buenas tardes la respuesta lo obtengo de un post que escribí con una duda acerca de môbius.py donde me da la respuesta Anders Blom, solo que no habia visto donde se encuentra el icono "Custom Builder", entonces la parte gráfica, lo visualizo estando en la ventana Virtual NanoLab-Tools-Custom Builder, y ya conoce abro el documento y le .cif lo extraigo de la parte gráfica que ahora si tengo.
Saludos!