SEGMENTATION FAULT

[Sarvesh Agarwal]

hiiii,
      i had installed 12.2 in replacement of 11.8 but on running the simulations it is giving the below error

[Anders Blom]

That's an unusual one... Which Linux?

[Sarvesh Agarwal]

thanks for the help
              iam using RHEL 6.2

[Anders Blom]

Is it completely reproducible? It is extremely unusual to have such crashes and RHEL 6 is a common platform, so I don't have any clear idea, to be honest... Try saving the script and running "atkpython script.py" from the command line. Although, I don't expect that to work differently...

[Sarvesh Agarwal]

yes everytime when i try to simulate any script it gives the same error!!!

[Anders Blom]

Ok... We will need your help in troubleshooting this. It could be related to ATK, or it could be localized to your machine, but to find this out, please follow the steps below. Start by downloading the attached script atkpython_debug onto your Linux machine. You will probably need to give it executable permission:

Code

chmod +x atkpython_debug

Save a simple test script, like the Ag fcc calculation you indicated before, as a file, let's call it ag.py. Put it in the same directory as atkpython_debug. Then open a terminal, and navigate to the directory where you saved the scripts. At the prompt, type

Code

./atkpython_debug ag.py

The script will automatically perform "run", "bt", and "quit" in gdb (the GNU Debugger). When it finishes you are left at the prompt again - send us the information it printed; this will allow us to learn more about this problem.

[Sarvesh Agarwal]

thanks sir!
          i had done the same thing as u told me and its giving the following information...

[Anders Blom]

I apologize for not studying the gdb command line options better. I have amended my post above to show a better way.

[Sarvesh Agarwal]

done as u said and its again the segmentation error. i have attached the errorr_txt file.

[Nordland]

Can you post the script your are running?

[Sarvesh Agarwal]

sure!! and this error is with every script

[Nordland]

With every script do that mean that you see this error every time you run this script or does it mean that any script no matter what gives this error?

[Sarvesh Agarwal]

oh sorry !!! I mean to say ATK 12.2 is giving this error no matter what is the script...

[Sarvesh Agarwal]

sir please help me with this!!!

[zh]

This following log is generated by running your script file.

+------------------------------------------------------------------------------+
| NanoLanguageScript execution started                                         |
+------------------------------------------------------------------------------+
+------------------------------------------------------------------------------+
|                                                                              |
| Atomistix ToolKit 12.2.2 [Build 144eba5]                                     |
|                                                                              |
+------------------------------------------------------------------------------+
+----------------------------------------------------------+
| Bulk Bravais lattice                                     |
+----------------------------------------------------------+
Type:
FaceCenteredCubic

Lattice constants:
a =     4.085700 Ang
b =     4.085700 Ang
c =     4.085700 Ang

Lattice angles:
alpha =    90.000000 deg
beta  =    90.000000 deg
gamma =    90.000000 deg

Primitive vectors:
u_1 =      0.000000      2.042850      2.042850 Ang
u_2 =      2.042850      0.000000      2.042850 Ang
u_3 =      2.042850      2.042850      0.000000 Ang

+----------------------------------------------------------+
| Bulk: Cartesian (Angstrom) / fractional                  |
+----------------------------------------------------------+
1
Bulk
Ag    0.000000e+00  0.000000e+00  0.000000e+00    0.00000  0.00000  0.00000
+------------------------------------------------------------------------------+
|                                                                              |
| DFT Calculation  [Started Tue Oct 30 19:28:37 2012]                          |
|                                                                              |
+------------------------------------------------------------------------------+
| Checkpoint Handler                                                           |
| Filename : c:\users\hou\appdata\local\temp\checkpoint75469840.nc             |
| Interval : 0.5 h                                                             |
+------------------------------------------------------------------------------+

                            |--------------------------------------------------|
Calculating Eigenvalues    : ==================================================
Calculating Density Matrix : ==================================================

+------------------------------------------------------------------------------+
| Density Matrix Report                       DM        DD                     |
+------------------------------------------------------------------------------+
|   0  Ag   [  0.000 ,  0.000 ,  0.000 ]   11.00000  -0.00000                  |
+------------------------------------------------------------------------------+
|   0 E = -2.48369 dE =  1.000000e+00 dH =  1.048859e+00                       |
+------------------------------------------------------------------------------+

                            |--------------------------------------------------|
Calculating Eigenvalues    : ==================================================
Calculating Density Matrix : ==================================================

+------------------------------------------------------------------------------+
| Density Matrix Report                       DM        DD                     |
+------------------------------------------------------------------------------+
|   0  Ag   [  0.000 ,  0.000 ,  0.000 ]   11.00000  -0.00000                  |
+------------------------------------------------------------------------------+
|   1 E = -3.54806 dE =  1.064376e+00 dH =  8.864662e-01                       |
+------------------------------------------------------------------------------+

                            |--------------------------------------------------|
Calculating Eigenvalues    : ==================================================
Calculating Density Matrix : ==================================================

+------------------------------------------------------------------------------+
| Density Matrix Report                       DM        DD                     |
+------------------------------------------------------------------------------+
|   0  Ag   [  0.000 ,  0.000 ,  0.000 ]   11.00000   0.00000                  |
+------------------------------------------------------------------------------+
|   2 E = -3.71972 dE =  1.716576e-01 dH =  5.845031e-02                       |
+------------------------------------------------------------------------------+

                            |--------------------------------------------------|
Calculating Eigenvalues    : ==================================================
Calculating Density Matrix : ==================================================

+------------------------------------------------------------------------------+
| Density Matrix Report                       DM        DD                     |
+------------------------------------------------------------------------------+
|   0  Ag   [  0.000 ,  0.000 ,  0.000 ]   11.00000   0.00000                  |
+------------------------------------------------------------------------------+
|   3 E = -3.62943 dE =  9.028979e-02 dH =  5.714401e-02                       |
+------------------------------------------------------------------------------+

                            |--------------------------------------------------|
Calculating Eigenvalues    : ==================================================
Calculating Density Matrix : ==================================================

+------------------------------------------------------------------------------+
| Density Matrix Report                       DM        DD                     |
+------------------------------------------------------------------------------+
|   0  Ag   [  0.000 ,  0.000 ,  0.000 ]   11.00000   0.00000                  |
+------------------------------------------------------------------------------+
|   4 E = -3.62926 dE =  1.740746e-04 dH =  6.621888e-04                       |
+------------------------------------------------------------------------------+

                            |--------------------------------------------------|
Calculating Eigenvalues    : ==================================================
Calculating Density Matrix : ==================================================

+------------------------------------------------------------------------------+
| Density Matrix Report                       DM        DD                     |
+------------------------------------------------------------------------------+
|   0  Ag   [  0.000 ,  0.000 ,  0.000 ]   11.00000   0.00000                  |
+------------------------------------------------------------------------------+
|   5 E = -3.62818 dE =  1.070974e-03 dH =  3.679416e-04                       |
+------------------------------------------------------------------------------+

                            |--------------------------------------------------|
Calculating Eigenvalues    : ==================================================
Calculating Density Matrix : ==================================================

+------------------------------------------------------------------------------+
| Density Matrix Report                       DM        DD                     |
+------------------------------------------------------------------------------+
|   0  Ag   [  0.000 ,  0.000 ,  0.000 ]   11.00000   0.00000                  |
+------------------------------------------------------------------------------+
|   6 E = -3.62848 dE =  2.999333e-04 dH =  3.296760e-04                       |
+------------------------------------------------------------------------------+

                            |--------------------------------------------------|
Calculating Eigenvalues    : ==================================================
Calculating Density Matrix : ==================================================

+------------------------------------------------------------------------------+
| Density Matrix Report                       DM        DD                     |
+------------------------------------------------------------------------------+
|   0  Ag   [  0.000 ,  0.000 ,  0.000 ]   11.00000   0.00000                  |
+------------------------------------------------------------------------------+
|   7 E = -3.62864 dE =  1.591899e-04 dH =  1.112389e-04                       |
+------------------------------------------------------------------------------+

                            |--------------------------------------------------|
Calculating Eigenvalues    : ==================================================
Calculating Density Matrix : ==================================================

+------------------------------------------------------------------------------+
| Density Matrix Report                       DM        DD                     |
+------------------------------------------------------------------------------+
|   0  Ag   [  0.000 ,  0.000 ,  0.000 ]   11.00000   0.00000                  |
+------------------------------------------------------------------------------+
|   8 E = -3.62865 dE =  1.709359e-06 dH =  2.481482e-06                       |
+------------------------------------------------------------------------------+
| Calculation Converged in 8 steps                                             |
|                                                                              |
| Fermi Level  = -8.080460 eV                                                  |
+------------------------------------------------------------------------------+
+------------------------------------------------------------------------------+
|                                                                              |
| DFT Calculation  [Finished Tue Oct 30 19:28:41 2012]                         |
|                                                                              |
+------------------------------------------------------------------------------+
+------------------------------------------------------------------------------+
|                                                                              |
| Bandstructure Analysis                                                       |
|                                                                              |
+------------------------------------------------------------------------------+

                            |--------------------------------------------------|
Calculating Bandstructure  : ==================================================


Timing:                          Total     Per Step        %

--------------------------------------------------------------------------------

Valence Density         :       0.89 s       0.09 s      10.63% |=============|
Real Space Integral     :       0.84 s       0.08 s      10.10% |============|
Constant Terms          :       0.83 s       0.83 s       9.91% |============|
Basis Set Generation    :       0.72 s       0.72 s       8.59% |==========|
Difference Density      :       0.22 s       0.02 s       2.62% |==|
Core Density            :       0.14 s       0.01 s       1.69% |=|
Real Space Basis        :       0.05 s       0.05 s       0.56% ||
Diagonalization         :       0.03 s       0.00 s       0.38% ||
Neutral Atom Potential  :       0.03 s       0.03 s       0.37% |
Exchange-Correlation    :       0.03 s       0.00 s       0.37% |
Hartree Potential       :       0.02 s       0.00 s       0.19% |
File IO, nlsave         :       0.02 s       0.01 s       0.19% |
Mixing                  :       0.00 s       0.00 s       0.00% |
Setting Density Matrix  :       0.00 s       0.00 s       0.00% |
Hubbard Term            :       0.00 s       0.00 s       0.00% |
--------------------------------------------------------------------------------
Total                   :       8.35 s
+------------------------------------------------------------------------------+
| NanoLanguageScript execution finished                                        |
+------------------------------------------------------------------------------+