and let us know what it says.

[Anders Blom]

Oh, wait. How do you "open" it? You need to drop the file it on the Scripter icon, you cannot use "Send to" or any other method.

[lihong]

Ok, I will post this car file. If I drop it in the script generator. It will show the error. 
!BIOSYM archive 3
PBC=ON

!DATE     Aug 05 04:51:54 2010
PBC   21.7228   21.7228   21.7228   90.0000   90.0000   90.0000
Si1      6.951233118    8.179567417   -0.001159301 XXXX 1      xx      Si  0.000
Ge1      8.454999167    6.533623326    3.491935756 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge2      8.403318787    9.619740340    1.183166948 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge3      9.870494273    8.132030697    2.391447693 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Si2     12.657601703    8.348256068   -0.306446793 XXXX 1      xx      Si  0.000
Ge4     14.471521928    7.075743211    4.103237624 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge5     11.552724034    6.904457817    1.176992487 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge6     11.212260503    9.470686160    3.882962564 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge7     14.030866609    9.732042993    1.005461461 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge8     15.489440119    8.305017757    2.275940415 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge9      7.106976200   10.797366032    2.836002475 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Si3      7.302164570   13.851080918    0.074023049 XXXX 1      xx      Si  0.000
Ge10     8.484516755   12.351124040    4.039462675 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge11     8.509246412   15.247027186    1.560299002 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Si4      9.832124411   11.058533013   -0.020219741 XXXX 1      xx      Si  0.000
Ge12     9.966038351   13.806076509    2.822211318 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge13    12.646782732   10.915321271    2.590651424 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Si5     12.522276997   13.688256983   -0.157454179 XXXX 1      xx      Si  0.000
Ge14    14.051549721   12.119480958    4.137728350 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge15    11.223639010   12.401016347    1.331521235 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge16    11.352377734   14.991984125    4.418834889 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge17    13.975875950   14.977201218    1.185525576 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Si6     15.273353817   11.294188033   -0.277924714 XXXX 1      xx      Si  0.000
Ge18    15.256512475   13.831554104    2.906706520 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge19     7.254054371    7.507053662    5.338921194 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge20     8.103121938    6.678163567    9.312368480 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge21     8.482826869    9.209597557    6.564460341 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge22     9.815195084    7.883126321    8.081346650 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge23    12.595988211    8.088020917    5.287945596 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge24    13.629658285    6.445235923    9.943134585 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge25    11.238312015    6.566642238    6.603847240 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge26    11.019354771    9.287893310    9.628423576 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge27    13.846655125    9.338687831    6.931129404 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge28    14.858932831    7.463154114    8.115837376 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge29     6.942691917   10.582298308    7.800240111 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge30     6.989821701   13.862545195    5.185066161 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge31     8.128599533   11.968637691    9.396863682 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge32     8.072130847   14.944854341    7.034008839 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge33     9.825592456   10.804515410    5.332914703 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge34     9.583552002   13.450159287    8.179612325 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge35    12.463989882   10.722415539    8.336112436 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge36    12.725078485   13.451849173    5.654614659 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge37    13.802645345   12.064181769    9.827627307 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge38    11.130160632   12.109083586    6.886160297 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge39    11.137310010   14.827699842    9.383072525 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge40    14.427622380   14.680621671    6.880153806 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge41    15.368033804   10.696364027    5.615227760 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge42    15.401052716   13.479676875    8.727139244 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Ge43     6.957474824    7.958800092   11.033549424 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Si7      7.794031035    7.093255137   15.045527105 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si8      8.246419059    9.412399045   12.376529179 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si9      9.494323053    8.148758535   13.848383733 XXXX 1      xx      Si  0.000
Ge44    12.202633049    7.903809433   11.213613539 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Si10    13.628447920    6.725104629   15.287806481 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si11    10.640488009    6.661322225   12.496999714 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si12    10.903157199    9.536272589   15.042857037 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si13    13.586419974    9.277074339   12.525521793 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si14    14.930321347    7.824933519   13.727725307 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si15     6.859669600   10.680962351   13.738946645 XXXX 1      xx      Si  0.000
Ge45     6.687648856   13.425429630   10.658775998 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Si16     8.195425567   12.097265921   15.000922131 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si17     8.083595124   14.632511472   12.145051951 XXXX 1      xx      Si  0.000
Ge46     9.533659695   10.711037032   10.887553765 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Si18     9.440570527   13.344471705   13.527302731 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si19    12.214595410   10.793309355   13.611221607 XXXX 1      xx      Si  0.000
Ge47    12.314935702   13.531357255   11.035908052 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Si20    13.525837123   12.276545992   14.792889555 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si21    10.876143029   12.102551631   12.239294741 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si22    10.643607612   14.817768710   14.834553291 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si23    13.755108625   14.983442924   12.220234301 XXXX 1      xx      Si  0.000
Ge48    15.030218225   10.381952008   11.042082513 XXXX 1      xx      Ge  0.000
Si24    14.996129594   13.560121232   13.537078126 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si25     6.846616521    8.217265098   16.862015247 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si26     8.374554810    6.938546448   20.404796874 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si27     8.291824539    9.727687637   17.860778184 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si28     9.658130050    8.408838919   19.148985445 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si29    12.278511626    8.261685430   16.374233248 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si30    14.109742523    7.004354695   20.214149693 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si31    10.869453303    7.047506919   17.739966438 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si32    11.141366687    9.720080632   20.330653393 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si33    13.672990612    9.656164416   17.567641752 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si34    15.209571413    8.306228122   18.654068519 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si35     7.116907332   11.291068430   19.107321709 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si36     7.070952018   13.839805399   16.049370190 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si37     8.590204337   12.494105515   20.414572269 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si38     8.094870643   14.863724024   17.892504810 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si39     9.615047745   10.912588614   16.378728910 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si40     9.837410121   13.739250475   18.940952869 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si41    12.398403453   11.031518843   18.899017963 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si42    12.206988405   13.642851503   16.081096816 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si43    13.785917507   12.440352989   20.093491267 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si44    11.022087428   12.319628297   17.563146090 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si45    11.253713691   15.075006442   20.202928355 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si46    13.717410944   15.088059521   17.079859753 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si47    14.887169123   11.065222739   16.201908562 XXXX 1      xx      Si  0.000
Si48    14.841420905   14.140645007   18.896347895 XXXX 1      xx      Si  0.000
H1       6.177029481    7.362093884    0.990997736 XXXX 1      xx      H   0.000
H2       5.966394233    8.929706670   -0.842812578 XXXX 1      xx      H   0.000
H3       9.314998539    5.340046906    3.980696396 XXXX 1      xx      H   0.000
H4       7.461864209    5.973464799    2.439428246 XXXX 1      xx      H   0.000
H5      15.605485793    6.940060273    5.151908995 XXXX 1      xx      H   0.000
H6      14.151098149    5.641678635    3.624617976 XXXX 1      xx      H   0.000
H7      12.568257093    6.431093321    2.256645677 XXXX 1      xx      H   0.000
H8      11.033260046    5.630150094    0.471366773 XXXX 1      xx      H   0.000
H9      16.165876300    7.278817213    1.331757885 XXXX 1      xx      H   0.000
H10     16.622061182    9.188435017    2.859146574 XXXX 1      xx      H   0.000
H11      6.664665425    9.789597152    3.932789985 XXXX 1      xx      H   0.000
H12      5.815631583   11.402465144    2.234705900 XXXX 1      xx      H   0.000
H13      6.459520247   12.948573131    0.930749289 XXXX 1      xx      H   0.000
H14      6.362068804   14.674894922   -0.758960245 XXXX 1      xx      H   0.000
H15      9.309455392   16.339746690    0.818665645 XXXX 1      xx      H   0.000
H16      7.525576739   15.972372969    2.510282436 XXXX 1      xx      H   0.000
H17     12.200504975   16.064407592    3.692575213 XXXX 1      xx      H   0.000
H18     10.408663275   15.736299394    5.398285972 XXXX 1      xx      H   0.000
H19     14.989795035   15.771519639    0.324516265 XXXX 1      xx      H   0.000
H20     13.101480028   16.031905331    1.909273648 XXXX 1      xx      H   0.000
H21     16.359448331   10.611162469   -1.054576953 XXXX 1      xx      H   0.000
H22     15.938066903   12.277294287    0.642170826 XXXX 1      xx      H   0.000
H23     16.591271845   13.307860819    2.330046110 XXXX 1      xx      H   0.000
H24     15.629683544   14.948202832    3.917601521 XXXX 1      xx      H   0.000
H25      6.952185755    6.375001836    6.354443907 XXXX 1      xx      H   0.000
H26      5.891717818    8.042599876    4.847136115 XXXX 1      xx      H   0.000
H27      8.626815223    5.343404197    9.889028890 XXXX 1      xx      H   0.000
H28      6.986473210    6.304992498    8.301473479 XXXX 1      xx      H   0.000
H29     14.655858829    5.768799742   10.887317115 XXXX 1      xx      H   0.000
H30     12.746241025    5.312614860    9.359928426 XXXX 1      xx      H   0.000
H31     12.140993094    5.601087585    7.408082555 XXXX 1      xx      H   0.000
H32     10.321389837    5.707450038    5.698004537 XXXX 1      xx      H   0.000
H33     14.994615769    6.329190249    7.067166005 XXXX 1      xx      H   0.000
H34     16.292997407    7.783577893    8.594457024 XXXX 1      xx      H   0.000
H35      5.870268450    9.734171067    8.526499787 XXXX 1      xx      H   0.000
H36      6.198376648   11.526012767    6.820789028 XXXX 1      xx      H   0.000
H37      5.714515524   13.122300817    5.654445999 XXXX 1      xx      H   0.000
H38      6.535531601   14.912790108    4.136890704 XXXX 1      xx      H   0.000
H39      8.812375225   16.220160518    6.564629001 XXXX 1      xx      H   0.000
H40      7.021885934   15.399144441    8.082184296 XXXX 1      xx      H   0.000
H41     12.145078890   15.270010617    8.286285015 XXXX 1      xx      H   0.000
H42     10.532210898   16.119044459    9.984369100 XXXX 1      xx      H   0.000
H43     15.559674206   14.982490287    5.864631093 XXXX 1      xx      H   0.000
H44     13.892076166   16.042958224    7.371938885 XXXX 1      xx      H   0.000
H45     16.333588457    9.793682948    4.810992445 XXXX 1      xx      H   0.000
H46     16.227226004   11.613286205    6.521070463 XXXX 1      xx      H   0.000
H47     16.594629136   12.619677503    8.238378604 XXXX 1      xx      H   0.000
H48     15.961211243   14.472811833    9.779646754 XXXX 1      xx      H   0.000
H49      6.163156403    6.944881007   11.894558735 XXXX 1      xx      H   0.000
H50      5.902770711    8.833196014   10.309801352 XXXX 1      xx      H   0.000
H51      8.242979207    5.741592240   15.514262921 XXXX 1      xx      H   0.000
H52      6.713648122    6.882899909   14.022335624 XXXX 1      xx      H   0.000
H53     14.431556534    5.986737634   16.320515945 XXXX 1      xx      H   0.000
H54     12.773876400    5.729822540   14.562313597 XXXX 1      xx      H   0.000
H55     11.323513573    5.575227711   13.273651953 XXXX 1      xx      H   0.000
H56      9.657381755    5.996609139   11.576904174 XXXX 1      xx      H   0.000
H57     15.489280132    6.872356593   12.707280500 XXXX 1      xx      H   0.000
H58     16.097162809    8.514209594   14.366581965 XXXX 1      xx      H   0.000
H59      6.042008085    9.765110263   14.606316370 XXXX 1      xx      H   0.000
H60      5.914012502   11.521826471   12.933254392 XXXX 1      xx      H   0.000
H61      5.594929352   12.625220650   11.400409355 XXXX 1      xx      H   0.000
H62      5.962303073   14.409099303    9.708792564 XXXX 1      xx      H   0.000
H63      8.986102911   15.475155795   11.288325711 XXXX 1      xx      H   0.000
H64      7.259781120   15.572607238   12.978035245 XXXX 1      xx      H   0.000
H65     11.313727280   15.834765233   13.959905479 XXXX 1      xx      H   0.000
H66      9.732703271   15.569063568   15.769426899 XXXX 1      xx      H   0.000
H67     14.572582158   15.757646561   11.228077264 XXXX 1      xx      H   0.000
H68     13.004969372   15.968281809   13.061887578 XXXX 1      xx      H   0.000
H69     15.503582721    9.366418949    9.962429323 XXXX 1      xx      H   0.000
H70     16.304525948   10.901415996   11.747708227 XXXX 1      xx      H   0.000
H71     15.817130385   12.676442561   12.645688451 XXXX 1      xx      H   0.000
H72     15.932507282   14.263227428   14.476400818 XXXX 1      xx      H   0.000
H73      6.520719171    7.208024327   17.926268222 XXXX 1      xx      H   0.000
H74      5.563840328    8.875152740   16.456458094 XXXX 1      xx      H   0.000
H75      9.258233481    6.117545657   21.296186549 XXXX 1      xx      H   0.000
H76      7.671448614    6.002168760   19.465474182 XXXX 1      xx      H   0.000
H77     15.062319449    6.445395910   21.234594500 XXXX 1      xx      H   0.000
H78     13.420466448    5.837513233   19.575293035 XXXX 1      xx      H   0.000
H79     11.654901300    6.082745854   18.581734737 XXXX 1      xx      H   0.000
H80      9.949464919    6.243193971   16.859949414 XXXX 1      xx      H   0.000
H81     15.947938408    7.503119508   17.621359055 XXXX 1      xx      H   0.000
H82     16.204853502    9.160799642   19.379561403 XXXX 1      xx      H   0.000
H83      6.099910809   10.620948762   19.981969521 XXXX 1      xx      H   0.000
H84      6.365612474   12.201972771   18.172448101 XXXX 1      xx      H   0.000
H85      5.683363665   13.437184652   16.448705154 XXXX 1      xx      H   0.000
H86      6.943911577   14.905697506   14.999474309 XXXX 1      xx      H   0.000
H87      8.497491390   16.251312377   17.493169846 XXXX 1      xx      H   0.000
H88      7.028978536   14.990764465   18.942400691 XXXX 1      xx      H   0.000
H89     12.169565779   15.892667957   19.335558630 XXXX 1      xx      H   0.000
H90     10.412849571   16.020663540   21.008620608 XXXX 1      xx      H   0.000
H91     14.726651715   15.413956871   16.015606778 XXXX 1      xx      H   0.000
H92     13.059523302   16.370835714   17.485416906 XXXX 1      xx      H   0.000
H93     15.851930188   10.279774742   15.360140263 XXXX 1      xx      H   0.000
H94     15.691482071   11.985211123   17.081925586 XXXX 1      xx      H   0.000
H95     16.193083802   13.691696835   18.427612079 XXXX 1      xx      H   0.000
H96     15.051776133   15.221027920   19.919539376 XXXX 1      xx      H   0.000
end
end

[lihong]

Dear Sir:

 There is a running error. The details are as follows:
Equivalent Bulk  [Started Tue Aug 10 15:32:28 2010]                          |
|                                                                              |
+------------------------------------------------------------------------------+

This application has requested the Runtime to terminate it in an unusual way.
Please contact the application's support team for more information.
NanoLanguageScript execution failure.

                  Lihong

[Anders Blom]

I don't know which version you are running, but it works fine for me. Note that the file must be called .car, it recognizes the format by the extension.

The second issue means you are out of memory.

[lihong]

The first thing I have solved it. Thanks.